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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qrl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Taf14 YEATS domain | ||||||
![]() | Transcription initiation factor TFIID subunit 14 | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / YEATS domain / Ig fold / Nucleus | ||||||
機能・相同性 | ![]() NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / SWI/SNF complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / SWI/SNF complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Simpson, P.J. / Warren, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Taf14 YEATS domain 著者: Simpson, P.J. / Warren, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16051.319 Da / 分子数: 1 / 断片: YEATS Domain (UNP Residues 1-137) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Y5563 / 遺伝子: ANC1, CST10, SWP29, TAF14, TAF30, TFG3, YPL129W / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 42.5% (v/v) PEG-600, 100 mM Sodium Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→32.626 Å / Num. obs: 21602 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3130 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.688 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.626 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 45.8028 Å / Origin y: 53.3179 Å / Origin z: 1.8264 Å
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