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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lud | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab ADI-14442 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / RSV F / Fab / Antibody / Viral fusion protein | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rush, S.A. / McLellan, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein induces genetically and antigenically diverse antibody responses. 著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / ...著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / Amy Ransier / Samuel Darko / Emily Phung / Lingshu Wang / Yi Zhang / Scott A Rush / Bharat Madan / Guillaume B E Stewart-Jones / Pamela J Costner / LaSonji A Holman / Somia P Hickman / Nina M Berkowitz / Nicole A Doria-Rose / Kaitlyn M Morabito / Brandon J DeKosky / Martin R Gaudinski / Grace L Chen / Michelle C Crank / John Misasi / Nancy J Sullivan / Daniel C Douek / Peter D Kwong / Barney S Graham / Jason S McLellan / John R Mascola / ![]() 要旨: An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) ...An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) substantially increases serum-neutralizing activity in healthy adults. We sought to determine whether DS-Cav1 vaccination induces a repertoire mirroring the pre-existing diversity from natural infection or whether antibody lineages targeting specific epitopes predominate. We evaluated RSV F-specific B cell responses before and after vaccination in six participants using complementary B cell sequencing methodologies and identified 555 clonal lineages. DS-Cav1-induced lineages recognized the prefusion conformation of F (pre-F) and were genetically diverse. Expressed antibodies recognized all six antigenic sites on the pre-F trimer. We identified 34 public clonotypes, and structural analysis of two antibodies from a predominant clonotype revealed a common mode of recognition. Thus, vaccination with DS-Cav1 generates a diverse polyclonal response targeting the antigenic sites on pre-F, supporting the development and advanced testing of pre-F-based vaccines against RSV. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 343.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 279.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23805.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24100.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.09 M HEPES pH 7.5 and 0.05% ethyl acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→54.63 Å / Num. obs: 20217 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.961 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3321 / CC1/2: 0.654 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ddr 解像度: 2.9→50.16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 168.59 Å2 / Biso mean: 55.3416 Å2 / Biso min: 26.75 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50.16 Å
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