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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ldo | |||||||||
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タイトル | G150T Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (G150T-3) at 274K, Phenix-refined | |||||||||
![]() | Isonitrile hydratase InhA | |||||||||
![]() | LYASE / DJ-1/PfpI superfamily | |||||||||
機能・相同性 | : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Su, Z. / Dasgupta, M. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters. 著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7l9qC ![]() 7l9sC ![]() 7l9wC ![]() 7l9zC ![]() 7la0C ![]() 7la3C ![]() 7lavC ![]() 7laxC ![]() 7lb9C ![]() 7lbhC ![]() 7lbiC ![]() 7lcxC ![]() 7ld6C ![]() 7ld7C ![]() 7ldbC ![]() 7ldiC ![]() 7ldmC ![]() 6ni4S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 25% PEG 3350, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100MM TRIS-HCL, PH 8.6, 2 MM Dithiothreitol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日 詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→35.22 Å / Num. obs: 82868 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3983 / CC1/2: 0.334 / Rrim(I) all: 1.839 / % possible all: 93.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6NI4 解像度: 1.1→35.2 Å / SU ML: 0.0893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.7141 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→35.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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