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- PDB-7nkg: Methyl-coenzyme M reductase from Methermicoccus shengliensis at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nkg
タイトルMethyl-coenzyme M reductase from Methermicoccus shengliensis at 1.6-A resolution
要素(Methyl-coenzyme M reductase ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / Methyl-coenzyme M reductase / cofactor F430 / post-translational modification / archaea / methoxydotrophy / methanogenesis / coenzyme M / coenzyme B / heterodisulfide / radical mechanism / thermophile / thioglycine
機能・相同性1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / Coenzyme B
機能・相同性情報
生物種Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mueller, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, オランダ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)Gravitation grant 024.002.002 オランダ
German Research Foundation (DFG)3768/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Methane-Generating Enzyme from a Methoxydotrophic Methanogen Reveal a Restrained Gallery of Post-Translational Modifications.
著者: Kurth, J.M. / Muller, M.C. / Welte, C.U. / Wagner, T.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
B: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
C: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
D: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
E: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
F: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
G: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
H: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
I: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
J: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
K: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
L: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,71634
ポリマ－545,31212
非ポリマー6,40322
水77,4284298
1
A: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
B: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
C: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
D: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
E: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
F: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,04419
ポリマ－272,6566
非ポリマー3,38813
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
G: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
H: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
I: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
J: Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit
K: Methyl-coenzyme M reductase beta subunit
L: Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,67215
ポリマ－272,6566
非ポリマー3,0159
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.615, 148.177, 235.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Methyl-coenzyme M reductase ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit


分子量: 62295.250 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: The polypeptide contains three post-translational modifications: Methylhistidine-275 Methylarginine-289 Thioglycine-463
由来: (天然) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: ZC-1 / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質
Methyl-coenzyme M reductase beta subunit


分子量: 45908.246 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: ZC-1 / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質
Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit


分子量: 28124.594 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methermicoccus shengliensis DSM 18856 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: ZC-1 / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 7種, 4320分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#7: 化合物
ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#8: 化合物
ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
解説: Yellow thick brick-shape crystals appeared within two weeks
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The protein sample was at 47 g/l in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol and 2 mM dithiothreitol. MCR crystals were obtained aerobically by using the sitting drop method on 96-Well MRC 2- ...詳細: The protein sample was at 47 g/l in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol and 2 mM dithiothreitol. MCR crystals were obtained aerobically by using the sitting drop method on 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor; the crystallization drop contained a mixture of 0.6 ul protein sample and 0.6 ul of crystallization solution. The crystallization solution contained 25% w/v polyethylene glycol 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5 and 200 mM lithium sulfate.
PH範囲: / / Temp details: /

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.41 Å / Num. obs: 602614 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.216 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 87124 / CC1/2: 0.356 / Rpim(I) all: 0.661 / Rrim(I) all: 1.388 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E6Y

