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Yorodumi- PDB-7now: Complex of Nucleoporin-98 and nanobody MS98-27 solved at 1.85A re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7now | ||||||
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Title | Complex of Nucleoporin-98 and nanobody MS98-27 solved at 1.85A resolution | ||||||
Components |
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Keywords | NUCLEAR PROTEIN / Nup98 / Nanobody / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vicugna pacos (alpaca) Xenopus tropicalis (tropical clawed frog) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Sola-Colom, M. / Trakhanov, S. / Goerlich, D. | ||||||
Citation | Journal: EMBO J / Year: 2024 Title: A checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies. Authors: Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich / Abstract: Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7now.cif.gz | 297.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7now.ent.gz | 201.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7now.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7now_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7now_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 7now_validation.xml.gz | 26.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7now_validation.cif.gz | 38.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/7now ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/7now | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7nqaC 7zoxC 8cdsC 8cdtC 8ozbC 5e0qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.7554/ELIFE.11349 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 13919.286 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Plasmid: pMSC130 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NEB Express #2: Protein | Mass: 17332.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus tropicalis (tropical clawed frog) Gene: nup98 / Plasmid: pTP290 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NEB Express / References: UniProt: A0A6I8SCP2 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density % sol: 84 % / Description: Chunky prisms |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 34% (v/v) PO/OH, 0.1 M Tris-HCl pH9, 0.16 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2018 / Details: Dynamically bendable mirrow |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→47.83 Å / Num. obs: 88309 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Redundancy: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 6453 / CC1/2: 0.395 / % possible all: 98.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5E0Q Resolution: 1.85→47.83 Å / SU ML: 0.2808 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.5509 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→47.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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