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万見
- PDB-1exz: STRUCTURE OF STEM CELL FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exz
タイトルSTRUCTURE OF STEM CELL FACTOR
要素STEM CELL FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / scf / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / melanocyte migration / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell apoptotic process / mast cell proliferation / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of leukocyte migration / neural crest cell migration / embryonic hemopoiesis / Regulation of KIT signaling / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cytokine activity / filopodium / growth factor activity / Signaling by SCF-KIT / : / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / lamellipodium / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / cell adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Kit ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Schlessinger, J. / Kong, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of human stem cell factor: implication for stem cell factor receptor dimerization and activation.
著者: Zhang, Z. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Schlessinger, J. / Kong, X.P.
履歴
登録2000年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEM CELL FACTOR
B: STEM CELL FACTOR
C: STEM CELL FACTOR
D: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,83311
ポリマ－64,0294
非ポリマー8047
水2,378132
1
A: STEM CELL FACTOR
B: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3555
ポリマ－32,0152
非ポリマー3413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
2
C: STEM CELL FACTOR
D: STEM CELL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4786
ポリマ－32,0152
非ポリマー4634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.154, 87.526, 79.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
STEM CELL FACTOR / SCF


分子量: 16007.306 Da / 分子数: 4 / 断片: 26-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21583
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG 400, 250 mM CaCl2, 1 mM SmCl3, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
225-30 %PEG4001reservoir
30.25 M1reservoirCaCl2
40.1 MHEPES1reservoir
51 mM1dropSmCl3

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 19-ID11.03
シンクロトロンAPS 19-ID21.55
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.031
21.551
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 21877 / Num. obs: 21454 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 90.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.3→40 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: mlf / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2133 -randomly selected 10% of reflections
Rwork0.223 ---
all0.223 21877 --
obs0.223 21494 10 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 14 132 4236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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