PDB-7mzy: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mzy

タイトル

Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular fragment of ligand binding region 673-986

要素

ALK tyrosine kinase receptor

キーワード

TRANSFERASE / Anaplastic lymphoma kinase / Receptor tyrosine kinases / RTK / FAM150 / LTK / DE NOVO PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Reshetnyak, A.V. / Sowaileh, M. / Miller, D.J. / Rossi, P. / Myasnikov, A.G. / Kalodimos, C.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Mechanism for the activation of the anaplastic lymphoma kinase receptor.
著者: Andrey V Reshetnyak / Paolo Rossi / Alexander G Myasnikov / Munia Sowaileh / Jyotidarsini Mohanty / Amanda Nourse / Darcie J Miller / Irit Lax / Joseph Schlessinger / Charalampos G Kalodimos /

要旨: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that regulates important functions in the central nervous system. The ALK gene is a hotspot for chromosomal translocation events ...

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mzy.cif.gz	280.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mzy.ent.gz	194.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mzy_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mzy_full_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示
XML形式データ	7mzy_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	7mzy_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/7mzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/7mzy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	24095C 7mzwC 7mzxC 7mzzC 7n00C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hao-2 2an1-2 5fa9-d 3lok-d 4g9i-2 3c7j-d 4nwb-2 4l68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ALK tyrosine kinase receptor

