PDB-7ok9: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ok9

タイトル

Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus in complex with pentaglycine

要素

Penicillin-binding protein 1
pentaglycine

キーワード

HYDROLASE / Cell division / antibiotic resistance / peptidoglycan synthesis / transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.36 Å

データ登録者

Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery.
著者: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2021年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ok9.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ok9.ent.gz	970.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ok9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7ok9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o49SC 7o4aC 7o4bC 7o4cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o49-9 7ok9-5 7o49-3 7o49-10 7o49-7 7o4a-1 7ok9-9 7ok9-6 3oai-2 7ok9-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1

B: Penicillin-binding protein 1

C: Penicillin-binding protein 1

D: Penicillin-binding protein 1

E: Penicillin-binding protein 1

F: Penicillin-binding protein 1

G: Penicillin-binding protein 1

H: Penicillin-binding protein 1

I: Penicillin-binding protein 1

J: Penicillin-binding protein 1

K: Penicillin-binding protein 1

L: Penicillin-binding protein 1

P: pentaglycine

Q: pentaglycine

R: pentaglycine

S: pentaglycine

T: pentaglycine

U: pentaglycine

V: pentaglycine

W: pentaglycine

X: pentaglycine

Y: pentaglycine

ヘテロ分子

873 kDa, 22 ポリマー
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1

A: Penicillin-binding protein 1

P: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Penicillin-binding protein 1

R: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Penicillin-binding protein 1

S: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Penicillin-binding protein 1

W: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Penicillin-binding protein 1

Q: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Penicillin-binding protein 1

X: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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7

G: Penicillin-binding protein 1

T: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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8

H: Penicillin-binding protein 1

U: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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9

I: Penicillin-binding protein 1

V: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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10

J: Penicillin-binding protein 1

Y: pentaglycine

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
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11

K: Penicillin-binding protein 1

登録者が定義した集合体
72.4 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Penicillin-binding protein 1

