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- PDB-4v04: FGFR1 in complex with ponatinib. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v04
タイトルFGFR1 in complex with ponatinib.
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fibroblast growth factor receptor activity / cytoplasmic vesicle / protein phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LI / Fibroblast growth factor receptor 1 (Fms-related tyrosine kinase 2, Pfeiffer syndrome), isoform CRA_b
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Tucker, J. / Klein, T. / Breed, J. / Breeze, A. / Overman, R. / Phillips, C. / Norman, R.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into Fgfr Kinase Isoform Selectivity: Diverse Binding Modes of Azd4547 and Ponatinib in Complex with Fgfr1 and Fgfr4
著者: Tucker, J.A. / Klein, T. / Breed, J. / Breeze, A.L. / Overman, R. / Phillips, C. / Norman, R.A.
履歴
登録2014年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,49920
ポリマ－70,2712
非ポリマー2,22818
水7,566420
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,42512
ポリマ－35,1351
非ポリマー1,28911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0748
ポリマ－35,1351
非ポリマー9397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.255, 58.090, 65.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9942, 0.1076, -0.0032), (0.0892, 0.84, 0.535), (0.06022, 0.532, -0.8448)
ベクター: 114.6, -13.84, 27.05)

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要素

#1: タンパク質 FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 (FMS-RELATED TYROSINE KINASE 2, PFEIFFER SYNDROME), ISOFORM CRA_B / FGFR1


分子量: 35135.340 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE, UNP RESIDUES 22-359 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DSX2
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-0LI / 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide / Ponatinib / ポナチニブ


分子量: 532.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18-20% (W/V) PEG 8000, 200MM AMMONIUM SULPHATE, 100MM PCTP PH6.75, 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→98 Å / Num. obs: 41149 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 41.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.12→21.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9508 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2076 5.07 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.1881 40981 97.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.922 Å20 Å21.679 Å2
2---10.2249 Å20 Å2
3---4.3028 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→21.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4508 0 147 420 5075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014834HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.056546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1650SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes706HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4834HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion600SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5885SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 126 5.06 %
Rwork0.2264 2365 -
all0.2295 2491 -
obs--97.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2977-0.0351-0.37730.3464-0.25930.94590.06310.21950.1539-0.02680.0012-0.0146-0.1090.0201-0.0642-0.1013-0.0084-0.02830.010.0293-0.1379.5339-2.917617.6095
23.3509-1.18660.41461.03580.26111.07590.21580.4581-0.22350.0836-0.30640.12350.16350.04570.0906-0.08790.0062-0.0218-0.0437-0.0147-0.150633.96381.713213.8247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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