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万見
- PDB-5npq: Human N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npq
タイトルHuman N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue X10 bound
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / N-myristoylation / Myristol-CoA analogue / UV active / chemical probe
機能・相同性
機能・相同性情報


myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity ...myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / eNOS activation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94Q / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.372 Å
データ登録者Shen, M. / Perez-Dorado, I. / Fedoryshchak, R. / Tate, E.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
MMV 英国
Lee family scholarship 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Human N-myristoyltransferase 1 (MNT1) with Myristoyl-CoA analogue X10 bound.
著者: Shen, M. / Perez-Dorado, I. / Fedoryshchak, R. / Tate, E.W.
履歴
登録2017年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,32310
ポリマ－90,9072
非ポリマー2,4178
水2,324129
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6625
ポリマ－45,4531
非ポリマー1,2084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6625
ポリマ－45,4531
非ポリマー1,2084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.972, 177.454, 58.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...
21(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGVALVAL(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA115 - 13210 - 27
12ASNASNASNASN(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA13328
13ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA115 - 49610 - 391
14ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA115 - 49610 - 391
15ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA115 - 49610 - 391
16ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 115:132 or (resid 133 and (name...AA115 - 49610 - 391
21ARGARGLEULEU(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB115 - 16910 - 64
22GLUGLUVALVAL(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB171 - 18166 - 76
23ARGARGARGARG(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB18984
24ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB115 - 49610 - 391
25ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB115 - 49610 - 391
26ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB115 - 49610 - 391
27ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 115:169 or resseq 171:181 or (resid...BB115 - 49610 - 391

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要素

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1


分子量: 45453.348 Da / 分子数: 2 / 断片: human N-myristoyltransferase
変異: This protein was produced with an N-terminal His-Tag followed by a 3C protease site. The His-tag was cleaved with 3C protease for crystallization leaving 3 residues that are followed by 109- ...変異: This protein was produced with an N-terminal His-Tag followed by a 3C protease site. The His-tag was cleaved with 3C protease for crystallization leaving 3 residues that are followed by 109-496 amino acids of the NMT1
由来タイプ: 組換発現
詳細: This protein was produced with an N-terminal His-Tag followed by a 3C protease site. The His-tag was cleaved with 3C protease for crystallization leaving 3 residues that are followed by 109- ...詳細: This protein was produced with an N-terminal His-Tag followed by a 3C protease site. The His-tag was cleaved with 3C protease for crystallization leaving 3 residues that are followed by 109-496 amino acids of the NMT1. The 3 residues preceding the NMT1 were not modeled as they were flexible and not observed in the electron density map. Residues 109-114, 182-188, 308-319 and 407-414 of the NMT1 chain A and residues 109-114 and 312-318 of the NMT1 chain B were not modeled because they were disordered and cannot be seen in the electron density map.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRareS
参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 断片: X10-CoA
変異: X10-CoA is an analogue of Myristoyl-CoA with a diazirine on the 10th carbon of the fatty acid chain and an alkyne at the end
由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-94Q / ~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 9-(3-but-3-ynyl-1,2-diazirin-3-yl)nonanethioate / Myristoyl-CoA analogue X10


分子量: 999.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H56N9O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M NaCit pH 4.5, 5mM NiCl2, 2.5% glycerol and PEG 4K 18% Protein concentration: 7.05 mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.372→177.454 Å / Num. obs: 34474 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.66 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.372→2.413 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1709 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.353 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.8.6モデル構築
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER2.7.17位相決定
XDSNovember 1, 2016データ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4C2Y

4c2y


解像度: 2.372→88.727 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.23
詳細: The 3 residues preceding the NMT1 are left from the His-Tag cleavage and were not modeled as they were flexible and not observed in the electron density map. Residues 109-114, 182-188, 308- ...詳細: The 3 residues preceding the NMT1 are left from the His-Tag cleavage and were not modeled as they were flexible and not observed in the electron density map. Residues 109-114, 182-188, 308-319 and 407-414 of the NMT1 chain A, and residues 109-114 and 312-318 of the NMT1 chain B were not modeled because they were disordered and cannot be seen in the electron density map
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 1735 5.04 %
Rwork0.1991 --
obs0.2022 34414 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.08 Å2 / Biso mean: 34.6127 Å2 / Biso min: 14.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.372→88.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5889 0 156 129 6174
Biso mean--34.03 30.01 -
残基数----730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0398461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8713647
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3309X-RAY DIFFRACTION6.228TORSIONAL
12B3309X-RAY DIFFRACTION6.228TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3723-2.44210.37951360.304826792815
2.4421-2.52090.34841370.272726822819
2.5209-2.6110.3251250.256726912816
2.611-2.71560.34071330.247226862819
2.7156-2.83920.27941460.227226952841
2.8392-2.98890.26271460.217627042850
2.9889-3.17610.26421640.196226712835
3.1761-3.42140.2461630.182827042867
3.4214-3.76570.25921220.175727252847
3.7657-4.31060.22861570.158727382895
4.3106-5.43080.2071510.159527842935
5.4308-88.78910.25731550.206429203075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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