ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB XDSデータ削減 Show Aimless0.5.32データスケーリング Show PHASER2.7.17位相決定 Show REFMAC5.8.0210精密化 Show PDB_EXTRACT3.24 データ抽出 Show
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : Obtained from Phyre homology modeling
解像度 : 2.7→47.24 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.89 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.886 / SU B : 37.437 / SU ML : 0.349 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 1.246 / ESU R Free : 0.394 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2987 2962 5 % RANDOM Rwork 0.2599 - - - obs 0.2618 56749 99.88 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.9 Å / 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 84.95 Å2 / Biso mean : 37.994 Å2 / Biso min : 2.63 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.77 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - -3.85 Å2 0 Å2 3- - - 1.09 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.7→47.24 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 13001 0 18 95 13114 Biso mean - - 36.92 18.22 - 残基数 - - - - 1662
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.007 0.02 13296 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 11322 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.16 1.933 18114 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.775 3 26421 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.479 5 1659 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg40.714 25.66 689 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.408 15 2074 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.358 15 48 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.066 0.2 1958 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 15255 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 2637
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 27521 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.08 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.7→2.765 Å / Rfactor Rfree error : 0 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.392 204 - Rwork 0.358 4107 - obs - - 98.97 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.9898 -0.2559 0.9364 0.1386 -0.1476 1.4141 0.16 -0.1364 -0.1297 0.014 -0.0197 0.0395 0.303 -0.1203 -0.1403 0.0839 -0.0566 -0.0214 0.7515 0.0174 0.0192 -5.516 -1.689 19.552 2 0.9602 0.3148 0.8581 0.2057 0.2085 1.2411 0.104 0.1684 -0.0893 0.0007 0.0164 -0.0413 0.2019 0.2009 -0.1204 0.0406 0.0662 -0.0155 0.7606 -0.0154 0.0152 5.683 -1.321 -29.2
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A446 - 1277 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B445 - 1277