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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lsi | ||||||
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タイトル | Structure of KD035, a VEGFR2 monoclonal antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTITUMOR PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VEGFR2 / antibody | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Depetris, R.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of KD035, a VEGFR2 monoclonal antibody 著者: Depetris, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lsi.cif.gz | 169.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lsi.ent.gz | 133.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lsi_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lsi_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7lsi_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lsi_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/7lsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3n9gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23132.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 22574.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Na Phosphate monobasic monohydrate,20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 62 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→39.46 Å / Num. obs: 50743 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / Num. unique obs: 4626 / CC1/2: 0.31 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3N9G 解像度: 2.4→39.456 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.5 Å2 / Biso mean: 33.9262 Å2 / Biso min: 13.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→39.456 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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