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Yorodumi- PDB-7lrm: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dCT... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lrm | ||||||
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Title | Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with DNA, dCTP, and CA(2+) ion | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / Human immunodeficiency virus 1 / Protein/dsDNA / Aptamer / dNTP / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus type 1 synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.14 Å | ||||||
Authors | Hoang, A. / Ruiz, F.X. / Arnold, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Drug Discov Today / Year: 2022 Title: Structural basis of HIV inhibition by L-nucleosides: Opportunities for drug development and repurposing. Authors: Ruiz, F.X. / Hoang, A. / Dilmore, C.R. / DeStefano, J.J. / Arnold, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lrm.cif.gz | 1010 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lrm.ent.gz | 742.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lrm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lrm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7lriC 7lrxC 7lryC 7lskC 5d3gS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Reverse transcriptase ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 63874.133 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S, D498N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H #2: Protein | Mass: 50096.539 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain / Sugars , 2 types, 4 molecules FE
#3: DNA chain | Mass: 11764.525 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 5 types, 168 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 10-12% PEG 8000, 50 MM BISTRIS-PROPANE PH 7.2, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 5% SUCROSE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.977 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→50 Å / Num. obs: 53976 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 56.82 Å2 / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.14→3.2 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2194 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.59 / % possible all: 79.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5D3G Resolution: 3.14→34.13 Å / SU ML: 0.2989 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / Phase error: 23.9301 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.14→34.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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