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万見
- PDB-7p38: 4,6-alpha-glucanotransferase GtfB from Limosilactobacillus reuter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p38
タイトル4,6-alpha-glucanotransferase GtfB from Limosilactobacillus reuteri NCC 2613
要素Dextransucraseデキストラスクラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / 4 / 6-alpha-transglycosylation / GtfB / Starch conversion (醸造)
機能・相同性dextransucrase activity / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / デキストラスクラーゼ / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / Glycoside hydrolase superfamily / デキストラスクラーゼ
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus reuteri (リモシラクトバチルス・ロイテリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pijning, T. / te Poele, E. / Gangoiti, J. / Boerner, T. / Dijkhuizen, L.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Insights into Broad-Specificity Starch Modification from the Crystal Structure of Limosilactobacillus Reuteri NCC 2613 4,6-alpha-Glucanotransferase GtfB.
著者: Pijning, T. / Gangoiti, J. / Te Poele, E.M. / Borner, T. / Dijkhuizen, L.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dextransucrase
B: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,0327
ポリマ－195,6682
非ポリマー3645
水1,71195
1
A: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9703
ポリマ－97,8341
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0624
ポリマ－97,8341
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.354, 134.495, 147.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 446 - 1277 / Label seq-ID: 50 - 881

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Dextransucrase / デキストラスクラーゼ / Sucrose 6-glucosyltransferase


分子量: 97834.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (リモシラクトバチルス・ロイテリ)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z2RUH3, デキストラスクラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4-1.7 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.695→47.24 Å / Num. obs: 59781 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.955 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.273 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.778.31.19145400.8030.4341.2799
11.75-47.247.40.0888220.9970.0320.09498.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.86 Å47.24 Å
Translation5.86 Å47.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0210精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Obtained from Phyre homology modeling

解像度: 2.7→47.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 37.437 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.246 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2987 2962 5 %RANDOM
Rwork0.2599 ---
obs0.2618 56749 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.95 Å2 / Biso mean: 37.994 Å2 / Biso min: 2.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.77 Å20 Å2-0 Å2
2---3.85 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13001 0 18 95 13114
Biso mean--36.92 18.22 -
残基数----1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.93318114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.775326421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47951659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.71425.66689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.408152074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3581548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022637
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27521 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 204 -
Rwork0.358 4107 -
obs--98.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9898-0.25590.93640.1386-0.14761.41410.16-0.1364-0.12970.014-0.01970.03950.303-0.1203-0.14030.0839-0.0566-0.02140.75150.01740.0192-5.516-1.68919.552
20.96020.31480.85810.20570.20851.24110.1040.1684-0.08930.00070.0164-0.04130.20190.2009-0.12040.04060.0662-0.01550.7606-0.01540.01525.683-1.321-29.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A446 - 1277
2X-RAY DIFFRACTION2B445 - 1277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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