PDB-7ox7: Target-bound SpCas9 complex with TRAC chimeric RNA-DNA guide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ox7

タイトル

Target-bound SpCas9 complex with TRAC chimeric RNA-DNA guide

要素

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
TRAC non-target DNA strand
TRAC target DNA strand
chimeric RNA-DNA guide

キーワード

HYDROLASE / Cas9 / CRISPR / chRDNA / TRAC / nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Donohoue, P. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.T. / Gibson, J. ...

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Conformational control of Cas9 by CRISPR hybrid RNA-DNA guides mitigates off-target activity in T cells.
著者: Donohoue, P.D. / Pacesa, M. / Lau, E. / Vidal, B. / Irby, M.J. / Nyer, D.B. / Rotstein, T. / Banh, L. / Toh, M.S. / Gibson, J. / Kohrs, B. / Baek, K. / Owen, A.L.G. / Slorach, E.M. / van ...

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ox7.cif.gz	837.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ox7.ent.gz	566.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ox7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ox7_validation.pdf.gz	333.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ox7_full_validation.pdf.gz	349.7 KB	表示
XML形式データ	7ox7_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	7ox7_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7ox7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7ox7	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: chimeric RNA-DNA guide

B: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

C: TRAC target DNA strand

D: TRAC non-target DNA strand

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.542, 67.406, 188.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.542, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖	TRAC target DNA strand 分子量: 8574.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	TRAC non-target DNA strand 分子量: 3677.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA/RNAハイブリッド / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA/RNAハイブリッド	chimeric RNA-DNA guide 分子量: 25995.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9 分子量: 158875.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: D10A, H840A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / プラスミド: pMJ841 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#1: DNA/RNAハイブリッド

chimeric RNA-DNA guide

分子量: 25995.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#2: タンパク質

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9

分子量: 158875.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: D10A, H840A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / プラスミド: pMJ841 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 3種, 400分子

#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→42.46 Å / Num. obs: 63691 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 56.09 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.2193 / Net I/σ(I): 8.54
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.461 / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 6337 / CC_1/2: 0.284 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FQ5

5fq5

解像度: 2.6→42.46 Å / SU ML: 0.3831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0583
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	3179	4.99 %
R_work	0.209	60474	-
obs	0.21	63653	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10831	2498	16	384	13729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	13819
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6219	19146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	2013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0486	8100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.64	0.3727	142	0.3571	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.64-2.68	0.3631	122	0.3554	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.72	0.3708	142	0.3392	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.77	0.3397	133	0.3301	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.77-2.82	0.3053	145	0.3131	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.88	0.3112	139	0.3086	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.88-2.93	0.3428	141	0.3085	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.93-3	0.3088	122	0.2963	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3-3.07	0.3421	151	0.3047	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.07-3.14	0.3205	137	0.2781	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.14-3.23	0.2694	127	0.2562	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.23-3.32	0.2376	148	0.2326	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.32-3.43	0.2311	137	0.2212	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.55	0.2797	136	0.2175	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.55-3.7	0.2415	138	0.2053	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.7-3.86	0.2056	135	0.1911	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.86-4.07	0.185	143	0.1779	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.07-4.32	0.2061	140	0.1742	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.66	0.207	134	0.1633	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.12	0.1901	138	0.1589	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-5.86	0.1923	143	0.1688	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.86-7.38	0.1915	141	0.183	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.75
7.38-40.55	0.1562	145	0.1563	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.15948026116	-0.806990817449	0.773693346762	1.8275321656	-0.0986349463845	1.48317235277	0.676047603515	0.927487684741	-0.754132137343	0.110644259426	0.125990090665	-0.517845797716	1.1832105647	0.432681079708	0.399256454528	-0.000198133138203	0.00827720138767	0.108167471998	0.29529698303	-0.10973006748	0.0296560733891	-12.5255720854	6.03042271043	71.1376318942
2	0.349737165541	0.282780409437	0.544069492927	0.411151939924	-0.305121499905	0.361933773915	0.128552122409	0.172112109784	0.0294599866558	-0.0308007796528	-0.0370430879943	0.0380540530165	0.122563286628	0.0462118935057	0.410351795033	0.351674662313	-0.00621227932772	-0.0660731245247	0.361436662487	-0.0432979231452	0.345186292397	5.12438882951	3.06819862871	25.7128186422
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 164 through 300 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 301 through 512 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 513 through 692 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 693 through 909 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 910 through 1366 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -7 through -3 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid -2 through 2 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3 through 12 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 13 through 17 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 18 through 20 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid -3 through 7 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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