+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mtl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of colibactin self-resistance protein ClbS in complex with a dsDNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / hydrolase / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / DNA / DNA (> 10) / Colibactin self-protection protein ClbS![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() Synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tripathi, P. / Bruner, S.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Interactions of the Colibactin Resistance Gene Product ClbS with DNA. 著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D. #1: ![]() タイトル: ClbS Is a Cyclopropane Hydrolase That Confers Colibactin Resistance 著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 448.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20747.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_ ...遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_02685, EPS94_00180, EWK56_23755, FPI65_12320, FQU83_11985, GFU47_04510, GP945_05010, GP946_20500, HHG54_004716, HHJ44_00090, HJL93_000008, HJM41_001166, HJO44_004707, HJS53_002303, HmCmsJML146_00176, HNX34_25610, HV055_09710, HV098_09980, HV348_09415, NCTC9075_02752, NCTC9434_01964 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 4488.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 4689.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.446→46.793 Å / Num. obs: 22255 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.446→2.533 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 98.77 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ANR 解像度: 2.446→46.793 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.11 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.75 Å2 / Biso mean: 64.8658 Å2 / Biso min: 29.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.446→46.793 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|