+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o2z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the anti-PAS Fab 2.2 in complex with its epitope peptide | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / disordered protein antigen / PAS polypeptide / protein engineering | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Schilz, J. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021 タイトル: Molecular recognition of structurally disordered Pro/Ala-rich sequences (PAS) by antibodies involves an Ala residue at the hot spot of the epitope. 著者: Schilz, J. / Binder, U. / Friedrich, L. / Gebauer, M. / Lutz, C. / Schlapschy, M. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o2z.cif.gz | 101.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7o2z.ent.gz | 76.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o2z_validation.pdf.gz | 314.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7o2z_full_validation.pdf.gz | 315.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o2z_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o2z_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24137.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 24968.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 690.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: ACE in the peptide sequence is the residue code for N-terminal acetylation 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 11% (w/v) PEG 6000 100 mM Tris/HCl pH 8 200 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日 / 詳細: Si mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→34.63 Å / Num. obs: 17370 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.176 % / Biso Wilson estimate: 28.843 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 16.98 / Num. measured all: 454683 / Scaling rejects: 46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QQ9 解像度: 2.55→34.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 8.659 / SU ML: 0.188 / SU R Cruickshank DPI: 0.6248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.625 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.92 Å2 / Biso mean: 27.208 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→34.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|