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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o3h | ||||||
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タイトル | Murine CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / mitochondria / respiratory chain / supercomplex / OXIDOREDUCTASE / complex III / complex IV | ||||||
機能・相同性 | ![]() subthalamus development / pons development / Respiratory electron transport / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / response to mercury ion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / thalamus development / Mitochondrial protein degradation / : ...subthalamus development / pons development / Respiratory electron transport / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / response to mercury ion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / thalamus development / Mitochondrial protein degradation / : / : / response to alkaloid / quinol-cytochrome-c reductase / response to copper ion / response to glucagon / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / midbrain development / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to cobalamin / response to hyperoxia / animal organ regeneration / electron transport coupled proton transport / response to cadmium ion / respiratory electron transport chain / response to hormone / response to activity / mitochondrial membrane / hippocampus development / response to toxic substance / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to calcium ion / myelin sheath / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
![]() | Vercellino, I. / Sazanov, L.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and assembly of the mammalian mitochondrial supercomplex CIIICIV. 著者: Irene Vercellino / Leonid A Sazanov / ![]() 要旨: The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is ...The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is debated. Supercomplexes CIIICIV (refs. ), CICIII (ref. ) and CICIIICIV (respirasome) exist in mammals, but in contrast to CICIII and the respirasome, to date the only known eukaryotic structures of CIIICIV come from Saccharomyces cerevisiae and plants, which have different organization. Here we present the first, to our knowledge, structures of mammalian (mouse and ovine) CIIICIV and its assembly intermediates, in different conformations. We describe the assembly of CIIICIV from the CIII precursor to the final CIIICIV conformation, driven by the insertion of the N terminus of the assembly factor SCAF1 (ref. ) deep into CIII, while its C terminus is integrated into CIV. Our structures (which include CICIII and the respirasome) also confirm that SCAF1 is exclusively required for the assembly of CIIICIV and has no role in the assembly of the respirasome. We show that CIII is asymmetric due to the presence of only one copy of subunit 9, which straddles both monomers and prevents the attachment of a second copy of SCAF1 to CIII, explaining the presence of one copy of CIV in CIIICIV in mammals. Finally, we show that CIII and CIV gain catalytic advantage when assembled into the supercomplex and propose a role for CIIICIV in fine tuning the efficiency of electron transfer in the electron transport chain. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 966.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 696.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 147 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9種, 17分子 ALBMEPFQGRHSJUKVT
#1: タンパク質 | 分子量: 49355.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 46641.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 21524.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 13456.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 9652.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 9002.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 7326.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 6546.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 7900.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 CNDO
#3: タンパク質 | 分子量: 43240.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 27312.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 24分子 ![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-3PE / #13: 化合物 | ChemComp-CDL / #14: 化合物 | ChemComp-HEM / #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Murine complex CIII2 focus-refined from supercomplex CICIII2 タイプ: COMPLEX / 詳細: Dimer of Complex III / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.7 / 詳細: CHAPS was added only upon freezing | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.17 sec. / 電子線照射量: 90.66 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7245 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1500000 詳細: multiple rounds of picking and classification performed, first with Relion LoG and then with Topaz, to extract the best particles from the non-pure starting material | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: the final pool of particles was classified without alignment around the MPP cavity to separate the two orientations of Sub 9. the two classes were then refined, first globally and then ...詳細: the final pool of particles was classified without alignment around the MPP cavity to separate the two orientations of Sub 9. the two classes were then refined, first globally and then focused on CIII, re-oriented along the C2 symmetry axis, to allow for subsequent 180 degrees flipping of one class and final re-pooled refinement with all particles having the same orientation of Sub 9 クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 65 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: MAXIMAL LIKELIHOOD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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