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万見
- PDB-7o4b: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o4b
タイトルCrystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus in complex with penicillin G
要素Penicillin-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / Cell division / antibiotic resistance / peptidoglycan synthesis / transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / OPEN FORM - PENICILLIN G / Penicillin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.593 Å
データ登録者Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery.
著者: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年6月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr_ncs / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1
C: Penicillin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,02218
ポリマ－144,7162
非ポリマー2,30616
水70339
1
A: Penicillin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5599
ポリマ－72,3581
非ポリマー1,2018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Penicillin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4639
ポリマ－72,3581
非ポリマー1,1058
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.649, 180.649, 223.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111AAA64 - 589
2111BBB64 - 589

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1


分子量: 72358.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G


分子量: 336.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O4S / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.94 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.593→47.513 Å / Num. obs: 45182 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 24.7 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.593→2.846 Å / Rmerge(I) obs: 2.163 / Num. unique obs: 2260 / Rpim(I) all: 0.42

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TRO

5tro


解像度: 2.593→47.505 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 10.331 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.515 / ESU R Free: 0.312 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2318 5.13 %
Rwork0.2048 42863 -
all0.207 --
obs-45181 67.427 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 63.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.084 Å2-0.042 Å2-0 Å2
2---0.084 Å20 Å2
3---0.273 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.593→47.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7755 0 94 39 7888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.65110778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2081.59217482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0145976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.97823.817393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.416151431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.051532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.1420.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21494
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.26936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23758
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23868
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1820.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.4270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6736.4283922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6646.4273921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.6239.6344892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.6239.6364893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8666.894079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8256.8754066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.04310.1025886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.01910.0855869
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.95772.4338485
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.9672.4448486
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1140.0514842
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114160.05008
12CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.114160.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.593-2.660.528180.3682890.37548860.7210.8256.28330.353
2.66-2.7330.371250.3686410.36847150.7720.80114.12510.345
2.733-2.8120.47510.3518090.35746100.7340.79518.65510.323
2.812-2.8980.337500.3311160.3344760.7640.79326.050.291
2.898-2.9930.357920.32216430.32443510.770.78539.87590.282
2.993-3.0970.3021140.31820990.31742180.8070.78752.46560.283
3.097-3.2140.2941460.28227240.28240680.8680.85970.55060.243
3.214-3.3440.291960.26134710.26339510.8640.88992.8120.225
3.344-3.4920.2611760.22735980.22837740.9050.9131000.191
3.492-3.6620.2531930.20534140.20836070.9120.9291000.171
3.662-3.8590.2491820.18732690.1934510.9250.9421000.163
3.859-4.0910.2031740.16431020.16532760.9470.9571000.14
4.091-4.3710.1891560.15529240.15630800.9620.9661000.136
4.371-4.7180.1741530.1427360.14228890.9660.9721000.126
4.718-5.1630.2141350.15925440.16226790.9560.9661000.145
5.163-5.7640.2281110.17723250.1824370.9490.9699.9590.163
5.764-6.640.271070.19720780.20121850.9360.9491000.186
6.64-8.0930.211970.20617680.20718650.9380.9391000.199
8.093-11.2820.255910.21814230.22115140.9390.9461000.222
11.282-47.5050.301510.3258900.3239410.8570.8821000.332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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