PDB-7nnv: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nnv

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with carbamoyl phosphate.

要素

Ornithine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nnv.cif.gz	719 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nnv.ent.gz	594.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nnv_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nnv_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7nnv_validation.xml.gz	79.7 KB	表示
CIF形式データ	7nnv_validation.cif.gz	120.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nlnC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlrC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nncC 7nnfC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnwC 7nnyC 7nnzC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 2p2gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nnz-1 7nor-1 7nnf-2 7nnw-1 7nos-2 7nov-1 7nnf-1 7nny-1 2i6u-d 2p2g-2 7np0-1 2p2g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.441, 142.371, 99.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase / OTCase 分子量: 33208.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIT9, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER 分子量: 141.020 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄NO₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→88.1 Å / Num. obs: 259225 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 1330397 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.67-1.76	4.2	1.186	151816	36285	0.46	0.634	1.351	0.9	95.2
5.27-88.1	5.2	0.025	43412	8389	0.999	0.012	0.027	47.1	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.05 Å	88.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P2G

2p2g

解像度: 1.67→49.55 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	13172	5.08 %
R_work	0.1612	245949	-
obs	0.1622	259121	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.07 Å² / B_iso mean: 35.4878 Å² / B_iso min: 19.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.67→49.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13657	0	117	1806	15580
B_iso mean	-	-	43.19	45.24	-
残基数	-	-	-	-	1814

