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万見
- PDB-7nrn: NMR structure of GIPC1-GH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nrn
タイトルNMR structure of GIPC1-GH2 domain
要素PDZ domain-containing protein GIPC1
キーワードENDOCYTOSIS / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


TGFBR3 regulates FGF2 signaling / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / glutamate secretion / cellular response to interleukin-7 / vesicle membrane / myosin binding / positive regulation of cytokinesis ...TGFBR3 regulates FGF2 signaling / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / glutamate secretion / cellular response to interleukin-7 / vesicle membrane / myosin binding / positive regulation of cytokinesis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brush border / endocytic vesicle / endothelial cell migration / protein targeting / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / GTPase activator activity / dendritic shaft / PDZ domain binding / regulation of protein stability / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / synaptic vesicle / presynapse / actin binding / cell cortex / chemical synaptic transmission / postsynapse / dendritic spine / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDZ domain-containing protein GIPC1/2/3 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PDZ domain-containing protein GIPC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Barthe, P. / Roumestand, C.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Pressure and Chemical Unfolding of an alpha-Helical Bundle Protein: The GH2 Domain of the Protein Adaptor GIPC1.
著者: Dubois, C. / Planelles-Herrero, V.J. / Tillatte-Tripodi, C. / Delbecq, S. / Mammri, L. / Sirkia, E.M. / Ropars, V. / Roumestand, C. / Barthe, P.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ domain-containing protein GIPC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1811
ポリマ－9,1811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4910 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PDZ domain-containing protein GIPC1 / GAIP C-terminus-interacting protein / RGS-GAIP-interacting protein / RGS19-interacting protein 1 / ...GAIP C-terminus-interacting protein / RGS-GAIP-interacting protein / RGS19-interacting protein 1 / SemaF cytoplasmic domain-associated protein 1 / SEMCAP-1 / Synectin


分子量: 9181.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gipc1, Gipc, Rgs19ip1, Semcap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z0G0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
122isotropic13D HN(CA)CB
132isotropic13D HNCO
143isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-15N] GIPC1-GH2, 20 mM TRIS, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution21.0 mM [U-13C; U-15N] GIPC1-GH2, 20 mM TRIS, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 95% H2O/5% D2O13C_sample95% H2O/5% D2O
solution31.0 mM GIPC1-GH2, 20 mM TRIS, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMGIPC1-GH2[U-15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
0.1 mMPMSFnatural abundance1
1.0 mMGIPC1-GH2[U-13C; U-15N]2
20 mMTRISnatural abundance2
0.1 mMEDTAnatural abundance2
0.1 mMPMSFnatural abundance2
1.0 mMGIPC1-GH2natural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
0.1 mMEDTAnatural abundance3
0.1 mMPMSFnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CINDYPadillachemical shift assignment
CINDYPadillapeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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