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- PDB-7mq9: Cryo-EM structure of the human SSU processome, state pre-A1* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mq9
タイトルCryo-EM structure of the human SSU processome, state pre-A1*
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (Nucleolar protein ...) x 7
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 5
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • (WD repeat-containing protein ...) x 5
  • 18S rRNA
  • 5' ETS rRNA
  • 5'ETS rRNA
  • Bystin
  • DDB1- and CUL4-associated factor 13
  • Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 2
  • HEAT repeat-containing protein 1
  • KRR1 small subunit processome component homolog
  • NHP2-like protein 1
  • Nucleolar complex protein 4 homolog
  • Periodic tryptophan protein 2 homolog
  • Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
  • Protein AATF
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • RNA-binding protein PNO1
  • RRP12-like protein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Ribosomal RNA-processing protein 7 homolog A
  • Ribosome biogenesis protein BMS1 homolog
  • Small subunit processome component 20 homolog
  • Something about silencing protein 10
  • Transducin beta-like protein 3
  • U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2
  • U3 snoRNA
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Unassigned peptides
  • Uncharacterized protein C1orf131
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • rRNA-processing protein FCF1 homolog
キーワードRIBOSOME / Ribosomal assembly intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA N-acetyltransferase activity / U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / oocyte growth / nucleologenesis / snoRNA localization / leucine zipper domain binding / granular component / tRNA wobble cytosine modification / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA ...mRNA N-acetyltransferase activity / U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / oocyte growth / nucleologenesis / snoRNA localization / leucine zipper domain binding / granular component / tRNA wobble cytosine modification / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / U4atac snRNP / CURI complex / UTP-C complex / regulation of stem cell population maintenance / t-UTP complex / U4atac snRNA binding / Mpp10 complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / rRNA modification / pre-snoRNP complex / box C/D sno(s)RNA binding / preribosome / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / dense fibrillar component / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of centrosome duplication / histone methyltransferase binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / N-acetyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / cilium disassembly / embryonic cleavage / rRNA primary transcript binding / transcription elongation factor activity / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / rRNA base methylation / RNA splicing, via transesterification reactions / spindle assembly involved in female meiosis / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / blastocyst formation / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / telomerase holoenzyme complex / SUMOylation of RNA binding proteins / translation at postsynapse / U2-type precatalytic spliceosome / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / negative regulation of RNA splicing / mammalian oogenesis stage / neural precursor cell proliferation / activation-induced cell death of T cells / neural crest cell differentiation / U3 snoRNA binding / translation at presynapse / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein acetylation / NRAGE signals death through JNK / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / rRNA metabolic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Protein hydroxylation / RNA polymerase II complex binding / TOR signaling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / TFIID-class transcription factor complex binding / mTORC1-mediated signalling / T cell proliferation involved in immune response / Peptide chain elongation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / decidualization / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / blastocyst development / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4602 / : / Nucleolar protein 7, C-terminal / Rrp7A, RNA recognition motif / NUC129 domain / 40S small subunit processome assembly factor 1 / WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 ...Protein of unknown function DUF4602 / : / Nucleolar protein 7, C-terminal / Rrp7A, RNA recognition motif / NUC129 domain / 40S small subunit processome assembly factor 1 / WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 domain / Small subunit processome component 20 homolog, C-terminal / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / : / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / BING4CT (NUC141) domain / : / Small-subunit processome, Utp14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Utp14 protein / UTP15 C terminal / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Sas10 C-terminal domain / Fcf1 / Sas10 C-terminal domain / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / : / BP28, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / : / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / HEATR1-like, HEAT repeats / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / BP28CT (NUC211) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein MPP10 / Nucleolar protein 56 / WD repeat-containing protein 46 / U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2 / Small subunit processome component 20 homolog / Small ribosomal subunit protein eS17 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / NHP2-like protein 1 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Transducin beta-like protein 3 / KRR1 small subunit processome component homolog / Ribosome biogenesis protein BMS1 homolog / WD repeat-containing protein 43 / Periodic tryptophan protein 2 homolog / Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 2 / WD repeat-containing protein 75 / 40S small subunit processome assembly factor 1 / WD repeat-containing protein 36 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 homolog / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 homolog / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / Nucleolar protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A / RNA cytidine acetyltransferase / HEAT repeat-containing protein 1 / Nucleolar protein 6 / Something about silencing protein 10 / RNA-binding protein PNO1 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein AATF / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 homolog / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOL7 / WD repeat-containing protein 3 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Nucleolar protein 58 / rRNA-processing protein FCF1 homolog / Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Ribosomal RNA-processing protein 7 homolog A / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / Singh, S. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM123459 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 711-2019
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Nucleolar maturation of the human small subunit processome.
著者: Sameer Singh / Arnaud Vanden Broeck / Linamarie Miller / Malik Chaker-Margot / Sebastian Klinge /
要旨: The human small subunit processome mediates early maturation of the small ribosomal subunit by coupling RNA folding to subsequent RNA cleavage and processing steps. We report the high-resolution ...The human small subunit processome mediates early maturation of the small ribosomal subunit by coupling RNA folding to subsequent RNA cleavage and processing steps. We report the high-resolution cryo–electron microscopy structures of maturing human small subunit (SSU) processomes at resolutions of 2.7 to 3.9 angstroms. These structures reveal the molecular mechanisms that enable crucial progressions during SSU processome maturation. RNA folding states within these particles are communicated to and coordinated with key enzymes that drive irreversible steps such as targeted exosome-mediated RNA degradation, protein-guided site-specific endonucleolytic RNA cleavage, and tightly controlled RNA unwinding. These conserved mechanisms highlight the SSU processome’s impressive structural plasticity, which endows this 4.5-megadalton nucleolar assembly with the distinctive ability to mature the small ribosomal subunit from within.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-23937
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L0: 5'ETS rRNA
L1: 18S rRNA
L2: U3 snoRNA
L3: 40S ribosomal protein S18
L4: 40S ribosomal protein S4 X isoform
L5: 40S ribosomal protein S5
L6: 40S ribosomal protein S6
L7: 40S ribosomal protein S7
L8: 40S ribosomal protein S8
L9: 40S ribosomal protein S9
LA: 40S ribosomal protein S12
LC: 40S ribosomal protein S16
LD: 40S ribosomal protein S11
LF: 40S ribosomal protein S24
LG: 40S ribosomal protein S28
LH: WD repeat-containing protein 75
LI: Nucleolar protein 11
LJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 homolog
LK: WD repeat-containing protein 43
LL: WD repeat-containing protein 43
LN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 homolog
LO: Periodic tryptophan protein 2 homolog
LP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 homolog
LQ: WD repeat-containing protein 3
LS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog
LT: WD repeat-containing protein 36
LU: DDB1- and CUL4-associated factor 13
LW: WD repeat-containing protein 46
LZ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
NA: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein MPP10
NB: Something about silencing protein 10
ND: Nucleolar protein 7
NE: Uncharacterized protein C1orf131
NF: 40S ribosomal protein S13
NG: 40S ribosomal protein S14
NJ: RNA cytidine acetyltransferase
NM: 40S ribosomal protein S3a
NN: Protein AATF
NO: 40S ribosomal protein S15a
NQ: 40S ribosomal protein S27
NR: RRP12-like protein
NT: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
NU: 40S ribosomal protein S17
NW: Nucleolar protein 10
SA: Nucleolar protein 56
SB: Nucleolar protein 58
SC: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SD: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SE: NHP2-like protein 1
SF: NHP2-like protein 1
SH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
SI: Ribosome biogenesis protein BMS1 homolog
SK: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SL: rRNA-processing protein FCF1 homolog
SM: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
SQ: Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 2
SR: 40S ribosomal protein S23
SS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A
SX: Unassigned peptides
SY: Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
NH: Nucleolar protein 6
SP: Small subunit processome component 20 homolog
LR: Transducin beta-like protein 3
LM: HEAT repeat-containing protein 1
N0: 5' ETS rRNA
SG: U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2
NI: Ribosomal RNA-processing protein 7 homolog A
SW: RNA-binding protein PNO1
ST: Nucleolar protein 14
SU: Nucleolar complex protein 4 homolog
NK: RNA cytidine acetyltransferase
NY: KRR1 small subunit processome component homolog
SZ: Bystin
SJ: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,736,629104
ポリマ－5,733,59274
非ポリマー3,03730
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 L0L1L2N0

