PDB-7ljm: Structure of the Salmonella enterica CD-NTase CdnD in complex with GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ljm

タイトル

Structure of the Salmonella enterica CD-NTase CdnD in complex with GTP

要素

CD-NTase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / CBASS / trinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Govande, A. / Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.W. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of CD-NTase nucleotide selection in CBASS anti-phage defense.
著者: Govande, A.A. / Duncan-Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年6月5日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ljm.cif.gz	354 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ljm.ent.gz	240.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ljm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ljm_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ljm_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7ljm_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	7ljm_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ljlC 7ljnC 7ljoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ljl-1 6dgm-1 5npq-1 7lje-2 5hxw-5 5u9z-1 2uyc-d 6eru-d 7jhk-2 2zcj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase

B: CD-NTase

ヘテロ分子

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CD-NTase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.473, 69.781, 88.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.351, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	CD-NTase 分子量: 43341.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: GNB57_001779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A728KSL7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG-3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.49 Å / Num. obs: 26345 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 47.36 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_pim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3093 / CC_1/2: 0.381 / R_pim(I) all: 0.965

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: EcCdnD

解像度: 2.6→38.49 Å / SU ML: 0.3939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6002
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	1982	7.69 %
R_work	0.2289	23791	-
obs	0.2318	25773	97.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5581	0	134	91	5806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	5865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6574	8005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	847
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1678	2203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.3694	108	0.3191	1387	X-RAY DIFFRACTION	79.39
2.66-2.73	0.3416	123	0.3131	1579	X-RAY DIFFRACTION	90.92
2.73-2.82	0.3328	143	0.3014	1689	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.82-2.91	0.3036	146	0.2831	1750	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.91-3.01	0.3363	153	0.2682	1722	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.01-3.13	0.3137	134	0.2703	1737	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.13-3.27	0.339	150	0.2644	1739	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.27-3.44	0.3071	143	0.2537	1716	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.45-3.66	0.2911	142	0.2508	1723	X-RAY DIFFRACTION	97.29
3.66-3.94	0.2643	149	0.2172	1696	X-RAY DIFFRACTION	98.03
3.94-4.34	0.2338	138	0.1913	1759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.97	0.2165	150	0.1773	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-6.25	0.25	149	0.2207	1765	X-RAY DIFFRACTION	99.64
6.25-38.49	0.2064	154	0.1936	1777	X-RAY DIFFRACTION	98.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94715426588	0.413729015379	0.506663192093	1.08483562814	-0.411817694146	0.704788905032	0.103650942638	0.0574334482453	-0.0366286011379	-0.075651236184	-0.122669900071	0.000831922033574	-0.0699563119366	-0.076898639583	0.000850730128253	0.29637560651	-0.0123438139772	0.0158166590215	0.271046134665	0.0258883063354	0.358388897894	-25.4793555662	-8.99121255398	-38.6799257682
