PDB-3szo: IspH:HMBPP complex after 3 minutes X-ray pre-exposure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szo

タイトル

IspH:HMBPP complex after 3 minutes X-ray pre-exposure

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 4Fe-4S iron-sulfur cluster / conserved cysteine / IPP and DMAPP production final step / non-mevalonate pathway / substrate HMBPP / alternate conformations

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Span, I. / Graewert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Mutant IspH Proteins Reveal a Rotation of the Substrate's Hydroxymethyl Group during Catalysis.
著者: Span, I. / Grawert, T. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szo.cif.gz	275.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szo.ent.gz	222.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3szlC 3szuC 3t0fC 3t0gC 3f7tS 3dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kel-3 3urk-2 3zgl-1 3szl-1 3szu-2 3t0g-2 4mv5-1 4h4e-2 3kef-3 4h4c-1 4eb3-1 3uv3-1 4muy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.890, 80.580, 111.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 309 / Label seq-ID: 13 - 321

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / IspH 分子量: 36223.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP 分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 84534 / Num. obs: 77603 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データスケーリング
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F7T

3f7t

解像度: 1.6→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.454 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23903	3865	5 %	RANDOM
R_work	0.20501	-	-	-
obs	0.20673	73426	100 %	-
all	-	77453	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	603	5422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.976	6644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.699	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.695	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.877	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.028	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	2.094	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.875	1.5	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.553	2	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.943	3	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.238	4.5	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.807	3	4895

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2383 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.43	0.5
A	medium thermal	2.1	2
B	medium positional	0.43	0.5
B	medium thermal	2.1	2

