+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3szl | ||||||
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Title | IspH:Ligand Mutants - wt 70sec | ||||||
Components | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 4Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / induced fit mechanism / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis. Authors: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3szl.cif.gz | 274.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3szl.ent.gz | 221.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3szl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3szl_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3szl_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3szl_validation.xml.gz | 31.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3szl_validation.cif.gz | 47.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3szoC 3szuC 3t0fC 3t0gC 3f7tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321
|
-Components
#1: Protein | Mass: 36223.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P62623, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2011 |
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→20 Å / Num. all: 84965 / Num. obs: 79612 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3F7T Resolution: 1.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.756 / SU ML: 0.074 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.106 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.238 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→10 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2383 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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