PDB-7lny: Apo structure of the Histone chaperone ASF1A residues 1-155

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lny

タイトル

Apo structure of the Histone chaperone ASF1A residues 1-155

要素

Histone chaperone ASF1A

キーワード

CELL CYCLE / Histone chaperone / immunoglobulin domain-like / protein interaction / replication-coupled nucleosome assembly / replication-independent nucleosome assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

histone chaperone activity / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Simon, B. / Boggon, T.J. / Calderwood, D. / Turk, B.E.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
American Heart Association	18POST33960340	米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)	1R03TR002912-01	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P50 CA196530	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Tousled-like kinase 2 targets ASF1 histone chaperones through client mimicry.
著者: Simon, B. / Lou, H.J. / Huet-Calderwood, C. / Shi, G. / Boggon, T.J. / Turk, B.E. / Calderwood, D.A.

履歴

登録	2021年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lny.cif.gz	620.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lny.ent.gz	525 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lny_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lny_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	7lny_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	7lny_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lo0C 2i32S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lny-3 6t1m-d 7lny-4 6t1n-d 7e7a-2 6t1o-d 1tey-d 7lny-5 3qrl-d 7lny-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone chaperone ASF1A

B: Histone chaperone ASF1A

C: Histone chaperone ASF1A

D: Histone chaperone ASF1A

E: Histone chaperone ASF1A

F: Histone chaperone ASF1A

G: Histone chaperone ASF1A

125 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Histone chaperone ASF1A

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.282, 118.980, 109.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1 / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / CIA / hCIA 分子量: 17829.896 Da / 分子数: 7 / 断片: Residues 1-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1 / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / CIA / hCIA

分子量: 17829.896 Da / 分子数: 7 / 断片: Residues 1-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9Y294

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1 ml reservoir of 22% PEG3350 and 6% of Tascimate pH6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→106.5 Å / Num. obs: 102510 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.5 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.14	0.698	22481	5048	0.821	0.365	0.791	2.1	99.4
11.5-106.5	0.048	2990	671	0.996	0.026	0.055	29.3	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	106.5 Å
Translation	2 Å	106.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2I32

2i32

解像度: 2.1→106.5 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	10372	5.17 %	0
R_work	0.2199	190215	-	-
obs	0.221	102489	98.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 179.67 Å² / B_iso mean: 56.6189 Å² / B_iso min: 26.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→106.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8673	0	0	465	9138
B_iso mean	-	-	-	60.05	-
残基数	-	-	-	-	1078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.518	12179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.456	5314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1623