1e6y


解像度: 1.6→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Blow DPI: 0.083 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
詳細: The last cycle of refinement was performed with hydrogens in riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 30001 4.98 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.1734 602442 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.35 Å2 / Biso mean: 42.85 Å2 / Biso min: 12.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7622 Å20 Å20 Å2
2---3.8335 Å20 Å2
3---2.0712 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37962 0 405 4298 42665
Biso mean--27.38 39.25 -
残基数----4960
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23283SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes12500HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it39274HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5120SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact68074SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d76578HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg138068HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.45
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.61 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 614 5.1 %
Rwork0.2342 11435 -
all0.2347 12049 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17560.0325-0.04610.2257-0.07020.2111-0.01670.0205-0.0085-0.0244-0.0116-0.05130.00440.02660.0283-0.09290.00380.0091-0.0660.0008-0.070510.371844.5076-41.4697
20.16610.0106-0.03480.2371-0.11040.2465-0.01530.0147-0.0571-0.02270.02480.06190.0632-0.0869-0.0095-0.0843-0.02080.009-0.0589-0.0075-0.052-19.623130.323-31.0902
30.19710.0495-0.13080.2768-0.1460.33870.0215-0.04260.06090.13120.00660.0418-0.1382-0.0437-0.0281-0.02330.02130.0213-0.0571-0.0084-0.0765-9.646570.5561-18.4394
40.17410.0085-0.02620.2795-0.11910.2525-0.006-0.0907-0.00490.1385-0.0155-0.034-0.07120.03230.0215-0.04590.0001-0.0042-0.03210.0061-0.09620.572943.40780.8147
50.29870.002-0.07190.3028-0.15130.4680.01770.08920.0737-0.00470.01110.0379-0.115-0.0818-0.0288-0.03670.0392-0.0387-0.0001-0.0717-0.002-2.458379.3797-51.7699
60.18410.004-0.08480.4411-0.04490.3168-0.0332-0.1007-0.10470.07760.0212-0.00750.071-0.00630.012-0.07730.0130.0284-0.07960.0424-0.0689-5.7569.4095-1.5113
70.8830.65270.58390.71770.4041.3292-0.4111-0.13160.4874-0.39940.00120.3239-0.6323-0.41530.40990.14390.1387-0.271-0.0165-0.05190.0285-58.146856.6962-84.6817
80.83660.48680.64390.74540.48791.3260.1062-0.435-0.01560.085-0.17540.00610.0894-0.5720.0692-0.1384-0.0496-0.01780.2336-0.0015-0.0874-56.292730.9526-61.7165
90.94540.83760.75751.46850.60891.2377-0.17550.2688-0.2126-0.42940.29-0.2464-0.10010.1708-0.11450.0261-0.06660.08550.0078-0.0789-0.0665-44.205523.6527-102.644
101.18960.68050.73510.72080.59311.4476-0.0973-0.14630.0211-0.146-0.08390.16020.0245-0.73490.1812-0.1151-0.1016-0.04120.3388-0.0376-0.073-77.491819.3823-93.8246
1100.16780.16570.16710.16740.4464-0.117-0.0690.0731-0.06980.00530.0194-0.0542-0.23940.1117-0.0978-0.0020.03460.0857-0.0013-0.0709-31.440940.1582-54.3664
121.55060.880.71031.24430.57541.439-0.54570.62750.0213-0.61090.4925-0.2757-0.69110.60740.05320.3805-0.252-0.01520.2478-0.0797-0.1151-23.755652.6899-101.72
131.73980.47910.49530.55610.39012.04330.1893-0.87580.13460.0887-0.38180.21790.2011-1.33050.1925-0.2513-0.34280.05651.315-0.1999-0.1561-93.6920.5721-62.8821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|568 A|601 - A|601 }A5 - 568
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|568 A|601 - A|601 }A601
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|433 }B2 - 433
4X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|248 }C2 - 248
5X-RAY DIFFRACTION4{ D|5 - D|569 }D5 - 569
6X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|433 E|501 - E|501 }E2 - 433
7X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|433 E|501 - E|501 }E501
8X-RAY DIFFRACTION6{ F|2 - F|248 }F2 - 248
9X-RAY DIFFRACTION7{ G|7 - G|568 }G7 - 568
10X-RAY DIFFRACTION8{ H|2 - H|433 }H2 - 433
11X-RAY DIFFRACTION9{ I|2 - I|248 }I2 - 248
12X-RAY DIFFRACTION10{ J|6 - J|568 }J6 - 568
13X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }A603 - 606
14X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }B501 - 502
15X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }E502 - 503
16X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }D601 - 602
17X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }G602 - 605
18X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }H501
19X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }K501
20X-RAY DIFFRACTION11{ A|603 - A|606 B|501 - B|502 E|502 - E|503 D|601 - D|602 G|602 - G|605 H|501 - H|501 K|501 - K|501 J|601 - J|602 }J601 - 602
21X-RAY DIFFRACTION12{ K|2 - K|433 }K2 - 433
22X-RAY DIFFRACTION13{ L|3 - L|248 }L3 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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