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Yorodumi- PDB-7ljn: Structure of the Bradyrhizobium diazoefficiens CD-NTase CdnG in c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ljn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the Bradyrhizobium diazoefficiens CD-NTase CdnG in complex with GTP | ||||||
Components | CD-NTase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CD-NTase / CBASS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationdiadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Govande, A. / Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2021Title: Molecular basis of CD-NTase nucleotide selection in CBASS anti-phage defense. Authors: Govande, A.A. / Duncan-Lowey, B. / Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / Kranzusch, P.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ljn.cif.gz | 707.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ljn.ent.gz | 478 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ljn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/7ljn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 46288.293 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria)Gene: blr0072 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GTP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.45 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.032 M Sodium Citrate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% w/v PEG-5000 MME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→37.94 Å / Num. obs: 212025 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.42 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 9553 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.326 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: in-house model of the selenomethionine substituted protein, determined using SAD phasing Resolution: 1.6→37.94 Å / SU ML: 0.165 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.5361 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 23.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→37.94 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria)
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