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3145	353	0.3559	6287	98
2.1239-2.1489	0.3368	375	0.3479	6324	98
2.1489-2.1751	0.3424	326	0.3222	6281	98
2.1751-2.2026	0.3326	394	0.3265	6350	98
2.2026-2.2316	0.3309	319	0.3104	6286	98
2.2316-2.2622	0.3233	302	0.3103	6293	96
2.2622-2.2945	0.3387	359	0.3084	6301	99
2.2945-2.3287	0.3386	338	0.3058	6458	99
2.3287-2.3651	0.318	321	0.2989	6387	99
2.3651-2.4039	0.297	314	0.2833	6317	99
2.4039-2.4454	0.3262	395	0.292	6421	99
2.4454-2.4898	0.2834	388	0.2867	6320	99
2.4898-2.5377	0.2966	289	0.2834	6365	99
2.5377-2.5895	0.287	356	0.2815	6341	98
2.5895-2.6458	0.3095	360	0.2825	6383	98
2.6458-2.7074	0.2838	324	0.2942	6310	98
2.7074-2.7751	0.3024	323	0.2897	6229	97
2.7751-2.8501	0.2869	360	0.2799	6325	99
2.8501-2.934	0.2806	280	0.2545	6524	99
2.934-3.0287	0.2727	379	0.2506	6345	99
3.0287-3.137	0.2998	357	0.2409	6383	99
3.137-3.2626	0.2463	354	0.2357	6368	99
3.2626-3.4111	0.2602	322	0.2167	6364	98
3.4111-3.5909	0.2344	371	0.2015	6178	96
3.5909-3.8159	0.2098	373	0.1852	6354	99
3.8159-4.1105	0.1698	324	0.1756	6394	99
4.1105-4.5242	0.1832	412	0.1604	6340	99
4.5242-5.1789	0.1653	313	0.1494	6357	98
5.1789-6.5247	0.2024	343	0.1763	6332	98
6.5247-106.5	0.2477	348	0.2007	6298	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8268	1.3179	0.3966	3.0319	-0.3496	1.7412	0.8052	0.4866	0.2064	-0.9919	0.01	-1.4232	-0.2569	0.435	0.0991	0.5419	0.1211	-0.0329	0.6002	0.0044	0.5158	71.365	51.948	25.971
2	1.163	-0.8731	0.2446	-0.5061	-1.5345	4.871	0.2854	0.3712	-0.0655	-0.2824	-0.3617	0.0499	0.1654	-0.2787	-0.002	0.3528	0.0381	-0.0226	0.3293	-0.0137	0.3608	64.27	52.173	35.324
3	-0.3537	-0.8254	-0.9473	-0.0176	1.6009	2.6502	0.5232	0.2977	-0.4592	0.2066	-0.0665	-0.1065	0.9081	0.2995	0.0281	0.4111	0.0655	-0.0549	0.3069	-0.0296	0.4089	71.648	45.752	44.926
4	1.0757	-0.2028	0.9822	-0.3734	0.0165	1.8227	0.4028	0.4495	0.119	-0.0864	0.0677	0.1418	1.213	-0.2424	0.0674	0.5287	0.0589	-0.1029	0.4339	-0.0553	0.3217	61.425	48.746	28.92
5	2.1192	-1.3128	-0.3302	0.1459	-0.6127	1.2295	0.1293	0.1209	-0.1593	0.0374	-0.1731	0.023	0.2454	0.1529	-0.0062	0.38	0.0333	-0.0159	0.2944	-0.0046	0.3562	71.707	49.423	46.879
6	1.2449	0.3094	0.3187	0.303	-0.72	0.7138	0.1834	-0.0877	0.1658	0.0076	0.457	-0.5067	0.1481	1.1792	-0.0003	0.3299	0.0757	0.0281	0.4327	-0.0221	0.3413	74.059	54.436	42.177
7	0.8927	0.3776	-0.3566	0.3824	-0.0435	0.2568	0.5316	-0.6426	0.8209	0.2016	-0.6037	0.1793	-0.6301	0.0288	0.0001	0.5731	-0.1241	0.0644	0.5241	-0.0889	0.5819	69.702	64.2	64.082
8	0.2496	-0.5098	-0.1964	0.3746	0.1014	3.2444	-0.0057	0.1565	-0.0367	0.307	-0.3156	-0.2753	-0.7922	-0.7883	-0.0654	0.3587	-0.019	0.005	0.2748	-0.019	0.4217	66.167	60.788	53.303
9	3.5892	-1.5427	-0.0933	2.0316	-1.6463	1.445	0.2569	0.3499	-0.0064	-0.6225	-0.0587	-0.5251	-0.1172	0.6121	0.0159	0.374	0.1133	0.0215	0.4706	0.0834	0.3452	77.613	50.277	31.143
10	6.2612	2.1296	1.2431	2.458	-1.3339	2.1994	-0.0168	-0.5637	0.1959	0.2833	-0.0628	0.3586	-0.3035	-0.3527	0.2244	0.4223	0.1159	-0.0064	0.3906	0.0015	0.4768	86.243	33.369	44.847
11	0.2192	-0.7652	-0.6749	2.1153	0.2901	3.2529	-0.0554	-0.2793	-0.1807	-0.0021	-0.2472	-0.0478	0.2488	0.4196	0.02	0.3515	0.1211	0.0051	0.3623	-0.0133	0.473	91.604	29.382	34.964
12	4.3234	3.9506	-2.7185	7.2839	-2.9835	1.3592	-0.7369	0.8977	0.7867	-1.9071	1.0524	0.7038	0.6149	-1.1324	0.2108	0.5015	0.1807	0.0099	0.4556	-0.0578	0.461	86.481	37.757	26.762
13	1.5215	0.1872	-0.3985	1.0238	0.2971	0.9911	-0.3437	0.6255	0.1491	0.1582	0.585	-0.1626	-0.4697	-1.1608	0.0466	0.4973	0.184	-0.0294	0.5408	-0.0959	0.3533	85.281	35.552	22.781
14	0.6461	-0.0503	0.158	1.281	-1.698	1.5644	-0.137	-0.2171	-0.1109	-0.3808	0.0839	0.194	0.7928	-0.1205	-0.0084	0.4605	0.0615	0.0297	0.408	-0.0044	0.5016	87.904	24.018	39.211
15	1.2753	-0.1611	-0.0163	-0.8905	-0.1558	1.1557	0.0708	0.5334	-0.0627	-0.2342	-0.1239	-0.0481	-0.2141	-0.3206	-0	0.5846	0.1544	0.0469	0.4549	-0.0239	0.4355	89.492	38.45	24.442
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60	-0.2279	0.4194	-0.2952	0.3164	-0.3392	0.0173	0.064	-0.0533	0.0877	-0.0395	0.2138	0.211	-0.385	-0.3134	-0	0.574	0.0449	-0.0875	0.4791	0.0776	0.5303	104.639	32.609	-4.172
61	0.9207	-0.2443	-0.8387	2.4541	0.6351	1.9944	-0.9417	0.0881	-0.0389	-0.181	-0.2117	0.1829	0.8913	-0.9245	-0.1466	0.6889	0.0291	0.2864	0.4696	-0.0118	0.6732	101.777	17.987	7.777
62	1.2629	1.354	-0.8047	1.8435	-1.3668	2.4768	-1.1122	-0.5686	-0.06	-0.6331	-0.424	0.3505	-0.4885	-1.238	-0.2227	0.6627	0.1303	0.1418	0.491	0.018	0.5936	108.364	18.313	4.476
63	0.3466	-0.1469	-0.1376	0.9479	-0.9579	1.266	-0.9082	-1.3372	-0.6652	0.3661	-0.0499	-0.9947	-0.4363	0.7401	-0.0369	0.9171	0.3381	0.273	1.1507	0.2352	0.9143	110.893	19.429	29.116
64	1.1282	0.5714	-0.1987	0.3207	0.5452	2.7113	-0.1902	0.0833	-0.4642	-0.2257	-0.9344	-0.4842	-1.8837	0.7575	-0.1173	0.6218	0.1557	0.0577	0.5232	0.2059	0.6633	111.787	23.271	13.552