登録者が定義した集合体
72.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	313.993, 198.186, 220.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	SER	SER	A	A	64 - 590	1 - 527
2	1	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
1	2	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 589	1 - 526
2	2	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
1	3	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 589	1 - 526
2	3	MET	MET	LYS	LYS	D	D	64 - 589	1 - 526
1	4	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 591	1 - 528
2	4	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 591	1 - 528
1	5	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 591	1 - 528
2	5	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 591	1 - 528
1	6	MET	MET	GLY	GLY	A	A	64 - 588	1 - 525
2	6	MET	MET	GLY	GLY	G	G	64 - 588	1 - 525
1	7	THR	THR	LYS	LYS	A	A	109 - 589	46 - 526
2	7	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	8	MET	MET	LYS	LYS	A	A	64 - 589	1 - 526
2	8	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	9	MET	MET	SER	SER	A	A	64 - 590	1 - 527
2	9	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	10	THR	THR	VAL	VAL	A	A	109 - 587	46 - 524
2	10	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	11	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	120 - 586	57 - 523
2	11	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	12	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	12	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
1	13	MET	MET	GLY	GLY	B	B	64 - 588	1 - 525
2	13	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
1	14	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	14	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
1	15	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	15	MET	MET	SER	SER	F	F	64 - 590	1 - 527
1	16	MET	MET	LYS	LYS	B	B	64 - 589	1 - 526
2	16	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	17	THR	THR	LYS	LYS	B	B	109 - 589	46 - 526
2	17	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	18	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	18	MET	MET	SER	SER	I	I	64 - 590	1 - 527
1	19	MET	MET	SER	SER	B	B	64 - 590	1 - 527
2	19	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	20	THR	THR	VAL	VAL	B	B	109 - 587	46 - 524
2	20	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	21	LYS	LYS	ASN	ASN	B	B	120 - 586	57 - 523
2	21	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	22	MET	MET	GLY	GLY	C	C	64 - 588	1 - 525
2	22	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
1	23	MET	MET	GLY	GLY	C	C	64 - 588	1 - 525
2	23	MET	MET	GLY	GLY	E	E	64 - 588	1 - 525
1	24	MET	MET	GLY	GLY	C	C	64 - 588	1 - 525
2	24	MET	MET	GLY	GLY	F	F	64 - 588	1 - 525
1	25	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	25	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	26	THR	THR	GLY	GLY	C	C	109 - 588	46 - 525
2	26	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	27	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	27	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	28	MET	MET	LYS	LYS	C	C	64 - 589	1 - 526
2	28	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
1	29	THR	THR	VAL	VAL	C	C	109 - 587	46 - 524
2	29	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	30	LYS	LYS	ASN	ASN	C	C	120 - 586	57 - 523
2	30	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	31	MET	MET	LYS	LYS	D	D	64 - 589	1 - 526
2	31	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
1	32	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	32	MET	MET	GLY	GLY	F	F	64 - 588	1 - 525
1	33	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	33	MET	MET	GLY	GLY	G	G	64 - 588	1 - 525
1	34	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	34	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	35	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	35	MET	MET	GLY	GLY	I	I	64 - 588	1 - 525
1	36	MET	MET	GLY	GLY	D	D	64 - 588	1 - 525
2	36	MET	MET	GLY	GLY	J	J	64 - 588	1 - 525
1	37	MET	MET	VAL	VAL	D	D	64 - 587	1 - 524
2	37	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	38	MET	MET	ASN	ASN	D	D	64 - 586	1 - 523
2	38	MET	MET	ASN	ASN	L	L	64 - 586	1 - 523
1	39	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 591	1 - 528
2	39	MET	MET	LYS	LYS	F	F	64 - 591	1 - 528
1	40	MET	MET	LYS	LYS	E	E	64 - 589	1 - 526
2	40	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
1	41	THR	THR	LYS	LYS	E	E	109 - 589	46 - 526
2	41	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	42	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
2	42	MET	MET	SER	SER	I	I	64 - 590	1 - 527
1	43	MET	MET	SER	SER	E	E	64 - 590	1 - 527
2	43	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	44	THR	THR	VAL	VAL	E	E	109 - 587	46 - 524
2	44	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	45	LYS	LYS	ASN	ASN	E	E	120 - 586	57 - 523
2	45	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	46	MET	MET	GLY	GLY	F	F	64 - 588	1 - 525
2	46	MET	MET	GLY	GLY	G	G	64 - 588	1 - 525
1	47	THR	THR	LYS	LYS	F	F	109 - 589	46 - 526
2	47	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
1	48	MET	MET	SER	SER	F	F	64 - 590	1 - 527
2	48	MET	MET	SER	SER	I	I	64 - 590	1 - 527
1	49	MET	MET	SER	SER	F	F	64 - 590	1 - 527
2	49	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	50	THR	THR	VAL	VAL	F	F	109 - 587	46 - 524
2	50	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	51	LYS	LYS	ASN	ASN	F	F	120 - 586	57 - 523
2	51	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	52	THR	THR	GLY	GLY	G	G	109 - 588	46 - 525
2	52	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
1	53	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
2	53	MET	MET	LYS	LYS	I	I	64 - 589	1 - 526
1	54	MET	MET	LYS	LYS	G	G	64 - 589	1 - 526
2	54	MET	MET	LYS	LYS	J	J	64 - 589	1 - 526
1	55	THR	THR	VAL	VAL	G	G	109 - 587	46 - 524
2	55	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	56	LYS	LYS	ASN	ASN	G	G	120 - 586	57 - 523
2	56	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	57	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
2	57	THR	THR	LYS	LYS	I	I	109 - 589	46 - 526
1	58	MET	MET	LYS	LYS	H	H	64 - 589	1 - 526
2	58	THR	THR	LYS	LYS	J	J	109 - 589	46 - 526
1	59	MET	MET	GLY	GLY	H	H	64 - 588	1 - 525
2	59	MET	MET	GLY	GLY	K	K	64 - 588	1 - 525
1	60	MET	MET	VAL	VAL	H	H	64 - 587	1 - 524
2	60	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524
1	61	MET	MET	SER	SER	I	I	64 - 590	1 - 527
2	61	MET	MET	SER	SER	J	J	64 - 590	1 - 527
1	62	THR	THR	VAL	VAL	I	I	109 - 587	46 - 524
2	62	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	63	LYS	LYS	ASN	ASN	I	I	120 - 586	57 - 523
2	63	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	64	THR	THR	VAL	VAL	J	J	109 - 587	46 - 524
2	64	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
1	65	LYS	LYS	ASN	ASN	J	J	120 - 586	57 - 523
2	65	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	67 - 586	4 - 523
1	66	MET	MET	VAL	VAL	K	K	64 - 587	1 - 524
2	66	MET	MET	VAL	VAL	L	L	64 - 587	1 - 524

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 72358.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5
#2: タンパク質・ペプチド	pentaglycine 分子量: 303.274 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.92 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: DL-malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.357→49.321 Å / Num. obs: 86448 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.674 / R_pim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.357→3.756 Å / R_merge(I) obs: 2.723 / Num. unique obs: 4322 / R_pim(I) all: 0.785
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7O49

