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- PDB-7lsi: Structure of KD035, a VEGFR2 monoclonal antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lsi
タイトルStructure of KD035, a VEGFR2 monoclonal antibody
要素
  • KD035 Fab heavy chain
  • KD035 Fab light chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VEGFR2 / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Depetris, R.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of KD035, a VEGFR2 monoclonal antibody
著者: Depetris, R.S.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KD035 Fab heavy chain
B: KD035 Fab heavy chain
C: KD035 Fab light chain
D: KD035 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4164
ポリマ－91,4164
非ポリマー00
水2,504139
1
A: KD035 Fab heavy chain
C: KD035 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7082
ポリマ－45,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
2
B: KD035 Fab heavy chain
D: KD035 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7082
ポリマ－45,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.164, 90.236, 81.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 KD035 Fab heavy chain


分子量: 23132.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 KD035 Fab light chain


分子量: 22574.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Na Phosphate monobasic monohydrate,20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 62 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→39.46 Å / Num. obs: 50743 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / Num. unique obs: 4626 / CC1/2: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N9G

3n9g


解像度: 2.4→39.456 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 1155 3.91 %
Rwork0.1969 28408 -
obs0.2 29563 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.5 Å2 / Biso mean: 33.9262 Å2 / Biso min: 13.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6276 0 0 139 6415
Biso mean---34.08 -
残基数----842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.368745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9882249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.50920.38931430.2626356699
2.5092-2.64150.341520.2481351998
2.6415-2.80690.33651410.2316345896
2.8069-3.02360.30831410.2195356699
3.0236-3.32770.3051460.2157358399
3.3277-3.80890.2881400.1882357799
3.8089-4.79750.21541430.1572354297
4.7975-39.4560.22561490.1817359798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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