65	0.6288	-0.1952	-0.4076	-0.0739	0.1141	0.2143	-0.0703	0.6278	-1.0526	-0.2325	-0.0121	0.7485	0.0288	0.7732	-0.0002	1.0065	-0.0549	0.2146	0.6615	-0.1197	0.8497	106.297	15.615	-10.815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:13 )	A	2 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 14:39 )	A	14 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 40:63 )	A	40 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 64:78 )	A	64 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 79:105 )	A	79 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 106:119 )	A	106 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 120:133 )	A	120 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 134:141 )	A	134 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 142:156 )	A	142 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 2:13 )	B	2 - 13
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 14:39 )	B	14 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 40:52 )	B	40 - 52
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 53:63 )	B	53 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 64:78 )	B	64 - 78
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 79:105 )	B	79 - 105
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 106:119 )	B	106 - 119
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 120:133 )	B	120 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 134:141 )	B	134 - 141
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 142:156 )	B	142 - 156
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 3:13 )	C	3 - 13
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 14:23 )	C	14 - 23
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 24:39 )	C	24 - 39
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 40:64 )	C	40 - 64
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 65:78 )	C	65 - 78
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 79:105 )	C	79 - 105
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 106:119 )	C	106 - 119
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN C AND RESID 120:133 )	C	120 - 133
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 134:141 )	C	134 - 141
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN C AND RESID 142:156 )	C	142 - 156
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 2:13 )	D	2 - 13
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 14:23 )	D	14 - 23
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN D AND RESID 24:39 )	D	24 - 39
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN D AND RESID 40:64 )	D	40 - 64
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN D AND RESID 65:78 )	D	65 - 78
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN D AND RESID 79:105 )	D	79 - 105
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN D AND RESID 106:119 )	D	106 - 119
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN D AND RESID 120:133 )	D	120 - 133
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN D AND RESID 134:141 )	D	134 - 141
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN D AND RESID 142:156 )	D	142 - 156
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN E AND RESID 3:23 )	E	3 - 23
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN E AND RESID 24:39 )	E	24 - 39
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN E AND RESID 40:64 )	E	40 - 64
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN E AND RESID 65:78 )	E	65 - 78
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN E AND RESID 79:105 )	E	79 - 105
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN E AND RESID 106:119 )	E	106 - 119
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN E AND RESID 120:133 )	E	120 - 133
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN E AND RESID 134:141 )	E	134 - 141
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN E AND RESID 142:156 )	E	142 - 156
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN F AND RESID 4:13 )	F	4 - 13
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN F AND RESID 14:39 )	F	14 - 39
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN F AND RESID 40:63 )	F	40 - 63
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN F AND RESID 64:105 )	F	64 - 105
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN F AND RESID 106:119 )	F	106 - 119
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN F AND RESID 120:136 )	F	120 - 136
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN F AND RESID 137:156 )	F	137 - 156
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN G AND RESID 4:23 )	G	4 - 23
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN G AND RESID 47:69 )	G	47 - 69
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN G AND RESID 70:78 )	G	70 - 78
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN G AND RESID 79:105 )	G	79 - 105
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN G AND RESID 106:119 )	G	106 - 119
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN G AND RESID 120:133 )	G	120 - 133
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN G AND RESID 134:146 )	G	134 - 146
65	X-RAY DIFFRACTION	65	( CHAIN G AND RESID 147:155 )	G	147 - 155

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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