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Yorodumi- PDB-7nny: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex w... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7nny | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with naphthalen-1-ol. | ||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.57 Å | ||||||
Authors | Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Comput Struct Biotechnol J / Year: 2021Title: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis Authors: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...Authors: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7nny.cif.gz | 712.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7nny.ent.gz | 589.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7nny.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7nny_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7nny_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | |
| Data in XML | 7nny_validation.xml.gz | 80.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 7nny_validation.cif.gz | 118.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nny | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7nlfC ![]() 7nlnC ![]() 7nloC ![]() 7nlpC ![]() 7nlqC ![]() 7nlrC ![]() 7nlsC ![]() 7nltC ![]() 7nluC ![]() 7nlwC ![]() 7nlxC ![]() 7nlyC ![]() 7nlzC ![]() 7nm0C ![]() 7nn1C ![]() 7nn4C ![]() 7nn7C ![]() 7nn8C ![]() 7nnbC ![]() 7nncC ![]() 7nnfC ![]() 7nniC ![]() 7nnqC ![]() 7nnrC ![]() 7nnvC ![]() 7nnwC ![]() 7nnzC ![]() 7norC ![]() 7nosC ![]() 7notC ![]() 7nouC ![]() 7novC ![]() 7np0C ![]() 7nphC ![]() 7npjC ![]() 2p2gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 33208.324 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Gene: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-1NP / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.99 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 6, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.57→86.21 Å / Num. obs: 294032 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 1448621 / Scaling rejects: 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2P2G Resolution: 1.57→48.97 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.14 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 82.99 Å2 / Biso mean: 30.999 Å2 / Biso min: 16.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.57→48.97 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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United States, 1items
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