PDB-3agr: Crystal structure of nucleoside triphosphate hydrolases from Neos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3agr

タイトル

Crystal structure of nucleoside triphosphate hydrolases from Neospora caninum

要素

Nucleoside triphosphate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA PROTEIN / ACTIN-LIKE FOLD / GDA1/CD39 NTPase family / NTPDase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neospora caninum (ネオスポラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Matoba, K. / Shiba, T. / Seiki, M. / Asai, T. / Harada, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of nucleoside triphosphate hydrolases from Neospora caninum
著者: Matoba, K. / Shiba, T. / Takeuchi, T. / Sibley, L.D. / Asai, T. / Harada, S.

履歴

登録	2010年4月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3agr.cif.gz	458.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3agr.ent.gz	395.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3agr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3agr_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3agr_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	3agr_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	3agr_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/3agr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/3agr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jep-1 4a57-d 4r87-d 5j1e-d 4a59-d 6aoc-d 3pha-d 1td9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside triphosphate hydrolase

B: Nucleoside triphosphate hydrolase

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside triphosphate hydrolase

B: Nucleoside triphosphate hydrolase

A: Nucleoside triphosphate hydrolase

B: Nucleoside triphosphate hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.664, 140.776, 301.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Nucleoside triphosphate hydrolase 分子量: 66424.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neospora caninum (ネオスポラ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)) 参照: UniProt: C9K7J7, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: vapor diffusion, sitting drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.97904
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-17A	3	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
Bruker DIP-6040	1	CCD	2009年7月12日
RAYONIX MX225HE	2	CCD	2009年7月19日
ADSC QUANTUM 270	3	CCD	2009年5月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97904	1
2	1	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 46635 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40.387

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
直接法		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 33.49 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.761 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26508	2354	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22807	-	-	-
obs	0.22994	43724	93.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9172	0	0	7	9179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.161	1.955	12718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.644	5	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.84	23.716	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.758	15	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.829	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.662	1.5	5870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.218	2	9436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.988	3	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.769	4.5	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	182	-
R_work	0.358	3216	-
obs	-	-	94.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5766	-1.0426	1.2074	-2.4071	-2.7325	7.7307	-1.1817	-0.3058	-0.2134	-0.4293	0.5294	-0.2547	0.6518	0.8127	0.6523	0.9544	0.7158	0.0302	0.542	-0.1734	1.4093	6.8028	37.1924	90.5722
2	1.3347	-0.9262	0.2554	0.4142	-0.3619	3.2114	0.0042	0.2211	0.0086	0.0373	-0.2205	0.0525	0.5103	-0.4342	0.2163	0.5719	-0.08	0.0396	0.5104	-0.0794	1.2064	-11.0802	43.6866	45.6024
3	0.8464	-0.1555	-0.672	1.0309	0.6985	0.4758	0.2657	0.0379	0.3792	-0.1183	-0.0197	-0.1212	0.0672	-0.145	-0.246	0.5703	-0.0027	0.0836	0.4829	0.0323	1.2471	4.2299	55.7268	42.4352
4	1.5528	-0.7472	0.5511	1.73	1.6521	2.3522	0.2552	0.1614	0.1811	-0.5806	-0.3214	0.1357	-0.3474	-0.1982	0.0662	0.6797	0.0586	-0.0135	0.5337	0.0441	1.0408	1.0317	51.556	18.2377
5	0.9857	-0.4014	-1.0751	0.5409	0.6582	1.7069	0.1172	0.0216	0.081	0.0443	-0.0069	-0.0445	0.1869	0.1316	-0.1103	0.5663	0.0795	0.003	0.5498	0.0276	1.1528	11.8936	43.5487	36.3963
6	2.5486	-0.8954	-2.5008	0.8155	-3.827	7.6825	0.2878	0.1789	0.5349	0.051	-0.9217	-0.3918	1.4442	1.1462	0.6339	0.4219	0.2166	0.098	0.938	0.1556	1.1944	30.4055	85.9343	44.6885
7	1.0038	-0.9865	-0.3803	0.6974	-0.4625	3.003	-0.2222	-0.0878	-0.0618	0.1417	0.2003	-0.0012	-0.4805	0.0734	0.022	0.5624	-0.0721	-0.0542	0.4842	0.0232	1.1753	13.0388	96.18	88.4282
8	1.2911	0.318	1.1619	0.0548	-0.0617	0.3242	0.2503	-0.2131	-0.4894	0.0362	0.1143	0.1124	0.0036	-0.0801	-0.3646	0.5248	-0.0594	-0.105	0.4911	0.142	1.4349	15.2192	70.5316	95.0583
9	1.7024	0.6025	0.2011	0.9593	0.191	1.0966	0.0378	-0.4869	-0.0298	0.0618	0.0745	0.2781	0.0244	-0.0492	-0.1124	0.474	-0.0778	-0.0308	0.6063	0.1021	1.2149	15.1876	82.2325	117.5622
10	0.8169	-0.504	0.8863	0.2907	-0.5783	3.0916	0.0612	-0.0094	-0.1014	-0.2251	0.1444	0.0366	0.1417	0.6547	-0.2056	0.3664	0.0004	-0.0836	0.6482	-0.0189	1.3197	27.8653	77.1372	99.1062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	177 - 324
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	325 - 458
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	459 - 602
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	36 - 204
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	205 - 324
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	325 - 452
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	453 - 602

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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