7o49

解像度: 3.36→49.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.854 / SU B: 35.962 / SU ML: 0.539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.915 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2669	4313	5 %	RANDOM
R_work	0.2301	-	-	-
obs	0.232	82133	44.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 371.78 Å² / B_iso mean: 97.202 Å² / B_iso min: 21.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.02 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.36→49.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47732	0	178	6	47916
B_iso mean	-	-	111.93	39.5	-
残基数	-	-	-	-	6059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	48933
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	46604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.652	65792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.439	1.597	107804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	6024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.621	23.64	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.965	15	8877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.743	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	6059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	55534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	11174

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16589	0.09
1	2	B	16589	0.09
2	1	A	16505	0.1
2	2	C	16505	0.1
3	1	A	15652	0.1
3	2	D	15652	0.1
4	1	A	16587	0.09
4	2	E	16587	0.09
5	1	A	16475	0.1
5	2	F	16475	0.1
6	1	A	16613	0.09
6	2	G	16613	0.09
7	1	A	14307	0.1
7	2	H	14307	0.1
8	1	A	16493	0.1
8	2	I	16493	0.1
9	1	A	16352	0.1
9	2	J	16352	0.1
10	1	A	13793	0.11
10	2	K	13793	0.11
11	1	A	14018	0.11
11	2	L	14018	0.11
12	1	B	16551	0.1
12	2	C	16551	0.1
13	1	B	15921	0.09
13	2	D	15921	0.09
14	1	B	16855	0.09
14	2	E	16855	0.09
15	1	B	16831	0.09
15	2	F	16831	0.09
16	1	B	16695	0.09
16	2	G	16695	0.09
17	1	B	14313	0.1
17	2	H	14313	0.1
18	1	B	16612	0.09
18	2	I	16612	0.09
19	1	B	16425	0.1
19	2	J	16425	0.1
20	1	B	14050	0.12
20	2	K	14050	0.12
21	1	B	14182	0.11
21	2	L	14182	0.11
22	1	C	15760	0.1
22	2	D	15760	0.1
23	1	C	16507	0.11
23	2	E	16507	0.11
24	1	C	16447	0.11
24	2	F	16447	0.11
25	1	C	16655	0.1
25	2	G	16655	0.1
26	1	C	14440	0.1
26	2	H	14440	0.1
27	1	C	16535	0.1
27	2	I	16535	0.1
28	1	C	16414	0.11
28	2	J	16414	0.11
29	1	C	13879	0.12
29	2	K	13879	0.12
30	1	C	14062	0.11
30	2	L	14062	0.11
31	1	D	15855	0.1
31	2	E	15855	0.1
32	1	D	15837	0.1
32	2	F	15837	0.1
33	1	D	15626	0.1
33	2	G	15626	0.1
34	1	D	15013	0.08
34	2	H	15013	0.08
35	1	D	15574	0.1
35	2	I	15574	0.1
36	1	D	15447	0.11
36	2	J	15447	0.11
37	1	D	14747	0.1
37	2	K	14747	0.1
38	1	D	14816	0.1
38	2	L	14816	0.1
39	1	E	16805	0.09
39	2	F	16805	0.09
40	1	E	16688	0.09
40	2	G	16688	0.09
41	1	E	14287	0.1
41	2	H	14287	0.1
42	1	E	16589	0.09
42	2	I	16589	0.09
43	1	E	16394	0.1
43	2	J	16394	0.1
44	1	E	14001	0.12
44	2	K	14001	0.12
45	1	E	14170	0.11
45	2	L	14170	0.11
46	1	F	16541	0.09
46	2	G	16541	0.09
47	1	F	14275	0.11
47	2	H	14275	0.11
48	1	F	16498	0.1
48	2	I	16498	0.1
49	1	F	16347	0.11
49	2	J	16347	0.11
50	1	F	13899	0.12
50	2	K	13899	0.12
51	1	F	14181	0.1
51	2	L	14181	0.1
52	1	G	14281	0.1
52	2	H	14281	0.1
53	1	G	16701	0.08
53	2	I	16701	0.08
54	1	G	16496	0.1
54	2	J	16496	0.1
55	1	G	13787	0.12
55	2	K	13787	0.12
56	1	G	14034	0.11
56	2	L	14034	0.11
57	1	H	14241	0.1
57	2	I	14241	0.1
58	1	H	14151	0.11
58	2	J	14151	0.11
59	1	H	14457	0.1
59	2	K	14457	0.1
60	1	H	14644	0.1
60	2	L	14644	0.1
61	1	I	16503	0.1
61	2	J	16503	0.1
62	1	I	13749	0.12
62	2	K	13749	0.12
63	1	I	13991	0.11
63	2	L	13991	0.11
64	1	J	13691	0.12
64	2	K	13691	0.12
65	1	J	13927	0.11
65	2	L	13927	0.11
66	1	K	14371	0.11
66	2	L	14371	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.36→3.447 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.128	4	-
R_work	0.404	120	-
all	-	124	-
obs	-	-	0.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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