2	0.407456765516	-0.108448955945	0.144365811062	0.815751503845	0.177700002475	0.367746088565	-0.0314352321566	-0.150678895871	-0.508289580415	0.308258051733	-0.00789081562506	0.280621905475	0.350514971262	-0.349238915982	0.000205086479274	0.480965071489	-0.0380221616051	-0.0585334644586	0.390281241226	0.0588989390968	0.484437416928	-25.3836948341	-24.3874915799	-28.0535142316
3	1.89621213004	0.00139217857497	-0.87242875602	0.191513666884	-0.0181834247003	1.95334677605	0.139753539955	-0.337461115599	-0.0713900106246	0.395488501584	-0.200127923013	-0.392135111771	-0.325185481301	0.194726014686	-0.0230836690397	0.481565677959	-0.106195401176	-0.0425531289738	0.323130863553	-0.000732266327983	0.296231935994	-18.199975274	-2.78171624396	-18.2240098056
4	1.05630457997	-0.3660909596	0.466476573801	0.392799798335	-0.419032373129	0.592500586665	-0.0573702606462	-0.607292600634	0.0094234020124	1.13739574055	-0.157474898341	0.342994245299	-0.764136244977	-0.40879030358	0.0107448819648	0.954989485831	-0.00854971723647	0.133063238104	0.932629814094	-0.193535713063	0.600615932339	-39.339512411	1.59286873851	-5.37981279055
5	2.00355342541	0.261744807645	0.780604332837	0.803454304447	-0.65619472728	1.24853864331	0.0534576730967	-0.103330780124	0.00564825927803	0.0506668022446	-0.056017828611	0.0118185391904	0.00943992458595	0.278357326285	-0.000384700286993	0.286922213479	0.0233328632911	0.0327090459263	0.291860603986	-0.0352800559239	0.407040835088	-52.2104900859	-8.63338570492	-46.4337448765
6	0.659310370962	-0.120933686324	0.288343315395	0.0305581943938	-0.00344715065314	2.14477505119	0.0601577641869	-0.390273438886	-0.972810196926	-0.0685813601258	-0.332157701609	0.319818005293	0.526881865364	0.450043756253	-0.00818456350057	0.417723475746	-0.0242603247871	-0.000384732442788	0.381422057816	-0.037773727702	0.701801176097	-60.2841718849	-22.4407379544	-49.5362134908
7	3.300563688	-0.564988979814	-0.154894616087	0.343974071091	-0.442610595178	1.19848992394	0.143947798758	0.830993473704	-0.461148432383	-0.29956170788	0.262575733652	-0.0292550776133	0.459318180214	-0.0757293800878	0.0577466791404	0.692820328021	0.00659777749653	-0.0462767634664	0.670356130194	-0.19760559837	1.13685155746	-56.6088795939	-26.0765129959	-59.6350485731
8	0.919700730666	0.192529745612	-0.553265082908	0.967465041105	-0.281715277767	1.94163746305	0.220192644033	0.502821307001	-0.15193308395	-0.211074673546	-0.209184413819	0.325432050452	-0.284638700878	-0.251978882361	0.271136455732	0.411488054144	0.0507702858456	-0.0277942766899	0.50364998498	-0.0393238900912	0.396164109835	-59.872009402	-8.9659712583	-60.2323987644
9	1.15523435806	-0.485345940382	-0.842005435683	0.888752540397	0.393401733934	1.74487865866	0.092081407393	0.703659919687	-0.0209966187068	-0.228019159251	-0.0419438729847	0.300595890866	-0.328101430426	-0.334212717766	-0.0375733967834	0.562499816211	0.102299191149	-0.0457517570416	0.679874355661	0.112248945403	0.362416512539	-62.3348364552	0.693642601311	-70.9652391594
10	0.909474872763	-0.527152788523	0.755567782913	2.45414446883	1.92848611007	3.21526208286	0.90157731045	0.758036098995	0.69972231574	-1.05636272541	-0.0180053326161	-0.691763576395	-0.881621729019	0.413294365909	1.56027175119	0.810175133176	-0.0560933791304	0.0980605164469	1.01522696511	0.196972490123	0.642520919323	-41.2867329463	2.93534070643	-79.5265835204

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 141 )	A	A	3 - 141	1 - 139
2	2	chain 'A' and (resid 142 through 181 )	A	A	142 - 181	140 - 175
3	3	chain 'A' and (resid 182 through 332 )	A	A	182 - 332	176 - 326
4	4	chain 'A' and (resid 333 through 354 )	A	A	333 - 354	327 - 348
5	5	chain 'B' and (resid 4 through 126 )	B	B	4 - 126	1 - 123
6	6	chain 'B' and (resid 127 through 154 )	B	B	127 - 154	124 - 151
7	7	chain 'B' and (resid 155 through 187 )	B	B	155 - 187	152 - 174
8	8	chain 'B' and (resid 188 through 238 )	B	B	188 - 238	175 - 225
9	9	chain 'B' and (resid 239 through 330 )	B	B	239 - 330	226 - 317
10	10	chain 'B' and (resid 331 through 354 )	B	B	331 - 354	318 - 341

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)