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万見
- PDB-7me6: Structure of the apo form of YcnI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7me6
タイトルStructure of the apo form of YcnI
要素Uncharacterized protein YcnI
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cupredoxin / Cu-binding
機能・相同性YcnI-like / YcnI-like superfamily / Domain of unkown function (DUF1775) / plasma membrane / MALONATE ION / Copper-binding protein CutI
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Damle, M. / Fisher, O.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The YcnI protein from Bacillus subtilis contains a copper-binding domain.
著者: Damle, M.S. / Singh, A.N. / Peters, S.C. / Szalai, V.A. / Fisher, O.S.
履歴
登録2021年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YcnI
B: Uncharacterized protein YcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0924
ポリマ－28,8882
非ポリマー2042
水4,540252
1
A: Uncharacterized protein YcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5462
ポリマ－14,4441
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein YcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5462
ポリマ－14,4441
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.425, 90.425, 208.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-433-

HOH

31A-437-

HOH

41A-438-

HOH

51A-440-

HOH

61B-395-

HOH

71B-411-

HOH

81B-412-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 28 through 154)
21(chain B and resid 28 through 154)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 28 - 154 / Label seq-ID: 2 - 128

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 28 through 154)AA
2(chain B and resid 28 through 154)BB

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YcnI


分子量: 14443.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ycnI, BSU03940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P94431
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid, 2.394 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.1 Å / Num. obs: 59466 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 12.06
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 4302 / CC1/2: 0.516

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Cu YcnI (to be deposited)

解像度: 2.053→38.482 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 2000 6.19 %
Rwork0.1963 30328 -
obs0.1978 32328 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.91 Å2 / Biso mean: 48.1747 Å2 / Biso min: 22.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.053→38.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2033 0 14 252 2299
Biso mean--71.61 50.36 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.982878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2711244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1198X-RAY DIFFRACTION7.313TORSIONAL
12B1198X-RAY DIFFRACTION7.313TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.053-2.10440.29341360.2634206198
2.1044-2.16130.28211390.23222109100
2.1613-2.22490.25811400.22132124100
2.2249-2.29670.28541410.22012128100
2.2967-2.37870.24811400.21212137100
2.3787-2.4740.24651390.20592111100
2.474-2.58650.22021430.20892153100
2.5865-2.72290.23691410.21422143100
2.7229-2.89340.22831410.22432155100
2.8934-3.11670.25731440.21542175100
3.1167-3.43020.23041430.19272170100
3.4302-3.92610.22291460.18112213100
3.9261-4.94490.18121480.16322236100
4.9449-38.4820.19531590.19512413100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0398-3.0182-5.36169.01684.71924.5005-0.24610.5036-0.4378-0.47610.1221-0.08370.0987-0.26160.08630.3278-0.0481-0.00950.35460.03820.2254-3.801-10.8159.8391
25.7652-0.7004-1.0713.76280.38533.9433-0.0657-0.0257-0.45380.31990.05860.07230.5691-0.16490.01620.3022-0.0541-0.00550.24290.06370.2611-5.3852-14.113621.4204
35.31360.7136-0.16512.1432.69285.1408-0.23191.7745-1.2557-0.28960.2201-0.05181.7162-0.00660.0120.7563-0.0581-0.01690.6281-0.1730.4295-2.2449-20.37543.9552
48.4894-0.2175-4.66143.33120.90596.4274-0.17610.5629-0.377-0.36340.16260.5180.1213-0.4310.10380.3786-0.143-0.01760.32610.02950.4147-14.9324-16.607313.9473
58.1099-0.05552.14919.5054-4.65113.68290.3472-0.2497-0.29110.5033-0.5751-0.8988-0.10470.23750.18150.3798-0.1019-0.00240.32220.02450.3413-34.5032-22.489742.184
67.85021.35660.30887.5569-2.58227.13620.05281.13390.8391-0.1617-0.1540.0331-0.3367-0.00310.06780.3459-0.04740.12030.28840.10160.3846-34.1493-10.580328.6411
76.0766.43855.74016.79056.10255.64940.0994-0.03240.11050.214-0.3806-1.5819-0.01970.87060.23240.3643-0.0413-0.08670.4350.02110.6876-25.4877-27.183637.8369
83.79984.14263.99116.0742.36988.7253-0.69910.5854-0.2733-0.85070.6565-0.628-0.15130.52570.22360.4528-0.0390.12650.3843-0.0120.322-31.849-24.744426.3384
93.4056-4.70451.01277.9876-1.69177.54110.06671.37961.1908-0.3372-0.4358-0.95140.10270.91640.23710.4155-0.10130.11050.40930.06460.5666-30.2005-18.284727.8493
105.11432.18350.12816.2248-0.7584.36810.32020.1390.29230.3323-0.2889-0.6234-0.11730.55430.01290.2894-0.05880.06670.33130.00630.3912-30.1479-17.02736.5025
117.7592-1.0135-0.77985.8726-4.31548.17660.4629-0.76230.43981.9233-0.1337-0.3206-1.0435-0.2577-0.32910.6462-0.24120.02240.477-0.04130.3751-28.4822-12.542546.3401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 48 )A27 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 113 )A49 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 123 )A114 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 154 )A124 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 27 through 48 )B27 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 61 )B49 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 62 through 71 )B62 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 72 through 83 )B72 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 104 )B84 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 105 through 137 )B105 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 138 through 154 )B138 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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