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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oh9 | |||||||||
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タイトル | Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / DNA binding protein nucleosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / transcription by RNA polymerase II / protein heterodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Wang, H. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and implications of TBP-nucleosome complexes. 著者: Haibo Wang / Le Xiong / Patrick Cramer / ![]() 要旨: The TATA box-binding protein (TBP) is highly conserved throughout eukaryotes and plays a central role in the assembly of the transcription preinitiation complex (PIC) at gene promoters. TBP binds and ...The TATA box-binding protein (TBP) is highly conserved throughout eukaryotes and plays a central role in the assembly of the transcription preinitiation complex (PIC) at gene promoters. TBP binds and bends DNA, and directs adjacent binding of the transcription factors TFIIA and TFIIB for PIC assembly. Here, we show that yeast TBP can bind to a nucleosome containing the Widom-601 sequence and that TBP-nucleosome binding is stabilized by TFIIA. We determine three cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of TBP-nucleosome complexes, two of them containing also TFIIA. TBP can bind to superhelical location (SHL) -6, which contains a TATA-like sequence, but also to SHL +2, which is GC-rich. Whereas binding to SHL -6 can occur in the absence of TFIIA, binding to SHL +2 is only observed in the presence of TFIIA and goes along with detachment of upstream terminal DNA from the histone octamer. TBP-nucleosome complexes are sterically incompatible with PIC assembly, explaining why a promoter nucleosome generally impairs transcription and must be moved before initiation can occur. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 357 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 270.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SPT15 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Transcription initiation factor IIA ... , 2種, 2分子 LM
#8: タンパク質 | 分子量: 19432.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: yeast Toa1 protein with the disorder region from residue 96 to 209 removed. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3356, PACBIOSEQ_LOCUS3547, PACBIOSEQ_LOCUS3591, PACBIOSEQ_LOCUS3602, PACBIOSEQ_LOCUS3607, PACBIOSEQ_LOCUS3639, PACBIOSEQ_LOCUS3680, PACBIOSEQ_LOCUS3892, PACBIOSEQ_LOCUS3963 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 41.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85777 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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