PDB-7me4: Structure of the extracellular WNT-binding module in Drosophila R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7me4

タイトル

Structure of the extracellular WNT-binding module in Drosophila Ror2/Nrk

要素

Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor Ror2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / WNT signaling / receptor tyrosine kinases / acylation / growth factor signaling / co-receptor / pseudokinases / ligand / receptor / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor cell axon guidance / rhabdomere development / Wnt-protein binding / muscle cell cellular homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Mendrola, J.M. / Shi, F. / Perry, K. / Stayrook, S.E. / Lemmon, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: ROR and RYK extracellular region structures suggest that receptor tyrosine kinases have distinct WNT-recognition modes.
著者: Shi, F. / Mendrola, J.M. / Sheetz, J.B. / Wu, N. / Sommer, A. / Speer, K.F. / Noordermeer, J.N. / Kan, Z.Y. / Perry, K. / Englander, S.W. / Stayrook, S.E. / Fradkin, L.G. / Lemmon, M.A.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7me4.cif.gz	125.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7me4.ent.gz	94.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7me4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/7me4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7me5C 1i71S 3hklS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qvv-1 2g80-3 1ovz-2 2g80-1 6nw2-1 3m95-d 5kgo-1 6c29-3 3qxu-4 3qxu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (8) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor Ror2

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.704, 74.695, 61.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Tyrosine-protein kinase transmembrane receptor Ror2 / dRor2 / Neurospecific receptor tyrosine kinase

分子量: 32587.643 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain, UNP residues 42-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Nrk, ROR2, CG4007
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9V6K3, receptor protein-tyrosine kinase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.03 % / 解説: bar
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 3 mg/ml protein, 50 mM Bis-Tris propane (pH 5.0), 21% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→59.074 Å / Num. all: 36932 / Num. obs: 36932 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 2.2 % / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.059 / R_sym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 81880

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.75-1.84	1.8	0.744	1	8391	4747	0.678	1.01	0.744	1	78
1.84-1.96	2.2	0.523	1.3	11785	5386	0.421	0.675	0.523	1.9	93.4
1.96-2.09	2.3	0.253	2.9	11312	5017	0.197	0.322	0.253	3.6	92.8
2.09-2.26	2.2	0.157	4.7	10357	4608	0.123	0.2	0.157	5.7	91.4
2.26-2.47	2.3	0.093	7.9	9764	4232	0.072	0.118	0.093	8	91.8
2.47-2.77	2.3	0.058	11.8	8508	3720	0.045	0.074	0.058	11.6	88.2
2.77-3.2	2.3	0.042	15.5	7759	3336	0.033	0.054	0.042	16.9	90.2
3.2-3.91	2.3	0.035	16.2	6302	2693	0.027	0.045	0.035	22.8	86.8
3.91-5.53	2.4	0.029	20	4872	2052	0.022	0.037	0.029	25.8	83.9
5.53-42.501	2.5	0.029	17.5	2830	1141	0.023	0.037	0.029	26.3	85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	dev_3915	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HKL 1I71

3hkl

1i71

解像度: 1.75→42.5 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	1802	4.89 %
R_work	0.1873	35072	-
obs	0.1892	36874	87.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.84 Å² / B_iso mean: 41.7807 Å² / B_iso min: 20.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→42.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1833	0	46	273	2152
B_iso mean	-	-	63.49	49.07	-
残基数	-	-	-	-	227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.202	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.749	273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.8	0.3832	103	0.3392	2291	2394	74
1.8-1.85	0.3299	134	0.2877	2463	2597	81
1.85-1.91	0.3431	159	0.2661	2825	2984	93
1.91-1.98	0.2918	152	0.2654	2845	2997	94
1.98-2.06	0.2714	125	0.2097	2859	2984	92
2.06-2.15	0.2478	136	0.2017	2735	2871	89
2.15-2.26	0.2522	129	0.1922	2846	2975	93
2.26-2.41	0.2695	151	0.1978	2809	2960	92
2.41-2.59	0.25	130	0.1922	2699	2829	88
2.59-2.85	0.2101	132	0.1827	2759	2891	90
2.85-3.27	0.1785	151	0.185	2717	2868	88
3.27-4.11	0.1919	146	0.1593	2655	2801	86
4.11-42.5	0.2157	154	0.1717	2569	2723	82

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.4457 Å / Origin y: 33.538 Å / Origin z: -17.8196 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1763 Å²	-0.0106 Å²	0.0087 Å²	-	0.2 Å²	0.0205 Å²	-	-	0.1645 Å²
L	2.2237 °²	-1.0247 °²	0.164 °²	-	1.9474 °²	-0.0195 °²	-	-	1.6865 °²
S	0.0096 Å °	-0.201 Å °	-0.1161 Å °	0.0946 Å °	-0.0046 Å °	-0.0542 Å °	0.0954 Å °	0.0901 Å °	-0.0116 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	68 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1210
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	901 - 902
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	W	1 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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