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Yorodumi- PDB-6dgm: Streptococcus pyogenes phosphoglycerol transferase GacH in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dgm | |||||||||
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Title | Streptococcus pyogenes phosphoglycerol transferase GacH in complex with sn-glycerol-1-phosphate | |||||||||
Components | Phosphoglycerol transferase GacH | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Group A Streptococcus (GAS) / Lancefield group A carbohydrate / glycero-1-phosphate / L-glycerol 1-phosphate / D-glycerol-3-phosphate | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sulfuric ester hydrolase activity / transferase activity / membrane => GO:0016020 / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes MGAS5005 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.49 Å | |||||||||
Authors | Edgar, R.J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2019 Title: Discovery of glycerol phosphate modification on streptococcal rhamnose polysaccharides. Authors: Edgar, R.J. / van Hensbergen, V.P. / Ruda, A. / Turner, A.G. / Deng, P. / Le Breton, Y. / El-Sayed, N.M. / Belew, A.T. / McIver, K.S. / McEwan, A.G. / Morris, A.J. / Lambeau, G. / Walker, M. ...Authors: Edgar, R.J. / van Hensbergen, V.P. / Ruda, A. / Turner, A.G. / Deng, P. / Le Breton, Y. / El-Sayed, N.M. / Belew, A.T. / McIver, K.S. / McEwan, A.G. / Morris, A.J. / Lambeau, G. / Walker, M.J. / Rush, J.S. / Korotkov, K.V. / Widmalm, G. / van Sorge, N.M. / Korotkova, N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dgm.cif.gz | 458.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dgm.ent.gz | 377.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dgm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dgm_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6dgm_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 6dgm_validation.xml.gz | 35.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6dgm_validation.cif.gz | 55.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/6dgm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5u9zSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43248.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes MGAS5005 (bacteria) Gene: SPy_0793 / Plasmid: pET-NT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: Q9A0F9, UniProt: Q48UA4*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.29 % / Description: rectangular prism |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.2M calcium acetate, 0.1M MES pH 6.0, 20% PEG8000, 0.01M sn-glycerol-1-phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 13, 2018 Details: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.49→39.532 Å / Num. obs: 127541 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 6.488 % / Biso Wilson estimate: 24.326 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 14.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5U9Z Resolution: 1.49→39.532 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.14 / Phase error: 18.55 Details: REMARK 3 REFINEMENT TARGET : ML REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : FLAT BULK SOLVENT MODEL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.47 Å2 / Biso mean: 24.5507 Å2 / Biso min: 11.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.49→39.532 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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