PDB-3uv6: Ec_IspH in complex with 4-hydroxybutyl diphosphate (1301)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uv6

タイトル

Ec_IspH in complex with 4-hydroxybutyl diphosphate (1301)

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2011年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uv6.cif.gz	283 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uv6.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3uv6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uv6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3uv6_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	3uv6_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uv6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3urkC 3utcC 3utdC 3uv3C 3uv7C 3uwmC 3ke8S 3dnf 3uv8 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mux-2 4muy-1 3utd-1 3kef-3 3kef-2 4mv0-2 3uv7-1 3zgn-2 3urk-1 3urk-2 4h4e-2 3szu-2 3szl-1 4eb3-1 3kel-3 3f7t-1 4muy-2 3ke8-3 3zgl-1 3uv3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

72.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.760, 80.470, 111.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999718, 0.010048, 0.021523), (0.01026, 0.999899, 0.009802), (-0.021422, 0.01002, -0.99972)	-65.60045, 0.29399, -0.38553

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase 分子量: 35790.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ispH, lytB, yaaE, b0029, JW0027 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: UniProt: P62623, EC: 1.17.1.2
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-0CH / 4-hydroxybutyl trihydrogen diphosphate 分子量: 250.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂O₈P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月18日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 69797 / Num. obs: 69308 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0072	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.31 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20432	3466	5 %	RANDOM
R_work	0.14155	-	-	-
all	0.164	69307	-	-
obs	0.14469	65841	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	44	563	5380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.977	6644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.617	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.106	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.057	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.829	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.414	3	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	32.751	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	20.821	5	5253

