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- PDB-6fz2: Human N-myristoyltransferase (NMT1) with Myristoyl-CoA and inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fz2
タイトルHuman N-myristoyltransferase (NMT1) with Myristoyl-CoA and inhibitor bound
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity ...myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / eNOS activation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / in utero embryonic development / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31A / TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kersten, F.C. / Brenk, R. / Jaenicke, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation252061573 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: How To Design Selective Ligands for Highly Conserved Binding Sites: A Case Study UsingN-Myristoyltransferases as a Model System.
著者: Kersten, C. / Fleischer, E. / Kehrein, J. / Borek, C. / Jaenicke, E. / Sotriffer, C. / Brenk, R.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,75510
ポリマ－93,8322
非ポリマー2,9238
水4,612256
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3785
ポリマ－46,9161
非ポリマー1,4624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3785
ポリマ－46,9161
非ポリマー1,4624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.530, 58.290, 153.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 116 - 496 / Label seq-ID: 23 - 403

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1


分子量: 46915.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 264分子

#2: 化合物 ChemComp-31A / N-[2-(3-methoxyphenyl)ethanimidoyl]-2-piperidin-4-yloxy-benzamide


分子量: 367.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEG 4000 5 mM NiCl2 0.1 M Na citrate 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→16.8 Å / Num. obs: 51372 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3863 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.414 / Rrim(I) all: 0.798 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDS0.5.436データ削減
pointless0.5.436データスケーリング
xia20.5.436データ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FZ5

6fz5


解像度: 2.05→16.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 15.573 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.211
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent related settings scal type SIMP lssc function a sigma n solvent YES tlsd waters exclude ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent related settings scal type SIMP lssc function a sigma n solvent YES tlsd waters exclude #Restraint weights weight MATRIX 0.02 temp 0.50 #NCS handling ncsr local ncsr align level 0.90 iterate N rmslevel 2.00 ncsr neighbours exclude
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27786 2670 5.2 %RANDOM
Rwork0.23657 ---
obs0.23876 48702 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å2-0 Å2-0.3 Å2
2---3.66 Å2-0 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→16.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5976 0 194 256 6426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.9828629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9112.98813321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3455743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36723.564275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30115985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9661529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.5332986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0671.5332985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6792.2943725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6792.2943726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1611.643348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1611.643349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7732.4214905
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.80318.0186847
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.80318.0246848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23918 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 168 -
Rwork0.338 3689 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61410.05510.12651.8755-0.16880.830.0132-0.0938-0.05010.20240.0029-0.11370.00260.0088-0.01610.1099-0.0108-0.01790.1869-0.00460.033110.70928.745755.7349
20.829-0.06150.21752.1001-0.22621.2833-0.02850.0801-0.0274-0.3455-0.03790.1401-0.075-0.09030.06640.20640.0199-0.02920.2259-0.02130.0166-8.896918.782221.6342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A116 - 1003
2X-RAY DIFFRACTION2B116 - 1003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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