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- PDB-7nnv: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex w... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nnv | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with carbamoyl phosphate. | ||||||
![]() | Ornithine carbamoyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis Authors: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...Authors: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 719 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 594.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nlfC ![]() 7nlnC ![]() 7nloC ![]() 7nlpC ![]() 7nlqC ![]() 7nlrC ![]() 7nlsC ![]() 7nltC ![]() 7nluC ![]() 7nlwC ![]() 7nlxC ![]() 7nlyC ![]() 7nlzC ![]() 7nm0C ![]() 7nn1C ![]() 7nn4C ![]() 7nn7C ![]() 7nn8C ![]() 7nnbC ![]() 7nncC ![]() 7nnfC ![]() 7nniC ![]() 7nnqC ![]() 7nnrC ![]() 7nnwC ![]() 7nnyC ![]() 7nnzC ![]() 7norC ![]() 7nosC ![]() 7notC ![]() 7nouC ![]() 7novC ![]() 7np0C ![]() 7nphC ![]() 7npjC ![]() 2p2gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33208.324 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-CP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 6, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.67→88.1 Å / Num. obs: 259225 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 1330397 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2P2G Resolution: 1.67→49.55 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.07 Å2 / Biso mean: 35.4878 Å2 / Biso min: 19.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.67→49.55 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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