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- PDB-5yib: Crystal Structure of KNI-10743 bound Plasmepsin II (PMII) from Pl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yib
タイトルCrystal Structure of KNI-10743 bound Plasmepsin II (PMII) from Plasmodium falciparum
要素Plasmepsin II
キーワードHYDROLASE / Plasmepsin / Plasmepsin II / KNI-10743 / Aspartic Protease / Plasmodium falciparum / Drug Development / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II antigen presentation / hemoglobin catabolic process / cytostome / plasmepsin II / Neutrophil degranulation / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8VC / Plasmepsin II
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rathore, I. / Mishra, V. / Bhaumik, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology, Government of IndiaRamalingaswami Re-entry Fellowship インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2018
タイトル: Deciphering the mechanism of potent peptidomimetic inhibitors targeting plasmepsins - biochemical and structural insights.
著者: Mishra, V. / Rathore, I. / Arekar, A. / Sthanam, L.K. / Xiao, H. / Kiso, Y. / Sen, S. / Patankar, S. / Gustchina, A. / Hidaka, K. / Wlodawer, A. / Yada, R.Y. / Bhaumik, P.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,78810
ポリマ－36,8571
非ポリマー1,9319
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.250, 106.250, 70.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Plasmepsin II


分子量: 36856.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 126-453 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF14_0077, PF3D7_1408000 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q8I6V3, plasmepsin II

-
非ポリマー , 5種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-8VC / (4R)-3-[(2S,3S)-3-[2-[4-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2,6-dimethyl-phenoxy]ethanoylamino]-2-oxidanyl-4-phenyl-butanoyl]-5,5-dimethyl-N-[(1S,2R)-2-oxidanyl-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-1,3-thiazolidine-4-carboxamide


分子量: 731.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H53N5O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54182 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 21566 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2723 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 9.802 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19644 1078 5 %RANDOM
Rwork0.17809 ---
obs0.17902 20484 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 121 114 2835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5292.0033840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93836077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9215335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.82125.6125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.85915441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.711153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1592.9221319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1592.9211318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9664.3781649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9654.3791650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4813.2861498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.483.2881499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.464.832188
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.35124.573010
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.35124.5823011
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 80 -
Rwork0.301 1519 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4912-3.4456-3.04117.7724.287412.16430.1315-0.7101-0.1160.56120.08740.213-0.3145-0.0832-0.21890.2231-0.02680.08590.22960.04290.162810.9486-39.214-13.4602
22.8217-0.74241.03181.6096-0.14331.5778-0.0159-0.0347-0.20540.1138-0.05010.05740.15360.11710.0660.18490.01390.0350.10050.02720.104320.3843-36.2623-20.6624
31.8864-1.2992-0.69962.78460.90351.50470.06920.1206-0.30240.0265-0.10320.44020.047-0.1530.0340.0879-0.01440.01670.09450.02370.18311.6124-25.1126-23.788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3A221 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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