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Yorodumi- PDB-6fer: Crystal Structure of human DDR2 kinase in complex with 2-[4,5-dif... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fer | ||||||
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Title | Crystal Structure of human DDR2 kinase in complex with 2-[4,5-difluoro-2-oxo-1'-(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carbonyl)spiro[indole-3,4'-piperidine]-1-yl]-N-(2,2,2-trifluoroethyl)acetamide | ||||||
Components | Discoidin domain-containing receptor 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / RTK / RECEPTOR TYROSINE KINASE / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / biomineral tissue development / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chondrocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway ...positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / biomineral tissue development / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chondrocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / regulation of bone mineralization / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of fibroblast migration / collagen fibril organization / cellular response to angiotensin / regulation of tissue remodeling / positive regulation of wound healing / Non-integrin membrane-ECM interactions / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / response to muscle stretch / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / ossification / positive regulation of neuron projection development / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / actin cytoskeleton / cellular response to hypoxia / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell adhesion / apical plasma membrane / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.87 Å | ||||||
Authors | Stihle, M. / Richter, H. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2019 Title: DNA-Encoded Library-Derived DDR1 Inhibitor Prevents Fibrosis and Renal Function Loss in a Genetic Mouse Model of Alport Syndrome. Authors: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / ...Authors: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / Kocer, B. / Kuhn, B. / Ritter, M. / Rudolph, M.G. / Weibel, F. / Molina-David, J. / Kim, J.J. / Santos, J.V. / Stihle, M. / Georges, G.J. / Bonfil, R.D. / Fridman, R. / Uhles, S. / Moll, S. / Faul, C. / Fornoni, A. / Prunotto, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fer.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fer.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fer.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fer | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6fewC 6fexC 6filC 6finC 6fioC 6fiqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 35743.742 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: tyrosine kinase domain, residues 593-913 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DDR2, NTRKR3, TKT, TYRO10 / Plasmid: pFastBac1 / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q16832, receptor protein-tyrosine kinase #2: Chemical | ChemComp-D6Q / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 12.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH7.5, 0.2M NaCl, 2mM TCEP, 0.02% NaN3, 50microM target ligand mixed 1:1 in 200 nL with 1M Na citrate ; 0.1M HEPES/NaOH pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.87→177.99 Å / Num. obs: 91417 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.71 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.317 / Rrim(I) all: 0.344 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 6.38 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: inhouse model Resolution: 2.87→47.963 Å / SU ML: 0.55 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.68 Details: Ligand not well defined in some chains. In others, trifluoroethyl group seems to have alternative conformation, but was not modeled.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 231.92 Å2 / Biso mean: 64.0363 Å2 / Biso min: 9.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.87→47.963 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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