B: ALK tyrosine kinase receptor

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.289, 133.356, 62.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase 分子量: 32289.629 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding region, residues 673-986 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25.5 % PEG 4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium acetate and 0.085M sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	1.0, 0.97911, 0.97166
シンクロトロン	APS	22-ID	2		1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M	1	PIXEL	2019年6月21日
DECTRIS PILATUS 2M	2	PIXEL	2019年7月8日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97911	1
3	0.97166	1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 95109 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.95 Å² / CC_1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.6 % / Num. unique obs: 2895 / CC_1/2: 0.874 / % possible all: 61.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→37.57 Å / SU ML: 0.1448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.9713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	5211	6.76 %
R_work	0.1678	71912	-
obs	0.1698	77123	80.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4353	0	8	453	4814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0117	4520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1542	6126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1059	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.483	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.51	0.3083	72	0.2962	941	X-RAY DIFFRACTION	32.21
1.51-1.53	0.3212	95	0.2775	1236	X-RAY DIFFRACTION	42.01
1.53-1.55	0.3152	101	0.2455	1397	X-RAY DIFFRACTION	47.21
1.55-1.57	0.2237	103	0.2211	1508	X-RAY DIFFRACTION	50.41
1.57-1.59	0.2666	112	0.2073	1590	X-RAY DIFFRACTION	54.8
1.59-1.61	0.2441	128	0.1973	1698	X-RAY DIFFRACTION	57.42
1.61-1.63	0.2262	128	0.1906	1840	X-RAY DIFFRACTION	62.24
1.63-1.66	0.1842	138	0.1875	1894	X-RAY DIFFRACTION	63.98
1.66-1.68	0.2441	152	0.1846	2011	X-RAY DIFFRACTION	68.08
1.68-1.71	0.2493	153	0.1789	2104	X-RAY DIFFRACTION	70.55
1.71-1.74	0.2246	155	0.1753	2129	X-RAY DIFFRACTION	73.09
1.74-1.77	0.1932	161	0.1827	2270	X-RAY DIFFRACTION	76.76
1.77-1.81	0.1976	163	0.1805	2256	X-RAY DIFFRACTION	76.21
1.81-1.84	0.2173	176	0.1745	2452	X-RAY DIFFRACTION	82.2
1.84-1.88	0.1959	200	0.1759	2689	X-RAY DIFFRACTION	90.76
1.88-1.93	0.2025	203	0.1808	2776	X-RAY DIFFRACTION	94.06
1.93-1.98	0.1989	207	0.1796	2854	X-RAY DIFFRACTION	95.54
1.98-2.03	0.1943	206	0.1657	2898	X-RAY DIFFRACTION	96.91
2.03-2.09	0.1929	212	0.1574	2904	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.09-2.16	0.1986	213	0.1635	2934	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.16-2.23	0.1994	214	0.1585	2919	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.23-2.32	0.1867	209	0.1601	2905	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.32-2.43	0.1867	214	0.1664	2948	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.43-2.56	0.2058	197	0.1593	2748	X-RAY DIFFRACTION	91.95
2.56-2.72	0.1821	202	0.1669	2874	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.72-2.93	0.2332	216	0.1634	2985	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.93-3.22	0.1788	221	0.1576	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.22-3.69	0.1672	221	0.1534	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.69-4.65	0.1592	220	0.1406	3040	X-RAY DIFFRACTION	98.61
4.65-37.57	0.2181	219	0.1924	3045	X-RAY DIFFRACTION	94.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0124346911995	-0.00773793428187	0.0189874775824	0.0213002046668	-0.0200937115489	0.027115484552	0.0228590675875	-0.0258913728341	-0.0536865779407	0.0551376903801	0.0306385235663	-0.0324308029331	0.0733532303716	0.0281273037359	0.050514524412	0.145913224616	0.0343855633282	-0.123509551045	-0.0141107717964	0.124115576774	0.133079042093	16.7366813337	33.6423308291	52.7392037256
2	0.00429762013095	-0.000319555626172	0.005028142987	0.0274961340383	-0.00832834447886	0.00922757276844	0.0267943653881	-0.0178202351274	-0.0425318886872	0.0372829531799	0.00594098213591	-0.0287306961802	0.0313795543971	0.0117557942742	0.017121154706	0.290403196947	0.0290532255119	-0.114114847286	0.0856315313849	0.117851842986	0.154373594652	13.9934758153	36.3147103185	59.8485343854
3	0.0329416270756	-0.00371625918523	-0.0102691899999	0.023300340467	-0.00700655929373	0.0114243378668	0.0157004358627	0.0049314914624	-0.0817058876255	0.083544344566	-0.0252397857699	-0.148298216811	0.0361937585504	0.039035936868	-0.010802443155	0.12867017612	0.016444560007	-0.0629803569232	0.0800302151335	0.00432751754946	0.125002061315	18.9906089094	43.897698508	47.7570362792
4	0.00100934825381	-0.00128108859886	0.00045348780646	0.00256945467241	-0.00128552873929	0.00214378468735	0.0211767317394	0.0523709336447	-0.00706271062554	-0.044441089958	0.00122806295766	-0.00993217026146	-0.00263706525413	0.0221816057085	0.000640429346045	0.160623592417	0.0365250813779	-0.00874184112918	0.118035715726	-0.0171691543392	0.0543089740256	2.15640891598	54.5093571943	21.4267124798
5	0.0195806062147	-0.00390862464512	0.00291765098861	0.0015894566394	0.00110970608663	0.0203159402629	0.0138776703138	0.0215853479177	0.00578117016995	0.0349928668538	0.0132674376706	-0.0250324302083	0.00555571240704	-0.0120795996301	0.0114941902202	0.103412219655	0.0179058289148	-0.0759881833156	0.0510824627777	0.0324611184956	0.0535901003277	16.213898362	49.2876097438	55.7363264509
6	0.00219706526744	-0.0167012340573	0.00701113415032	0.104799298716	0.033587054715	0.00456001883927	0.0236202103033	0.031657852155	-0.00107001498461	0.0174312103166	0.0122679512902	-0.130986342507	-0.0133751244286	0.00795049052021	0.0065747529111	0.0578716666085	0.00128124469258	-0.0172237652618	0.0753581667474	0.00983374051373	0.0721099342346	12.7612194248	55.7534202841	43.2032858311
7	0.0100991166762	0.00572630923938	0.00201711554109	0.00292516326696	0.000594497896219	6.36851092476E-5	-0.00589835137954	-0.0152632536642	-0.00934587889958	0.0259556265946	0.0133455537141	-0.0353582069791	0.0151882430162	0.0376806623851	0.0161729676146	0.172008781198	0.0452767013569	-0.123046452284	0.14091506051	0.0171755509114	0.23662499858	28.054974783	41.7453151142	50.4418407414
8	0.00042864153584	0.000396066757381	0.00247454164609	0.00176055377705	0.0020644973715	0.0014104541729	0.00309005528734	0.0277517079123	-0.070007814861	-0.0251883534142	0.0163572738777	-0.0211886072067	0.0508473225757	-0.0166961889225	0.0105466702237	0.0844022878312	-0.0329112372024	-0.0493935504398	0.0498237431953	-0.0682912288404	0.274097824402	49.6381850982	37.4498828052	38.9917355226
9	0.0346787405211	0.00999534225854	-0.00342685402257	0.0453852459226	0.00602145325921	0.00117343511649	0.0320864834521	-0.0169681125766	-0.151266478271	-0.0244752995906	-0.0455122242253	-0.0166855325233	-0.0256757122777	-0.0507266304152	-0.0128887772006	0.0759490833454	-0.0145139696689	0.000404830220522	0.114297625256	-0.0225285201925	0.0829578540991	44.4503462872	48.7898490512	41.7896289862
10	0.0130286894333	0.0169881589308	-0.00222728130393	0.0257580824827	-0.000127053797039	0.0293104176173	0.0139382614538	0.010691651245	-0.123174799142	0.00683723720065	-0.0682080168761	-0.0276316857267	0.0083829856294	0.00435890595111	-0.0484949521718	0.101330597439	-0.014560614176	0.000293173623401	0.0823496779185	-0.0096066159969	0.0843694057197	51.4820926434	45.7250889932	42.9029742984
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12	0.000808018038129	0.00123987893672	0.0027301462131	0.00534090648299	-0.00193110367568	0.00329865915149	0.0273470303438	-0.00212875648097	0.0233451488899	-0.00682442749823	-0.000873176281649	0.0169068314448	-0.0104129755419	-0.00348663277249	0.00583381468121	0.0784841199901	-0.000321898288277	-0.00744451154703	0.0828590039188	-0.00746276303715	0.0993078076836	49.2126372719	64.8273174198	43.0115140871
13	0.0220369387773	0.0194525169188	-0.00760810363355	0.0447322096715	-0.00985796311457	0.0134294828015	0.026205694512	-0.00797836998516	-0.0160288328231	0.0282713075555	-0.0152144768757	0.00170196901473	-0.00817157219513	-0.00475093042615	-0.00763021306897	0.062709169465	-0.0126043335079	-0.00621699907935	0.0739057700326	-0.0093367681736	0.072913406841	58.2700708366	57.6650736064	49.6267424145
14	0.00259031643712	0.000687160923894	0.00106515622316	0.00368533023032	-0.00149306560975	-4.13464183861E-5	0.0227248900317	0.00569643243857	-0.0525109817468	0.0201010966389	-0.00854143752967	0.024805013352	0.00127322423607	-0.0448766689035	-1.13129077302E-5	0.0929201231559	-0.00896415930851	-0.0129476398838	0.128580482417	-0.02154105015	0.118719388983	36.4494484795	49.7264515919	41.6606119021