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	225	-
R_work	0.144	4379	-
obs	-	-	96.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2946	0.0173	0.1521	0.0014	0.0096	0.0798	0.0131	0.0245	-0.0214	-0.0005	-0.0025	-0.0001	0.0041	0.0027	-0.0106	0.0903	0.0003	0.0002	0.0832	0.0061	0.0887	-9.0562	-7.9622	-7.3291
2	0.6057	0.1778	0.2803	0.1967	0.0726	0.1304	0.0122	-0.0222	-0.0274	-0.0185	-0.0004	-0.0085	0.0059	-0.0088	-0.0117	0.086	-0.0029	-0.0016	0.0805	0.0009	0.0831	-29.6816	-10.2332	-10.8316
3	0.1	-0.1094	0.0687	0.2688	0.1353	0.348	0.0397	0.0136	-0.0339	-0.0532	-0.017	0.0359	0.0419	0.0205	-0.0227	0.1078	0.0005	-0.0208	0.0565	-0.012	0.0991	-39.9851	-13.3953	-21.8335
4	0.7796	-0.348	0.2789	0.3783	0.0647	0.2612	0.0421	0.0214	-0.0374	-0.0484	-0.0175	0.0096	-0.0052	0.0105	-0.0246	0.0912	0.004	-0.0012	0.0761	-0.0005	0.0782	-26.5542	-10.1237	-21.5314
5	1.4488	-0.5238	1.0758	0.1917	-0.3894	0.7991	0.0407	0.0639	0.0112	-0.0325	-0.0382	-0.0006	0.0404	0.0448	-0.0025	0.1047	0.0208	-0.0109	0.0835	-0.0098	0.085	-36.9378	-9.4925	-27.7103
6	0.7001	0.1096	0.3118	0.0227	0.0471	0.1417	0.0255	0.0245	-0.0157	-0.0049	-0.0054	0.0133	0.0069	0.0053	-0.0201	0.0871	0.0032	-0.0086	0.0793	-0.0033	0.0899	-40.9269	-4.6761	-20.7925
7	0.0007	-0.0473	0.0014	6.7071	-0.1123	0.0037	0.012	0.0063	-0.0095	-0.3583	0.0052	0.8846	0.0111	0.0142	-0.0172	0.0691	0.0464	-0.105	0.1269	-0.0457	0.2344	-48.285	-0.2484	-22.8756
8	0.2917	0.1436	-0.0085	0.161	-0.0807	0.0662	0.0222	-0.0117	0.0048	0.01	-0.016	0.0172	0.0057	0.0042	-0.0062	0.0825	-0.0008	0.0008	0.0788	-0.0052	0.0903	-38.9807	-0.6031	-11.7301
9	0.4367	-0.6059	0.2788	1.6751	-0.935	0.5805	0.0098	-0.035	-0.0539	0.1195	0.0456	0.264	-0.0498	-0.0002	-0.0554	0.0912	-0.0001	0.0427	0.0691	-0.0054	0.2013	-43.9073	15.2642	-8.8178
10	0.2467	0.2039	-0.102	0.1699	-0.0847	0.0423	-0.0029	0.0134	0.0277	-0.0112	0.0102	0.0161	0.0034	-0.0059	-0.0073	0.0883	0.0065	-0.0017	0.0759	0.0027	0.0831	-31.0382	11.9764	-17.177
11	0.0244	0.0845	-0.0096	0.325	0.0142	0.1027	0.0003	0.005	0.0135	-0.0207	-0.0117	0.056	-0.0203	-0.0117	0.0114	0.0847	0.0034	-0.0048	0.0757	-0.0011	0.0944	-34.6318	20.8718	-16.1958
12	0.2702	0.1879	0.0633	0.5352	0.0669	0.0164	0.0037	-0.0034	0	0.0043	-0.0047	-0.0081	-0.0013	0.0024	0.0009	0.0858	-0.0002	0.0018	0.0759	0.0001	0.0808	-24.2357	14.2615	-9.9682
13	0.0373	0.171	-0.1006	0.8245	-0.4891	0.2906	0.0039	-0.0113	0.0054	0.0446	-0.0002	0.0148	-0.0286	-0.0042	-0.0037	0.0944	0.0047	-0.0027	0.0811	-0.0077	0.0803	-29.4204	22.7116	-5.2406
14	0.3222	-0.2326	-0.007	0.2835	-0.0416	0.0231	0.012	-0.0191	0.0233	0.0049	-0.0099	-0.0112	0.0044	-0.0041	-0.0021	0.0823	-0.0008	0.0004	0.0813	0.0008	0.0807	-19.3647	2.8896	-5.5245
15	0.2404	0.016	0.1029	0.1643	0.1163	0.1186	0.0034	0.0146	0.0163	-0.0106	0.0063	-0.0266	-0.0033	0.0005	-0.0097	0.084	-0.0008	0.0037	0.0762	0.0017	0.0869	-11.369	0.453	-15.4686
16	0.0837	-0.0057	-0.1283	0.0867	-0.0259	0.4233	-0.0162	0.0109	-0.0043	-0.0056	0.0217	-0.0162	0.0155	0.0552	-0.0055	0.0777	0.002	0.0042	0.0802	-0.0027	0.0921	-2.4188	-8.4299	-20.3193
17	0.2314	-0.0355	-0.1287	0.1319	-0.0101	0.0828	0.0084	-0.0184	-0.0124	-0.0156	-0.0031	-0.0099	0.002	0.0002	-0.0054	0.0847	-0.0004	-0.0004	0.076	0.0004	0.0861	-14.6881	-11.6264	-13.4266
18	0.356	-0.3009	-0.3821	0.4539	0.5751	0.7324	-0.0071	-0.0108	-0.0311	0.0236	0.004	-0.0066	0.0228	-0.0092	0.0031	0.0826	0.0031	0.0044	0.079	0.0054	0.0815	-7.5521	-11.8564	-7.408
19	0.4016	0.1376	0.4825	0.06	0.1978	0.6688	0.0177	-0.0637	-0.015	0.0017	-0.0169	-0.0051	0.0239	-0.0553	-0.0008	0.0794	-0.004	-0.002	0.0876	0.0037	0.0809	-31.5689	-7.5518	-2.0244
20	3.6713	0.4614	-0.4403	3.1245	3.2221	3.5572	-0.0535	-0.2011	0.1902	0.1771	-0.1541	0.2798	0.1905	-0.0645	0.2077	0.0808	-0.028	0.0048	0.1095	-0.0254	0.1073	-43.9808	-13.8755	-8.0185
21	0.0145	-0.0506	-0.0116	0.1776	0.0421	0.013	0.0027	0.0105	-0.0338	-0.0184	-0.0313	0.1199	-0.0132	0.0058	0.0286	0.0944	0.0028	0	0.0794	-0.003	0.1044	-56.4053	-7.8679	8.0652
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39	0.8795	-0.1737	0.2915	0.0401	-0.1059	0.6245	-0.0161	0.059	-0.0325	0.0056	-0.0153	0.012	0.0102	0.0593	0.0314	0.0847	-0.0029	-0.0001	0.0796	0.0002	0.0804	-32.9304	-7.9112	3.1608
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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