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万見
- PDB-7mzw: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular ligand binding reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mzw
タイトルAnaplastic lymphoma kinase (ALK) extracellular ligand binding region 673-1025
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードTRANSFERASE / Anaplastic lymphoma kinase / Receptor tyrosine kinases / RTK / FAM150 / LTK / DE NOVO PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / adult behavior / Signaling by ALK / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / energy homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hippocampus development / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / heparin binding / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / receptor complex / phosphorylation / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rossi, P. / Sowaileh, M. / Reshetnyak, A.V. / Kalodimos, C.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM122462 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Mechanism for the activation of the anaplastic lymphoma kinase receptor.
著者: Andrey V Reshetnyak / Paolo Rossi / Alexander G Myasnikov / Munia Sowaileh / Jyotidarsini Mohanty / Amanda Nourse / Darcie J Miller / Irit Lax / Joseph Schlessinger / Charalampos G Kalodimos /
要旨: Anaplastic lymphoma kinase (ALK) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that regulates important functions in the central nervous system. The ALK gene is a hotspot for chromosomal translocation events ...Anaplastic lymphoma kinase (ALK) is a receptor tyrosine kinase (RTK) that regulates important functions in the central nervous system. The ALK gene is a hotspot for chromosomal translocation events that result in several fusion proteins that cause a variety of human malignancies. Somatic and germline gain-of-function mutations in ALK were identified in paediatric neuroblastoma. ALK is composed of an extracellular region (ECR), a single transmembrane helix and an intracellular tyrosine kinase domain. ALK is activated by the binding of ALKAL1 and ALKAL2 ligands to its ECR, but the lack of structural information for the ALK-ECR or for ALKAL ligands has limited our understanding of ALK activation. Here we used cryo-electron microscopy, nuclear magnetic resonance and X-ray crystallography to determine the atomic details of human ALK dimerization and activation by ALKAL1 and ALKAL2. Our data reveal a mechanism of RTK activation that allows dimerization by either dimeric (ALKAL2) or monomeric (ALKAL1) ligands. This mechanism is underpinned by an unusual architecture of the receptor-ligand complex. The ALK-ECR undergoes a pronounced ligand-induced rearrangement and adopts an orientation parallel to the membrane surface. This orientation is further stabilized by an interaction between the ligand and the membrane. Our findings highlight the diversity in RTK oligomerization and activation mechanisms.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4521
ポリマ－36,4521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 36452.293 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding region, residues 673-1025 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
121isotropic22D 1H-15N HSQC
132isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D 1H-13C HMQC
151isotropic23D CBCA(CO)NH
1171isotropic23D HN(CO)CA
1161isotropic23D HNCO
1151isotropic23D HN(CA)CB
1141isotropic23D HCACO
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1122isotropic13D CmCmHm NOESY
1112isotropic23D HNH NOESY
1102isotropic33D HaCaHa NOESY
192isotropic33D CaCmHm NOESY
182isotropic23D CmNH NOESY
172isotropic23D NCmHm NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] Anaplastic lymphoma kinase ALK extracellular domain 673-1025, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2Otriple labeled U-2H,13C,15Ntriple_labeled90% H2O/10% D2O
solution2400 uM U-2H,15N-1H13C_AILMTV_1H,13C-FY (Ce1,2) Anaplastic lymphoma kinase ALK extracellular domain 673-1025, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2Omethyl aromatic labeled U-2H,15N-1H13C_AILMTV_1H,13C-FY (Ce1,2)methyl_aromatic_labeled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMAnaplastic lymphoma kinase ALK extracellular domain 673-1025[U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
400 uMAnaplastic lymphoma kinase ALK extracellular domain 673-1025U-2H,15N-1H13C_AILMTV_1H,13C-FY (Ce1,2)2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 170 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO11001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8502
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniapeak picking
TopSpin4.06Bruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKYleepeak picking
TALOS-NSHEN AND BAXgeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PdbStattejero and montelioneデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: restrained MD in explicit H2O bath
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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