#1: RNA鎖 5'ETS rRNA


分子量: 1166881.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1212788588
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603757.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 151415227
#3: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 70017.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 37551
#62: RNA鎖 5' ETS rRNA


分子量: 7197.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 L3L4L5L6L7L8L9LALCLDLFLGNFNGNMNONQNUSR

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 12671.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4 X isoform


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266

-
WD repeat-containing protein ... , 5種, 6分子 LHLKLLLQLTLW

#16: タンパク質 WD repeat-containing protein 75 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 17 homolog


分子量: 94609.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWA0
#19: タンパク質 WD repeat-containing protein 43 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 homolog


分子量: 74985.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15061
#23: タンパク質 WD repeat-containing protein 3


分子量: 106248.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNX4
#25: タンパク質 WD repeat-containing protein 36 / T-cell activation WD repeat-containing protein / TA-WDRP


分子量: 105443.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NI36
#27: タンパク質 WD repeat-containing protein 46 / WD repeat-containing protein BING4


分子量: 68189.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15213

-
Nucleolar protein ... , 7種, 7分子 LINDNWSASBNHST

#17: タンパク質 Nucleolar protein 11


分子量: 75231.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#31: タンパク質 Nucleolar protein 7 / Nucleolar protein of 27 kDa


分子量: 29483.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UMY1
#43: タンパク質 Nucleolar protein 10


分子量: 80431.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSC4
#44: タンパク質 Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 5A


分子量: 66160.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00567
#45: タンパク質 Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5


分子量: 59686.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2X3
#58: タンパク質 Nucleolar protein 6 / Nucleolar RNA-associated protein / Nrap


分子量: 127748.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H6R4
#66: タンパク質 Nucleolar protein 14


