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- PDB-7mtl: Crystal structure of colibactin self-resistance protein ClbS in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mtl
タイトルCrystal structure of colibactin self-resistance protein ClbS in complex with a dsDNA
要素
  • Colibactin self-protection protein ClbS
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / hydrolase / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / DNA / DNA (> 10) / Colibactin self-protection protein ClbS
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.446 Å
データ登録者Tripathi, P. / Bruner, S.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for the Interactions of the Colibactin Resistance Gene Product ClbS with DNA.
著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D.
#1: ジャーナル: Journal of American Chemical Society / 年: 2017
タイトル: ClbS Is a Cyclopropane Hydrolase That Confers Colibactin Resistance
著者: Tripathi, P. / Bruner, S.D.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colibactin self-protection protein ClbS
B: Colibactin self-protection protein ClbS
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6734
ポリマ－50,6734
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.783, 75.878, 178.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Colibactin self-protection protein ClbS


分子量: 20747.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_ ...遺伝子: clbS, APU18_08100, AWF59_018730, AZZ83_004503, CT146_21495, CUB99_02165, D3C88_24730, DNR41_00045, DNX30_29170, DS966_21615, DU333_02935, DW236_02620, ELT23_23590, ELT33_24270, EPS70_02685, EPS94_00180, EWK56_23755, FPI65_12320, FQU83_11985, GFU47_04510, GP945_05010, GP946_20500, HHG54_004716, HHJ44_00090, HJL93_000008, HJM41_001166, HJO44_004707, HJS53_002303, HmCmsJML146_00176, HNX34_25610, HV055_09710, HV098_09980, HV348_09415, NCTC9075_02752, NCTC9434_01964
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P7K8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4488.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4689.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.446→46.793 Å / Num. obs: 22255 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 2.446→2.533 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 2168 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 98.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ANR

6anr


解像度: 2.446→46.793 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 1173 5.28 %
Rwork0.2307 21050 -
obs0.2335 22223 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.75 Å2 / Biso mean: 64.8658 Å2 / Biso min: 29.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.446→46.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2703 609 0 10 3322
Biso mean---49.3 -
残基数----360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.446-2.55710.37781170.3375256699
2.5571-2.69190.40481590.30542565100
2.6919-2.86050.36521400.30742610100
2.8605-3.08140.37561570.28912579100
3.0814-3.39140.30731450.24962601100
3.3914-3.88190.30321540.23292641100
3.8819-4.890.23671370.19662677100
4.89-46.7930.23171640.19352811100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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