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.67-1.69	0.3458	364	0.3438	7261	7625	88
1.69-1.71	0.3413	380	0.3256	7638	8018	92
1.71-1.73	0.3333	455	0.3078	8110	8565	99
1.73-1.75	0.3029	429	0.2829	8228	8657	100
1.75-1.77	0.2948	452	0.2696	8253	8705	100
1.77-1.8	0.2898	456	0.2469	8235	8691	100
1.8-1.82	0.2762	465	0.2229	8180	8645	100
1.82-1.85	0.2186	452	0.2101	8263	8715	100
1.85-1.88	0.2367	447	0.2046	8218	8665	100
1.88-1.91	0.2359	495	0.2102	8221	8716	100
1.91-1.94	0.2479	424	0.2181	8247	8671	100
1.94-1.98	0.2232	430	0.1948	8234	8664	100
1.98-2.02	0.193	511	0.1715	8182	8693	100
2.02-2.06	0.1989	414	0.1651	8244	8658	100
2.06-2.1	0.1896	434	0.1626	8269	8703	100
2.1-2.15	0.1891	399	0.1578	8292	8691	100
2.15-2.2	0.1653	454	0.152	8259	8713	100
2.2-2.26	0.1866	426	0.1571	8254	8680	100
2.26-2.33	0.1805	462	0.1555	8194	8656	100
2.33-2.41	0.1736	454	0.1518	8278	8732	100
2.41-2.49	0.1808	458	0.1551	8250	8708	100
2.49-2.59	0.1831	405	0.1575	8262	8667	100
2.59-2.71	0.1856	445	0.1561	8269	8714	100
2.71-2.85	0.188	409	0.1611	8327	8736	100
2.85-3.03	0.1749	460	0.1555	8210	8670	100
3.03-3.26	0.1712	420	0.1507	8322	8742	100
3.26-3.59	0.1504	464	0.1481	8230	8694	100
3.59-4.11	0.1535	429	0.1378	8320	8749	100
4.11-5.18	0.1478	467	0.1287	8271	8738	100
5.18-49.55	0.1744	412	0.1659	8428	8840	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1373	-0.6114	-0.4334	0.9589	0.114	1.5811	-0.0415	0.0177	0.0491	0.0083	0.0724	-0.1284	-0.0339	0.0766	-0.0235	0.2223	-0.0317	-0.0112	0.2533	-0.0284	0.2334	48.5173	-3.4665	-42.6263
2	1.3821	-0.2177	-0.4416	2.0281	-0.4802	0.5583	-0.0462	0.251	-0.0037	-0.4065	-0.0353	0.0777	0.0435	-0.2058	0.0535	0.2692	-0.0184	-0.0254	0.3104	-0.0241	0.2133	40.1519	0.2975	-53.7037
3	0.6575	-0.3895	-0.3628	1.5537	0.6024	0.7518	-0.0325	0.0002	-0.0325	-0.1678	0.0763	-0.1708	0.0173	0.0985	-0.0138	0.2006	-0.0263	0.0251	0.2941	-0.0248	0.2533	56.3193	-13.241	-51.3967
4	0.6291	0.1472	-0.1531	0.9463	0.2484	2.3603	-0.1225	0.0679	-0.071	-0.1102	0.151	-0.1608	0.1607	0.0932	-0.0114	0.2316	-0.0116	0.0555	0.2993	-0.0382	0.3272	59.6142	-21.6796	-57.6624
5	0.7098	-0.5234	-0.4339	1.8576	0.3692	1.3306	-0.1297	-0.049	-0.0943	0.1479	0.1142	-0.0776	0.2594	0.0067	0.0523	0.2089	-0.0253	0.0225	0.2759	-0.006	0.2573	49.0628	-21.5069	-46.1986
6	1.4881	0.1331	-0.0722	1.7324	0.415	1.1196	-0.0651	-0.0252	-0.1748	0.0185	0.0047	0.2066	0.0863	-0.1452	0.071	0.2006	-0.0035	0.0099	0.2683	-0.0259	0.3	18.2541	-13.629	-40.1101
7	1.5798	-0.7711	-0.6132	2.9818	0.9922	0.4151	0.005	0.4592	-0.1959	-0.73	-0.039	0.1136	-0.1053	-0.1868	0.0669	0.3279	-0.055	0.0179	0.3988	-0.0442	0.2933	33.0927	-17.8172	-50.7471
8	2.0468	0.0205	0.4107	0.8133	0.2237	1.058	0.0244	0.1371	-0.4059	-0.0436	-0.0699	0.4319	0.1491	-0.2545	0.0373	0.2438	-0.0495	0.0059	0.3432	-0.0915	0.5039	7.3745	-23.2507	-48.3354
9	2.1803	0.351	1.1157	1.3224	0.3718	1.4093	-0.055	0.2351	0.0278	-0.2428	-0.0586	0.4872	-0.0694	-0.2093	0.1168	0.2553	-0.0091	-0.0475	0.4149	-0.0824	0.4843	2.2028	-12.2374	-51.4599
10	0.7789	-0.4968	0.0207	1.5477	-0.612	1.1991	-0.0116	-0.0523	0.058	0.029	-0.0164	0.054	-0.2329	-0.0144	0.0286	0.2819	0.0121	-0.0373	0.3088	-0.0381	0.2603	24.0548	14.1019	-48.5472
11	2.0306	0.4917	1.034	1.1746	-0.6862	1.3851	-0.0634	0.5073	-0.1357	-0.4816	0.0696	0.1227	0.1779	0.0048	0.0077	0.3667	0.0064	-0.0479	0.3882	-0.058	0.3452	15.4157	-0.8848	-55.3048
12	0.863	-0.0195	-0.3671	1.0305	-0.3946	1.5323	0.0226	0.0636	0.1419	-0.1363	-0.0052	0.0753	-0.3378	-0.1075	-0.0332	0.3857	0.0323	-0.0766	0.2767	-0.0181	0.2605	23.8531	22.7073	-63.6937
13	2.9217	1.5964	1.711	2.0314	0.9752	2.4035	0.0785	0.3951	-0.1648	-0.179	0.035	-0.1895	-0.1571	0.442	-0.0032	0.4716	-0.0096	-0.0467	0.3769	-0.0068	0.2957	35.674	21.4953	-77.7907
14	1.12	0.1959	-0.1696	0.9286	-0.3671	1.9584	-0.0182	-0.0385	0.1216	0.0014	-0.0395	-0.055	-0.349	0.1974	0.0952	0.3342	-0.0141	-0.0508	0.2654	-0.0133	0.2587	34.4677	19.8499	-57.4701
15	1.2364	-0.2448	0.4833	1.5688	0.2912	0.9616	0.0341	0.1066	0.0768	0.0124	-0.0145	0.0055	-0.08	-0.0462	-0.0075	0.2403	0.0168	0.0276	0.2412	0.0214	0.2337	24.4277	23.7864	-23.4883
16	1.6915	-0.1048	0.0979	1.3773	0.0307	0.2111	-0.0843	-0.2215	0.1263	0.3503	0.0373	-0.0032	-0.0239	-0.0134	0.0232	0.3364	0.0272	-0.0202	0.2506	-0.0011	0.2529	32.4817	21.3828	-11.9765
