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万見
- PDB-7myz: Structure of the full length 5-TM receptor CD47 bound to Fab B6H12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7myz
タイトルStructure of the full length 5-TM receptor CD47 bound to Fab B6H12
要素
  • B6H12 Fab heavy chain
  • B6H12 Fab light chain
  • Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 5-TM receptor / immune receptor / phagocytosis inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / electron transport chain / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / periplasmic space / electron transfer activity / inflammatory response / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / heme binding / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Ig-like domain profile. ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fenalti, G. / Villanueva, N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the human marker of self 5-transmembrane receptor CD47.
著者: Fenalti, G. / Villanueva, N. / Griffith, M. / Pagarigan, B. / Lakkaraju, S.K. / Huang, R.Y. / Ladygina, N. / Sharma, A. / Mikolon, D. / Abbasian, M. / Johnson, J. / Hadjivassiliou, H. / Zhu, ...著者: Fenalti, G. / Villanueva, N. / Griffith, M. / Pagarigan, B. / Lakkaraju, S.K. / Huang, R.Y. / Ladygina, N. / Sharma, A. / Mikolon, D. / Abbasian, M. / Johnson, J. / Hadjivassiliou, H. / Zhu, D. / Chamberlain, P.P. / Cho, H. / Hariharan, K.
履歴
登録2021年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562
D: Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562
H: B6H12 Fab heavy chain
I: B6H12 Fab heavy chain
L: B6H12 Fab light chain
M: B6H12 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,00014
ポリマ－186,3606
非ポリマー1,6418
水543
1
C: Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562
H: B6H12 Fab heavy chain
L: B6H12 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1578
ポリマ－93,1803
非ポリマー9775
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
2
D: Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562
I: B6H12 Fab heavy chain
M: B6H12 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8436
ポリマ－93,1803
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.535, 53.734, 181.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12H
22I
13L
23M

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNVALVALCA1 - 1161 - 116
21GLNGLNVALVALDB1 - 1161 - 116
12GLUGLUSERSERHC1 - 2201 - 220
22GLUGLUSERSERID1 - 2201 - 220
13ASPASPGLUGLULE1 - 2131 - 213
23ASPASPGLUGLUMF1 - 2131 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 3種, 6分子 CDHILM

#1: 抗体 Fusion protein of Leukocyte surface antigen CD47 an Soluble cytochrome b562 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6 / ...Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6 / Cytochrome b-562 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 46644.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CD47, MER6, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08722, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 B6H12 Fab heavy chain


分子量: 23264.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 B6H12 Fab light chain


分子量: 23270.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 1種, 7分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium citrate pH 6.0, 450mM ammonium acetate, 32% PEG400
PH範囲: 5.9-6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 35403 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Rpim(I) all: 0.206 / Rrim(I) all: 0.417 / Χ2: 1.389 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 118336
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.482.50.95919860.4560.6241.1551.04579.3
3.48-3.572.70.93220810.4960.581.1081.11982.5
3.57-3.662.80.95221910.470.5961.1341.02286.8
3.66-3.7730.85222200.4750.5121.0021.12487.8
3.77-3.893.20.68123320.5960.3990.7961.28890.8
3.89-4.033.30.65223250.6240.3820.7631.3593.4
4.03-4.193.30.53524050.7210.3090.6231.4392.8
4.19-4.383.40.45723870.790.2620.5311.32594.7
4.38-4.613.40.45824020.8160.2620.5321.83894.4
4.61-4.93.40.3624600.8590.2090.421.53295.3
4.9-5.283.50.34324310.8620.1950.3971.62395.5
5.28-5.813.80.35824650.8440.1970.4121.61496.3
5.81-6.6540.36625470.8630.1990.421.45497.7
6.65-8.373.90.25425650.930.1380.2911.32998.4
8.37-503.60.18626060.940.1060.2161.25695.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TZU

5tzu


解像度: 3.4→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 28.196 / SU ML: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.516 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2766 1781 5 %RANDOM
Rwork0.2527 ---
obs0.2539 33504 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 248.36 Å2 / Biso mean: 78.056 Å2 / Biso min: 13.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7 Å20 Å20.42 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9068 0 104 3 9175
Biso mean--116.01 28.13 -
残基数----1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.65212839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3431.57719266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.70851228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08522.893356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.699151359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1941530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021915
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C32880.08
12D32880.08
21H62070.06
22I62070.06
31L62400.08
32M62400.08
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 103 -
Rwork0.282 1931 -
all-2034 -
obs--73.51 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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