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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nlp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with L-canavanine | |||||||||
![]() | Acetylglutamate kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / ArgB Acetylglutamate kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / phosphorylation / ATP binding ...acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mendes, V. / Thomas, S.E. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis 著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 702.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nlfC ![]() 7nlnC ![]() 7nloC ![]() 7nlqC ![]() 7nlrC ![]() 7nlsC ![]() 7nltC ![]() 7nluC ![]() 7nlwC ![]() 7nlxC ![]() 7nlyC ![]() 7nlzC ![]() 7nm0C ![]() 7nn1C ![]() 7nn4C ![]() 7nn7C ![]() 7nn8C ![]() 7nnbC ![]() 7nncC ![]() 7nnfC ![]() 7nniC ![]() 7nnqC ![]() 7nnrC ![]() 7nnvC ![]() 7nnwC ![]() 7nnyC ![]() 7nnzC ![]() 7norC ![]() 7nosC ![]() 7notC ![]() 7nouC ![]() 7novC ![]() 7np0C ![]() 7nphC ![]() 7npjC ![]() 2ap9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31212.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: argB, Rv1654, MTCY06H11.19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GGB / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 1260 mM ammonium sulphate 100 mM CHES pH 9.5 200 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.21→87.03 Å / Num. obs: 20426 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 48.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 154874 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AP9 解像度: 2.213→64.346 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.8 Å2 / Biso mean: 68.6298 Å2 / Biso min: 38.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.213→64.346 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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