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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3urk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | IspH in complex with propynyl diphosphate (1061) | ||||||
Components | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway | ||||||
| Function / homology | Function and homology information4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2012Title: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH. Authors: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3urk.cif.gz | 275.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3urk.ent.gz | 222.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3urk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 3urk_validation.pdf.gz | 476.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3urk_full_validation.pdf.gz | 491.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3urk_validation.xml.gz | 31.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 3urk_validation.cif.gz | 46.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3urk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/3urk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3utcC ![]() 3utdC ![]() 3uv3C ![]() 3uv6C ![]() 3uv7C ![]() 3uwmC ![]() 3ke8S ![]() 3uv8 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 9 - 317
|
-
Components
| #1: Protein | Mass: 35790.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.67 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2010 |
| Radiation | Monochromator: double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.5→47.98 Å / Num. all: 103709 / Num. obs: 102672 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3KE8 Resolution: 1.5→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.513 / SU ML: 0.043 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.076 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 17.619 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→47.98 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2403 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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