分子量: 68259.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 5種, 5分子 LJLNLPLSSS

#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 homolog


分子量: 58503.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TED0
#20: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 homolog / Cirhin / UTP4 small subunit processome component


分子量: 76993.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969X6
#22: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 homolog / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 66 / Multiple hat domains protein


分子量: 70297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYH9
#24: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog / WD repeat-containing protein 50


分子量: 62097.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5J1
#55: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 homolog A / Antigen NY-CO-16 / Serologically defined colon cancer antigen 16


分子量: 88129.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVJ6

+
タンパク質 , 26種, 30分子 LOLUNBNENJNKNNNRNTSCSDSESFSHSISKSJSLSQSXSYSPLRLMSGNISWSUNYSZ

#21: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 homolog


分子量: 102574.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15269
#26: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 13 / WD repeat and SOF domain-containing protein 1


分子量: 51489.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV06
#30: タンパク質 Something about silencing protein 10 / Charged amino acid-rich leucine zipper 1 / CRL1 / Disrupter of silencing SAS10 / UTP3 homolog


分子量: 54652.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQZ2
#32: タンパク質 Uncharacterized protein C1orf131


分子量: 32673.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NDD1
#35: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / N-acetyltransferase 10 / N-acetyltransferase-like protein / hALP


分子量: 115882.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H0A0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#37: タンパク質 Protein AATF / Apoptosis-antagonizing transcription factor / Rb-binding protein Che-1


分子量: 63224.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NY61
#40: タンパク質 RRP12-like protein


分子量: 73292.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#41: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#46: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 34 kDa nucleolar scleroderma antigen / Histone-glutamine methyltransferase / U6 snRNA 2'-O- ...34 kDa nucleolar scleroderma antigen / Histone-glutamine methyltransferase / U6 snRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin


分子量: 33843.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P22087, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#47: タンパク質 NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 ...High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein SNU13 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#48: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40893.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2P8
#49: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1 homolog / Ribosome assembly protein BMS1 homolog


分子量: 146044.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14692
#50: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1248)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1248 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1248)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1248 methyltransferase / Nucleolar protein EMG1 homolog / Protein C2f / Ribosome biogenesis protein NEP1


分子量: 26757.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92979, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#51: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 homolog


分子量: 23416.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y324
#53: タンパク質 Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 2 / Estrogen receptor-binding protein / LPTS-interacting protein 2 / LPTS-RP2 / Terminal ...Estrogen receptor-binding protein / LPTS-interacting protein 2 / LPTS-RP2 / Terminal deoxynucleotidyltransferase-interacting factor 2 / TdIF2 / TdT-interacting factor 2


分子量: 84598.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5QJE6
#56: タンパク質 Unassigned peptides


分子量: 15081.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#57: タンパク質 Probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / UTP11-like protein


分子量: 30520.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3A2
#59: タンパク質 Small subunit processome component 20 homolog / Down-regulated in metastasis protein / Novel nucleolar protein 73 / NNP73 / Protein Key-1A6


分子量: 318813.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75691
#60: タンパク質 Transducin beta-like protein 3 / WD repeat-containing protein SAZD


分子量: 89143.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12788
#61: タンパク質 HEAT repeat-containing protein 1 / Protein BAP28 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 homolog


分子量: 242649.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H583
#63: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-interacting protein 2 / RRP9 homolog / U3 small nucleolar ribonucleoprotein-associated 55 kDa protein / U3 snoRNP- ...RRP9 homolog / U3 small nucleolar ribonucleoprotein-associated 55 kDa protein / U3 snoRNP-associated 55 kDa protein / U3-55K


分子量: 51920.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43818
#64: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7 homolog A / Gastric cancer antigen Zg14


分子量: 32393.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3A4
#65: タンパク質 RNA-binding protein PNO1 / Partner of NOB1


分子量: 27970.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX1
#67: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 homolog


分子量: 50184.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#68: タンパク質 KRR1 small subunit processome component homolog / HIV-1 Rev-binding protein 2 / KRR-R motif-containing protein 1 / Rev-interacting protein 1 / Rip-1


分子量: 43751.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13601
#69: タンパク質 Bystin


分子量: 33712.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 LZNASM

#28: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / BRMS2


分子量: 21889.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV31
#29: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 78988.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00566
#52: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Brix domain-containing protein 4


分子量: 33818.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96G21

-
非ポリマー , 5種, 30分子

#70: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#71: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#72: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#73: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#74: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human SSU processome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#69 / 由来: NATURAL
分子量値: 5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 0.01 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 84904
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctfv1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIX1.19モデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9297626
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21096 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15WLC

5wlc

15WLC1PDBexperimental model
26ZQD

6zqd

16ZQD2PDBexperimental model
36ZOJ

6zoj

16ZOJ3PDBexperimental model
42IPX

2ipx

12IPX4PDBexperimental model
52OZB

2ozb

12OZB5PDBexperimental model
64JXM

4jxm

14JXM6PDBexperimental model
75FAI

5fai

15FAI7PDBexperimental model
86G18

6g18

16G188PDBexperimental model
96G4S

6g4s

16G4S9PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る