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万見
- PDB-3ndj: X-ray Structure of a C-3'-Methyltransferase in Complex with S-Ade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndj
タイトルX-ray Structure of a C-3'-Methyltransferase in Complex with S-Adenosyl-L-Homocysteine and Sugar Product
要素Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / S-adenosyl-L-homocysteine / kijanose / tetronitrose / tetradeoxy sugar / keto sugar / Micromonospora chalcea / TcaB9 / C-3'-Methyltransferase / Sugar methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3100 / Methyltransferase, zinc-binding domain / Methyltransferase putative zinc binding domain / C-methyltransferase / Methyltransferase putative zinc binding domain superfamily / Putative zinc binding domain / C-methyltransferase C-terminal domain / Methyltransferase domain / N-terminal domain of TfIIb / Other non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3100 / Methyltransferase, zinc-binding domain / Methyltransferase putative zinc binding domain / C-methyltransferase / Methyltransferase putative zinc binding domain superfamily / Putative zinc binding domain / C-methyltransferase C-terminal domain / Methyltransferase domain / N-terminal domain of TfIIb / Other non-globular / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JHZ / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora chalcea (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bruender, N.A. / Thoden, J.B. / Kaur, M. / Avey, M.K. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Molecular Architecture of a C-3'-Methyltransferase Involved in the Biosynthesis of d-Tetronitrose.
著者: Bruender, N.A. / Thoden, J.B. / Kaur, M. / Avey, M.K. / Holden, H.M.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月23日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1795
ポリマ－46,0911
非ポリマー1,0884
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.944, 114.447, 37.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-580-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase


分子量: 46090.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora chalcea (バクテリア)
遺伝子: tcab9 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: B5L6K6

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非ポリマー , 5種, 412分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-JHZ / (2R,4S,6R)-4-amino-4,6-dimethyl-5-oxotetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) / チミジン5′-二りん酸β-(3-アミノ-2,3,6-トリデオキシ-3-C-メチル-α-D-erythro-4-ヘキソス(以下略)


分子量: 543.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O13P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.3 M - 1.5 M Sodium/potassium phosphate, 10 mM dTMP, 5 mM S-adenosyl-L-homocysteine. , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月6日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Nickel Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→57.2 Å / Num. all: 87047 / Num. obs: 84778 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.21 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.09
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 2.42 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 14813 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house MIR model

解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 1.596 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23973 3476 5 %RANDOM
Rwork0.20314 ---
all0.205 69883 --
obs0.20499 66407 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 67 408 3637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2221.9774582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2125420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23623.054167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03615524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0171533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6561.52045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32123298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.49331314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.994.51276
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 250 -
Rwork0.275 4681 -
obs--95.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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