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万見
- PDB-7oc7: LasB, alpha-alkyl-N-aryl mercaptoacetamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oc7
タイトルLasB, alpha-alkyl-N-aryl mercaptoacetamide
要素Neutral metalloproteinase
キーワードHYDROLASE / LasB / alpha-alkyl-N-aryl mercaptoacetamide
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-N,3-diphenyl-2-sulfanyl-propanamide / Neutral metalloproteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Koehnke, J. / Sikandar, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KO4116_3_1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Substrate-Inspired Fragment Merging and Growing Affords Efficacious LasB Inhibitors.
著者: Kaya, C. / Walter, I. / Yahiaoui, S. / Sikandar, A. / Alhayek, A. / Konstantinovic, J. / Kany, A.M. / Haupenthal, J. / Kohnke, J. / Hartmann, R.W. / Hirsch, A.K.H.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral metalloproteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4224
ポリマ－33,0591
非ポリマー3633
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.407, 92.521, 40.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neutral metalloproteinase / Elastase


分子量: 33059.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lasB, CGU42_10355, DZ962_05925, IPC1164_08000, PA52Ts2_5101
発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
参照: UniProt: Q3Y6H8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-V85 / (2R)-N,3-diphenyl-2-sulfanyl-propanamide / N,3-diphenyl-2-sulfanylpropanamide / 113905928


分子量: 257.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, and 15% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37.21 Å / Num. obs: 18485 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 1271 / CC1/2: 0.985

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ezm

1ezm


解像度: 1.95→34.53 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 872 4.86 %
Rwork0.1875 --
obs0.1896 17950 92.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2283 0 20 316 2619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8433233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.254335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.070.23271400.17842941X-RAY DIFFRACTION95
2.07-2.230.26941250.21592705X-RAY DIFFRACTION88
2.23-2.460.35491240.26462708X-RAY DIFFRACTION87
2.46-2.810.25411420.19762650X-RAY DIFFRACTION86
2.81-3.540.21471580.16993058X-RAY DIFFRACTION99
3.54-34.530.18111830.15443016X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6258-0.26870.19680.77660.05910.7036-0.00190.0201-0.1047-0.11290.0283-0.12050.20340.1296-0.02880.15010.01970.0310.0383-0.00590.1936-9.401-17.702-24.645
20.9155-0.12-0.11221.3298-0.38310.4057-0.0462-0.1391-0.25220.20780.00980.05060.13310.02640.04910.32750.02620.01880.07510.02490.274-11.675-28.826-19.337
30.78080.0663-0.04260.94790.38890.6502-0.0082-0.1077-0.1430.10630.0527-0.05980.17440.062-0.04170.16820.0227-0.00440.04950.0080.1548-12.339-17.182-14.125
40.73870.34770.4011.32060.34311.82250.0453-0.0506-0.17110.33930.0454-0.12620.38790.0456-0.05610.20320.02470.01890.0664-0.00160.1655-8.134-11.132-1.56
50.34110.2010.28421.08620.15240.83890.04470.00990.0291-0.0124-0.02850.07390.0896-0.021-0.01090.06860.01540.02380.033-0.00030.124-15.647-3.465-9.364
60.2609-0.0275-0.03331.3817-0.00010.73330.00890.00250.0450.09040.0348-0.15990.00560.0829-0.02250.07830.0010.01850.0196-0.00970.1672-9.5123.5170.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:41 )A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 42:61 )A42 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 62:134 )A62 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 135:156 )A135 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 157:202 )A157 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 203:298 )A203 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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