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- PDB-7oba: Cryo-EM structure of human RNA Polymerase I in complex with RRN3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oba
タイトルCryo-EM structure of human RNA Polymerase I in complex with RRN3
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase I subunit ...) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase I / human / rRNA transcription / DNA-dependent RNA polymerase / pre-initiation / RRN3
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulator complex / negative regulation of protein localization to nucleolus / nucleologenesis / cytoplasm organization / neural crest formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA polymerase I core binding / DNA/RNA hybrid binding / regulation of transcription by RNA polymerase I ...RNA polymerase I transcription regulator complex / negative regulation of protein localization to nucleolus / nucleologenesis / cytoplasm organization / neural crest formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA polymerase I core binding / DNA/RNA hybrid binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / nucleolus organization / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / nucleobase-containing compound metabolic process / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Viral Messenger RNA Synthesis / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase III activity / termination of RNA polymerase I transcription / regulation of DNA-templated transcription initiation / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / transcription by RNA polymerase III / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / homeostasis of number of cells / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / embryo implantation / mRNA Splicing - Major Pathway / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / DNA-templated transcription initiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / DNA-directed RNA polymerase / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / chromosome / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 ...RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Misiaszek, A.D. / Girbig, M. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of human RNA polymerase I.
著者: Agata D Misiaszek / Mathias Girbig / Helga Grötsch / Florence Baudin / Brice Murciano / Aleix Lafita / Christoph W Müller /
要旨: RNA polymerase I (Pol I) specifically synthesizes ribosomal RNA. Pol I upregulation is linked to cancer, while mutations in the Pol I machinery lead to developmental disorders. Here we report the ...RNA polymerase I (Pol I) specifically synthesizes ribosomal RNA. Pol I upregulation is linked to cancer, while mutations in the Pol I machinery lead to developmental disorders. Here we report the cryo-EM structure of elongating human Pol I at 2.7 Å resolution. In the exit tunnel, we observe a double-stranded RNA helix that may support Pol I processivity. Our structure confirms that human Pol I consists of 13 subunits with only one subunit forming the Pol I stalk. Additionally, the structure of human Pol I in complex with the initiation factor RRN3 at 3.1 Å resolution reveals stalk flipping upon RRN3 binding. We also observe an inactivated state of human Pol I bound to an open DNA scaffold at 3.3 Å resolution. Lastly, the high-resolution structure of human Pol I allows mapping of disease-related mutations that can aid understanding of disease etiology.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12796
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
M: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
N: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
O: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)677,43021
ポリマ－676,97214
非ポリマー4587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area78920 Å2
ΔGint-432 kcal/mol
Surface area175740 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 6種, 6分子 ABGIMN

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / RNA polymerase I subunit A1 / A190 / DNA-directed RNA polymerase I largest subunit / DNA-directed ...RNA polymerase I subunit A1 / A190 / DNA-directed RNA polymerase I largest subunit / DNA-directed RNA polymerase I subunit A / RNA polymerase I 194 kDa subunit / RPA194


分子量: 195069.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: O95602, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / RNA polymerase I subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase I 135 kDa polypeptide / RPA135


分子量: 128379.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q9H9Y6, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit F / Twist neighbor protein


分子量: 37490.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q3B726
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit H / Zinc ribbon domain-containing protein 1


分子量: 13917.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q9P1U0
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / RNA polymerase I subunit A49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit E / RNA polymerase I- ...RNA polymerase I subunit A49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit E / RNA polymerase I-associated factor 1 / RNA polymerase I-associated factor 53


分子量: 47330.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q9GZS1
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / A34.5 / Antisense to ERCC-1 protein / ASE-1 / CD3-epsilon-associated protein / CD3E-associated ...A34.5 / Antisense to ERCC-1 protein / ASE-1 / CD3-epsilon-associated protein / CD3E-associated protein / DNA-directed RNA polymerase I subunit G / RNA polymerase I-associated factor PAF49


分子量: 55065.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: O15446

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DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC1 / AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / RPA40 / RPA39 / RPC40


分子量: 39301.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: O15160
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerase I subunit D / RNA polymerase I 16 kDa subunit / RPA16 / RPC16 / hRPA19


分子量: 15259.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: P0DPB6

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog / XAP4


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / Variant: Ser44Phe / 参照: UniProt: P19388
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15


分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: P61218
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / RPB8 homolog / hRPB8


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: P52434
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA polymerase II 7.6 kDa subunit / RPB7.6 / RPB10 homolog


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: P62875
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: P53803

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 O

#14: タンパク質 RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / Transcription initiation factor IA / TIF-IA


分子量: 74188.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRN3, TIFIA / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: Q9NYV6
#15: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase I in complex with RRN3COMPLEX#1-#140NATURAL
2RNA polymerase ICOMPLEX#1-#131NATURAL
3RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3COMPLEX#141RECOMBINANT
分子量値: 0.67 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mMHEPESC8H18N2O4S1
280 mMammonium sulfate(NH4)2SO41
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
410 mMdithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.85 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Human RNA polymerase I mixed in 1:1 molar ratio with RRN3 and in 1:1.5 molar ratio with DNA template
試料支持詳細: NanoClean plasma cleaner (Fischione Instruments, Model 1070)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K / 詳細: blot force 3, blot time 0 s, wait time 0 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 41.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14224

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Warp1.0.6CTF補正
5RELION3.1CTF補正
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
9Coot0.9モデルフィッティング
11PHENIX1.13モデル精密化
12cryoSPARC3.1初期オイラー角割当
13RELION3.1初期オイラー角割当
14RELION3.1最終オイラー角割当
15RELION3.1分類
16RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2628144
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260363 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial rigid body fitting with UCSF Chimera followed by manual model fitting in Coot.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 7AEI / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 7AEI

7aei

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1C
2E
3F
4H
5J
6K
7L
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.013736453
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.229449291
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07125447
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00986381
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.213822193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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