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	287	-
R_work	0.252	5442	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.9057	-6.6947	-4.0348	4.0476	3.0518	3.5448	-0.1397	-0.0641	0.0072	0.1511	0.1145	0.003	0.2067	0.1854	0.0252	0.1112	0.021	-0.0217	0.131	0.0235	0.1264	-6.2473	-8.8142	-7.0609
2	1.9421	1.0639	0.7342	0.8755	0.5098	0.3197	0.0375	-0.0947	-0.1494	-0.028	-0.018	-0.0245	-0.0029	-0.0161	-0.0195	0.133	-0.0018	-0.0039	0.1521	-0.0021	0.0988	-29.5056	-10.2147	-10.5691
3	2.4244	1.2917	0.5442	2.2291	1.8508	1.7068	0.0304	0.2219	-0.0446	-0.113	-0.1089	0.0387	-0.1257	-0.1936	0.0785	0.0518	0.0287	-0.0481	0.1003	-0.049	0.1118	-40.3447	-12.6207	-22.3205
4	2.2141	0.7439	0.959	0.259	0.3305	0.4245	0.0257	0.0139	-0.1449	-0.0055	0.0422	-0.0663	-0.0172	0.031	-0.068	0.1492	0.0028	0.01	0.1552	-0.0164	0.0967	-26.0349	-9.9842	-22.1733
5	8.9997	-8.0268	3.2059	16.4203	1.8594	3.5777	0.5719	1.1168	0.2314	-0.5091	-0.6946	-0.3638	0.1713	0.4729	0.1227	0.0497	0.0485	0.0159	0.2432	-0.1	0.1874	-37.4581	-9.1976	-27.8657
6	0.3713	0.0815	0.5487	4.3725	1.4408	1.2134	0.0739	0.0135	0.0201	-0.201	-0.1973	0.3158	0.0276	-0.0307	0.1234	0.1314	0.0178	-0.028	0.1525	-0.0228	0.1158	-41.1003	-3.7333	-20.801
7	1.5406	-0.4061	1.8491	4.1591	3.7541	6.7894	-0.0518	-0.0894	-0.3572	0.0632	-0.0625	0.7645	-0.0206	-0.1343	0.1142	0.0499	0.0052	-0.0161	0.0652	-0.0736	0.4389	-48.174	0.4763	-22.3487
8	0.3014	0.2688	0.2235	1.0026	1.0056	1.0297	0.0326	-0.0513	0.0119	0.0913	-0.1042	0.0891	0.0805	-0.0577	0.0716	0.1205	0.0048	-0.0066	0.167	-0.0181	0.1096	-38.7139	0.1753	-10.9888
9	1.4163	-2.4733	1.2744	10.6281	2.0143	4.0603	-0.0289	0.0437	-0.1248	0.5427	-0.1882	0.8699	0.3043	0.0306	0.2171	0.0396	-0.0145	0.0582	0.095	-0.1014	0.2795	-43.9476	15.8277	-9.5244
10	0.6568	-1.03	-0.4008	2.3795	0.4782	0.2792	0.0136	0.009	0.0145	-0.1448	-0.0014	0.091	0.0172	0.0097	-0.0122	0.1489	0.0108	-0.0255	0.1374	0.0007	0.0927	-30.6025	11.8762	-17.7336
11	1.0948	0.4201	-0.2116	2.318	0.2914	0.2275	0.0077	0.0919	0.0389	-0.2692	-0.0429	0.157	-0.0391	0.0221	0.0353	0.0853	0.0224	-0.0504	0.0921	0.015	0.0847	-34.1765	21.3718	-16.5258
12	0.8112	-0.1444	-0.1069	1.4997	0.0481	0.0149	0.0279	0.0081	0.0333	0.0837	-0.0236	-0.0957	0.0017	-0.0049	-0.0043	0.134	0.0098	-0.0116	0.1387	-0.0099	0.0944	-23.425	14.4614	-9.7938
13	0.6663	-0.2359	0.3444	3.9095	-3.1726	2.6116	0.0559	-0.1073	0.0433	0.0502	-0.0216	0.0654	-0.019	0.0017	-0.0343	0.1127	0.0058	0.0225	0.1164	-0.0217	0.0755	-29.3994	22.4058	-4.5924
14	1.8522	-0.7585	0.1377	0.5889	-0.2719	0.1788	-0.0255	-0.0778	0.1103	0.0098	0.0038	-0.0638	0.0018	-0.001	0.0217	0.1404	0.0065	-0.0129	0.1582	-0.0157	0.0901	-19.2702	2.9204	-5.4337
15	1.4506	0.7021	0.4889	0.6554	0.5724	0.654	-0.0213	0.0207	0.0094	-0.0498	0.0049	-0.0808	-0.0312	-0.0452	0.0164	0.1135	-0.0013	0.0079	0.1203	0.005	0.1212	-11.2716	0.4859	-15.9271
16	2.0652	0.3046	-0.379	2.0477	0.1932	3.2125	-0.064	0.0767	-0.0949	-0.3108	0.1067	-0.226	0.1244	0.1913	-0.0427	0.0636	0.0192	0.0413	0.0996	-0.0033	0.1188	-3.0391	-8.4201	-20.9227
17	1.5313	-0.4814	0.3685	0.8813	0.1765	0.2075	-0.0085	-0.0341	-0.0206	0.0527	0.0146	0.0118	0.0314	-0.0128	-0.0061	0.1354	0.0065	-0.0039	0.1198	0.006	0.1028	-14.6578	-11.9849	-13.4162
18	2.5106	0.047	-0.7523	0.1041	0.3401	1.4552	0.0017	-0.0937	-0.1223	0.0403	-0.0134	-0.0128	0.1043	0.0009	0.0118	0.1203	0.0222	-0.0065	0.0846	0.0345	0.1074	-8.2231	-11.8523	-7.3411
19	8.3069	1.5809	3.8308	0.3825	0.8531	1.9561	-0.0046	-0.2664	-0.0821	0.0525	-0.035	0.027	0.0805	-0.1116	0.0396	0.1325	-0.0033	0.0055	0.1711	0.0091	0.0717	-32.087	-7.2924	-2.0389
20	33.1464	-13.828	-32.1667	45.712	8.267	40.5534	-0.3332	0.3914	-0.3884	1.0121	-1.5887	1.0971	-1.0914	-2.323	1.9219	0.3071	0.2281	-0.1971	0.6067	-0.4648	0.3589	-44.5084	-13.5169	-8.4707
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39	6.8583	-2.2933	4.161	0.8042	-1.4316	2.5691	0.0107	0.2706	0.0411	-0.0821	-0.0547	-0.0231	0.095	0.1421	0.0439	0.2028	0.0052	0.018	0.2016	-0.0156	0.0535	-33.4296	-7.9144	2.7999
40	23.0318	7.8465	0.1484	52.9735	6.7595	33.1129	-0.1357	1.4114	0.3389	-0.6179	-0.2466	-1.8297	1.7224	0.6096	0.3823	0.1972	0.1214	0.069	0.1882	0.0748	0.0948	-22.8733	-15.7861	7.7173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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