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- PDB-7o4a: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Sta... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o4a | ||||||
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Title | Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus in complex with piperacillin | ||||||
![]() | Penicillin-binding protein 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Cell division / antibiotic resistance / peptidoglycan synthesis / transpeptidase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery. Authors: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1001.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1022.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7o49C ![]() 7o4bC ![]() 7o4cC ![]() 7ok9C ![]() 5troS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 64 - 588 / Label seq-ID: 1 - 525
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 72358.016 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: pbp1, SACOL1194 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.66 Å3/Da / Density % sol: 73.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: D,L-malic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97925 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.028→47.397 Å / Num. obs: 26360 / % possible obs: 95.1 % / Redundancy: 32.1 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.028→3.306 Å / Rmerge(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 1318 / Rpim(I) all: 0.468 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TRO Resolution: 3.028→47.394 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.181 / SU B: 19.631 / SU ML: 0.339 / Average fsc free: 0.8855 / Average fsc work: 0.9075 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.558 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 84.766 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.028→47.394 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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