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万見
- PDB-7n19: DR3 in complex with Aspergillus nidulans NAD-dependent histone de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n19
タイトルDR3 in complex with Aspergillus nidulans NAD-dependent histone deacetylase hst4 peptide
要素
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • HST4 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHCII / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / lysosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1R01ES025797-01 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: CD4+ T cells in the lungs of acute sarcoidosis patients recognize an Aspergillus nidulans epitope.
著者: Greaves, S.A. / Ravindran, A. / Santos, R.G. / Chen, L. / Falta, M.T. / Wang, Y. / Mitchell, A.M. / Atif, S.M. / Mack, D.G. / Tinega, A.N. / Maier, L.A. / Dai, S. / Pinilla, C. / Grunewald, J. / Fontenot, A.P.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
C: HST4 peptide
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
F: HST4 peptide
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
I: HST4 peptide
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
L: HST4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,48850
ポリマ－178,04312
非ポリマー4,44438
水4,324240
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
C: HST4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,71514
ポリマ－44,5113
非ポリマー1,20411
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
F: HST4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,52911
ポリマ－44,5113
非ポリマー1,0188
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
3
G: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
H: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
I: HST4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,52911
ポリマ－44,5113
非ポリマー1,0188
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
4
J: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
K: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
L: HST4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,71514
ポリマ－44,5113
非ポリマー1,20411
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.461, 214.255, 74.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.956, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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HLA class II histocompatibility ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21084.826 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen / DRB1 beta chain / HLA-DRB1 protein / MHC class II antigen ...HLA class II histocompatibility antigen / DRB1 beta chain / HLA-DRB1 protein / MHC class II antigen / Major histocompatibility complex / class II / DR beta 1 (Clone P2-beta-3)


分子量: 22049.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1, RP1-93N13.1-001 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5Y7D1

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質・ペプチド
HST4 peptide


分子量: 1376.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 2種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 270分子

#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% w/v PEG20k, 0.1 M citrate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50.01 Å / Num. obs: 90818 / % possible obs: 98.53 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 55.49 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.86
反射 シェル解像度: 2.38→2.54 Å / Num. unique obs: 16544 / CC1/2: 0.467

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A6A

1a6a


解像度: 2.38→48.41 Å / SU ML: 0.4214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 30.3534
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 4432 4.88 %RANDOM
Rwork0.2001 86335 --
obs0.2025 90767 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12452 0 288 240 12980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008713067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.022217694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06821905
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00622299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3471768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.410.45921160.39712651X-RAY DIFFRACTION88.26
2.41-2.440.41821250.37132750X-RAY DIFFRACTION95.17
2.44-2.470.39111720.35262836X-RAY DIFFRACTION97.69
2.47-2.50.34791130.32032876X-RAY DIFFRACTION97.87
2.5-2.530.34291450.31672858X-RAY DIFFRACTION99.21
2.53-2.560.40381760.31132888X-RAY DIFFRACTION98.62
2.56-2.60.34171660.28932836X-RAY DIFFRACTION99.14
2.6-2.640.32491540.27982903X-RAY DIFFRACTION98.9
2.64-2.680.34261340.26472890X-RAY DIFFRACTION99.31
2.68-2.720.31241340.26742866X-RAY DIFFRACTION99.17
2.72-2.770.38271550.27112931X-RAY DIFFRACTION98.94
2.77-2.820.33711270.26352871X-RAY DIFFRACTION99.6
2.82-2.880.36221470.25182925X-RAY DIFFRACTION99.06
2.88-2.930.34661400.24352874X-RAY DIFFRACTION99.01
2.93-30.28411330.2242930X-RAY DIFFRACTION99.29
3-3.070.32681570.23492843X-RAY DIFFRACTION98.46
3.07-3.140.27051620.22582817X-RAY DIFFRACTION97.38
3.14-3.230.29761780.21192920X-RAY DIFFRACTION99.42
3.23-3.320.30511340.21372867X-RAY DIFFRACTION99.67
3.33-3.430.24071530.21142908X-RAY DIFFRACTION99.58
3.43-3.550.28611620.19342933X-RAY DIFFRACTION99.61
3.55-3.70.25551510.19242844X-RAY DIFFRACTION99.34
3.7-3.870.24071540.18672907X-RAY DIFFRACTION99.71
3.87-4.070.221360.17282917X-RAY DIFFRACTION99.67
4.07-4.320.19721450.15642919X-RAY DIFFRACTION99.77
4.32-4.660.18881600.13572943X-RAY DIFFRACTION99.74
4.66-5.130.1461450.13342889X-RAY DIFFRACTION99.61
5.13-5.870.18691520.15862901X-RAY DIFFRACTION99.22
5.87-7.390.24781630.18572909X-RAY DIFFRACTION98.68
7.39-48.410.17861430.18982933X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1912610776 Å / Origin y: -0.59085179423 Å / Origin z: 22.6134231241 Å
111213212223313233
T0.335932830795 Å2-0.0250292915138 Å2-0.00552945185599 Å2-0.333194591196 Å20.0213374480332 Å2--0.334342803288 Å2
L0.0704778220208 °2-0.0436643285968 °2-0.0225705673703 °2-0.0534567941201 °20.0313474570418 °2--0.056986003448 °2
S0.0100583776351 Å °-0.0098183800807 Å °0.00398139198429 Å °0.0194606840477 Å °-0.0256115955948 Å °-0.0155191164161 Å °0.000875709088897 Å °0.00902494155626 Å °-1.42124018244E-12 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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