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 677 through 704 )	A	A	677 - 704	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 705 through 731 )	A	A	705 - 731	29 - 55
3	3	chain 'A' and (resid 732 through 787 )	A	A	732 - 787	56 - 109
4	4	chain 'A' and (resid 788 through 817 )	A	A	788 - 817	110 - 139
5	5	chain 'A' and (resid 818 through 833 )	A	A	818 - 833	140 - 155
6	6	chain 'A' and (resid 834 through 963 )	A	A	834 - 963	156 - 285
7	7	chain 'A' and (resid 964 through 985 )	A	A	964 - 985	286 - 307
8	8	chain 'B' and (resid 680 through 717 )	B	D	680 - 717	1 - 38
9	9	chain 'B' and (resid 718 through 765 )	B	D	718 - 765	39 - 86
10	10	chain 'B' and (resid 766 through 787 )	B	D	766 - 787	87 - 108
11	11	chain 'B' and (resid 788 through 851 )	B	D	788 - 851	109 - 172
12	12	chain 'B' and (resid 857 through 876 )	B	D	857 - 876	173 - 192
13	13	chain 'B' and (resid 877 through 963 )	B	D	877 - 963	193 - 279
14	14	chain 'B' and (resid 964 through 986 )	B	D	964 - 986	280 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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