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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7lny | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Apo structure of the Histone chaperone ASF1A residues 1-155 | ||||||||||||
Components | Histone chaperone ASF1A | ||||||||||||
Keywords | CELL CYCLE / Histone chaperone / immunoglobulin domain-like / protein interaction / replication-coupled nucleosome assembly / replication-independent nucleosome assembly | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationhistone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding ...histone chaperone activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||||||||
Authors | Simon, B. / Boggon, T.J. / Calderwood, D. / Turk, B.E. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022Title: Tousled-like kinase 2 targets ASF1 histone chaperones through client mimicry. Authors: Simon, B. / Lou, H.J. / Huet-Calderwood, C. / Shi, G. / Boggon, T.J. / Turk, B.E. / Calderwood, D.A. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7lny.cif.gz | 620.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7lny.ent.gz | 525 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7lny.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7lny_validation.pdf.gz | 470.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7lny_full_validation.pdf.gz | 480.8 KB | Display | |
| Data in XML | 7lny_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
| Data in CIF | 7lny_validation.cif.gz | 57.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lny | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7lo0C ![]() 2i32S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 17829.896 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: Residues 1-155 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.65 Å3/Da / Density % sol: 66.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 1 ml reservoir of 22% PEG3350 and 6% of Tascimate pH6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.1→106.5 Å / Num. obs: 102510 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 4.5 %
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2I32 Resolution: 2.1→106.5 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.02 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 179.67 Å2 / Biso mean: 56.6189 Å2 / Biso min: 26.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→106.5 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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