17	1.6245	-0.3781	-0.2301	0.694	-0.129	0.4244	0.0032	-0.0752	0.1915	0.1146	0.059	0.0296	-0.1762	-0.0679	-0.0702	0.344	0.0625	0.0276	0.2493	0.0152	0.2992	14.5773	35.9536	-15.6006
18	1.8807	-0.6274	-1.3837	2.8306	0.5686	2.0796	-0.1544	-0.4525	0.2357	0.6436	0.0548	0.0732	-0.0607	-0.0723	0.0006	0.4625	0.098	0.0687	0.4051	0.0132	0.3476	4.2597	34.7104	-4.5372
19	1.9	-0.6828	-0.5614	1.078	0.2589	0.9543	-0.0512	-0.1305	-0.0451	0.1804	0.063	0.1922	0.0058	-0.047	0.0238	0.2971	0.0434	0.0425	0.2441	0.0349	0.2869	8.2153	24.3014	-14.8503
20	0.8645	0.5189	-0.5901	1.7893	-0.4889	1.9667	0.0055	-0.0201	-0.0778	-0.0306	-0.0097	-0.0221	0.0657	-0.1864	0.0167	0.2508	-0.0015	0.0022	0.2677	0.0061	0.2509	18.7877	-6.3391	-13.8053
21	0.4769	0.1165	-0.6142	1.9552	-1.2183	1.7959	0.0178	-0.0952	0.087	0.4562	0.0539	0.1652	-0.4557	-0.1512	-0.1188	0.3454	0.0376	0.0441	0.2878	-0.0052	0.2833	13.7844	4.8569	-5.9862
22	1.3402	-0.0384	-0.7252	1.0516	-0.517	2.7575	-0.0495	-0.0281	-0.0907	-0.008	0.0275	0.0573	0.3435	-0.2056	0.0387	0.3022	-0.0558	0.0421	0.2251	-0.0002	0.2674	16.2135	-20.0952	3.8372
23	0.7503	-0.1523	0.0878	0.9903	-0.8825	2.6812	-0.0502	0.0247	-0.0867	-0.0736	-0.0277	-0.0533	0.2853	0.1109	0.1113	0.2924	-0.0052	0.0591	0.2082	-0.0005	0.2798	26.4069	-17.2592	-2.685
24	1.9739	0.0993	0.2603	0.5601	0.2709	1.5161	-0.032	0.0199	-0.0806	0.0966	0.0879	-0.0652	0.0264	0.0477	-0.0363	0.2728	0.001	-0.0089	0.1821	-0.0086	0.2349	46.7401	3.561	-16.932
25	1.7145	0.9728	0.264	1.2056	-0.4998	0.8577	0.0593	-0.4947	-0.0729	0.533	-0.163	-0.0052	-0.125	-0.1389	0.0935	0.4059	-0.0116	0.0153	0.3092	0.0217	0.2471	39.9513	-2.497	-3.2996
26	1.1237	0.4663	0.3274	1.1678	0.5285	0.9659	-0.0443	0.0083	-0.0666	0.1662	0.0828	-0.1284	0.0377	0.1937	-0.0194	0.3049	0.0106	-0.051	0.2608	-0.0059	0.2731	59.6865	10.854	-8.6967
27	1.5402	0.2568	0.9395	2.6624	0.4107	1.6002	-0.122	-0.0323	0.0382	0.3093	0.0776	-0.1886	-0.1606	0.1098	0.0016	0.2927	-0.0066	-0.0646	0.2623	-0.0119	0.2425	65.0164	18.1968	-3.6394
28	1.1571	0.9174	0.5282	1.9577	0.6229	1.2931	-0.0878	0.0593	0.0445	0.0093	0.0806	-0.0813	-0.1191	0.0888	0.048	0.2501	-0.0011	-0.0237	0.2267	0.0054	0.2185	52.7724	17.1496	-14.3819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 51 )	A	0 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 104 )	A	52 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 187 )	A	105 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 245 )	A	188 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 246 through 307 )	A	246 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 64 )	B	1 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 65 through 94 )	B	65 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 95 through 215 )	B	95 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 216 through 307 )	B	216 - 307
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 64 )	C	1 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 65 through 94 )	C	65 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 95 through 231 )	C	95 - 231
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 232 through 254 )	C	232 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 255 through 307 )	C	255 - 307
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 0 through 51 )	D	0 - 51
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 52 through 112 )	D	52 - 112
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 113 through 208 )	D	113 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 209 through 245 )	D	209 - 245
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 246 through 307 )	D	246 - 307
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 1 through 63 )	E	1 - 63
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 64 through 128 )	E	64 - 128
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 129 through 245 )	E	129 - 245
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 246 through 307 )	E	246 - 307
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 0 through 64 )	F	0 - 64
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 65 through 114 )	F	65 - 114
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 115 through 187 )	F	115 - 187
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 188 through 254 )	F	188 - 254
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 255 through 307 )	F	255 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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