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Yorodumi- PDB-7nqa: Crystal structure of Nucleoporin-98 nanobody MS98-6 complex solve... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nqa | ||||||
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Title | Crystal structure of Nucleoporin-98 nanobody MS98-6 complex solved at 2.2A resolution | ||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN / Nup98 / Nanobody / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xenopus tropicalis (tropical clawed frog) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Sola-Colom, M. / Trakhanov, S. / Goerlich, D. | ||||||
Citation | Journal: EMBO J / Year: 2024 Title: A checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies. Authors: Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich / Abstract: Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nqa.cif.gz | 293.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nqa.ent.gz | 197 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nqa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nqa_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nqa_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 7nqa_validation.xml.gz | 25.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7nqa_validation.cif.gz | 36.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7nowC 7zoxC 8cdsC 8cdtC 8ozbC 5e0qS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17275.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus tropicalis (tropical clawed frog) Gene: nup98 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NEB Express / References: UniProt: A0A6I8SCP2 #2: Antibody | Mass: 13471.062 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NEB Express #3: Chemical | ChemComp-TRS / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 58 % / Description: Rods |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 2.5% (w/v) PEG 6000, 25% (v/v) PEG MME 500, 0.1 M Tris-HCl pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 12, 2018 / Details: Dynamically bendable mirrow |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.3 Å / Num. obs: 49105 / % possible obs: 87.7 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 39.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 4.98 % / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.32 / % possible all: 44 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5E0Q Resolution: 2.2→29.69 Å / SU ML: 0.2527 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.2197 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 Details: We processed data at 2A resolution but used 30-2.2A shell for refinement
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→29.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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