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- PDB-7ozd: FGFR1 kinase domain (residues 458-765) with mutations C488A, C584... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozd
タイトルFGFR1 kinase domain (residues 458-765) with mutations C488A, C584S in complex with 34.
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE / FGFR1 / Inhibitor / receptor tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of stem cell proliferation / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of neuron differentiation / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / stem cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[6-(4-hydroxyphenyl)-1H-indazol-3-yl]benzamide / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Trinh, C.H. / Turner, L.D. / Fishwick, C.W.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K501402/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: From Fragment to Lead: De Novo Design and Development toward a Selective FGFR2 Inhibitor.
著者: Turner, L.D. / Trinh, C.H. / Hubball, R.A. / Orritt, K.M. / Lin, C.C. / Burns, J.E. / Knowles, M.A. / Fishwick, C.W.G.
履歴
登録2021年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Fibroblast growth factor receptor 1
BBB: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,00817
ポリマ－70,2712
非ポリマー1,73815
水3,621201
1
AAA: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,13110
ポリマ－35,1351
非ポリマー9969
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
BBB: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8777
ポリマ－35,1351
非ポリマー7426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.300, 57.510, 65.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35135.340 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 458-765 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-42I / N-[6-(4-hydroxyphenyl)-1H-indazol-3-yl]benzamide


分子量: 329.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.185M ammonium sulfate, 20% v/v ethylene glycol, 17% w/v PEG 8000, 0.1M PCPT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→22.01 Å / Num. obs: 66115 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.836 / Num. unique obs: 4910 / CC1/2: 0.688 / Rpim(I) all: 0.598 / Rrim(I) all: 1.033

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A4C

5a4c


解像度: 1.82→22.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.861 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 3148 4.762 %
Rwork0.1995 62965 -
all0.201 --
obs-66113 99.074 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.327 Å20 Å2-1.948 Å2
2--4.434 Å20 Å2
3----1.573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→22.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 110 201 4730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.6616273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2691.58610016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3365566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9122.35217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14615797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3311528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.23880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.22241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21936
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.020.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1080.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9574.5622273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9584.5612272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0846.8182833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0836.822834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.695.0442359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.695.0432360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5667.4283439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5667.4273440
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.06453.285118
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.06353.2785119
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.82-1.8670.3292170.35546540.35448900.3680.34599.61150.351
1.867-1.9180.3252220.3345000.32947380.5610.60199.66230.317
1.918-1.9730.3422310.2943820.29346210.7120.73599.82690.275
1.973-2.0330.292400.25142270.25344770.8120.84199.77660.232
2.033-2.0990.2661980.24341430.24443550.8770.87699.67850.225
2.099-2.1720.2431730.21240210.21442050.9110.91699.73840.193
2.172-2.2530.2622130.20938670.21140850.9020.91999.87760.192
2.253-2.3440.2651910.19737080.20139040.9120.93199.87190.181
2.344-2.4470.2461770.19636000.19837890.920.93599.68330.181
2.447-2.5650.2461630.19534300.19836040.9260.93899.69480.185
2.565-2.7020.2341670.19832420.234260.9170.93499.50380.191
2.702-2.8630.2781680.20930910.21332820.9040.9399.29920.207
2.863-3.0570.2071470.20328500.20330440.940.93798.4560.206
3.057-3.2970.2921300.20726940.21128750.890.92898.22610.217
3.297-3.6030.2361400.19524360.19726500.9260.94697.20760.21
3.603-4.0150.2241060.19221980.19323900.9360.94896.40170.213
4.015-4.6110.208850.15619930.15721350.9580.97197.33020.182
4.611-5.5860.204820.18116990.18218330.9620.96397.16310.218
5.586-7.6570.236680.21613510.21714540.9550.95497.59280.256
7.657-22.010.232300.1858790.1869310.9660.96597.63690.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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