PDB-6unf: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase post-catalysis at 29...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6unf

タイトル

Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase post-catalysis at 298 K XFEL data

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / covalent catalytic intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Dasgupta, M. / van den Bedem, H. / Wilson, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / ...

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6unf.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6unf_validation.pdf.gz	249.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ni4C 6ni5C 6ni6C 6ni7C 6ni9C 6niaC 6npqC 6undC 3nonS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6npq-d 7ldm-1 6foq-1 7lav-1 6und-d 6a6v-1 6xcq-d 3pew-d 5l77-d 7lax-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.806, 57.637, 68.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.8 詳細: 31% PEG 3350, 250 mM MgCl2, 125 mM Tris-HCl, 2 mM DTT

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→20.1 Å / Num. obs: 60082 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 44.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.47 Å² / CC_1/2: 0.937 / R split: 0.232 / Net I/σ(I): 73.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.57 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2988 / CC_1/2: 0.36 / R split: 0.658 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: coMESH
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 16893 / Frames indexed: 14483

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
cctbx.xfel		データ削減
cctbx.prime		データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3non

3non

解像度: 1.55→17.46 Å / SU ML: 0.1486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3667

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	1995	3.35 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1701	59499	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→17.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	0	270	3638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	3587
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8544	4928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0529	577
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3757	2165

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.2843	143	0.2698	4079	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.59-1.63	0.2801	139	0.243	4092	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.63-1.68	0.2596	143	0.2308	4076	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.68-1.73	0.2618	142	0.2213	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.8	0.234	145	0.2126	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.8-1.87	0.2294	136	0.1935	4089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.95	0.252	144	0.1821	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.06	0.1976	136	0.1746	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.18	0.1794	144	0.1622	4100	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.18-2.35	0.1676	138	0.1606	4107	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.35-2.59	0.2066	148	0.1557	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.96	0.1791	142	0.1602	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.72	0.1736	146	0.1488	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-17.46	0.1729	149	0.1587	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.62901058956	0.399490953307	-0.444348313678	1.58574019289	-0.299411566172	1.80010908897	0.00898757089566	0.164027397642	0.151048595725	-0.0534429517374	0.0710316285496	0.177702536081	-0.195444355775	-0.165906804606	-0.053517731275	0.128670104665	0.0191150017951	-0.00592401993994	0.128510468054	0.016611096929	0.149072201764	-1.95451220148	24.525170159	21.358526093
2	4.60187730131	2.64299156972	2.15427432245	4.66101920692	4.87403510278	5.32542520783	0.0406363588739	0.312382758106	0.111495476491	-0.305783692011	-0.10813359922	0.359163547261	-0.37970795326	-0.618081958953	0.259423091752	0.19349396642	0.0501721783298	0.0166152006071	0.298271904169	0.0302362531853	0.278716383215	-13.8817368183	24.6771507871	27.0742186746
3	1.20063929978	0.0756263211609	-1.13605018997	1.28541235312	-0.238013413193	2.36969867224	-0.0439965054025	0.0787188667281	-0.0534364614093	0.00177751152202	0.00786643898711	0.185463416481	0.168981916576	-0.225473313344	0.032291525745	0.140004070094	-0.0285721223646	0.00145981130323	0.148114131204	-0.00156929639986	0.169508691349	-6.56965695964	9.53470342661	26.6154882988
4	2.36571828111	-1.41777949045	-2.13396753112	0.921748465699	1.13477362916	2.63850632613	0.179873286368	0.223429004895	-0.0692856889061	-0.37223709523	-0.0959524123158	0.350947715345	0.151477423785	-0.443405905858	-0.0727827714748	0.215105014806	-0.0448005242851	-0.0515468912967	0.235353787488	-0.0169418757811	0.206060141714	-3.65631546677	9.83368206293	4.15589383295
5	1.17633733102	-0.745967207155	0.520961905222	1.46934166845	-1.44484742054	6.59070151022	-0.0430833869878	-0.182641905502	-0.0586275117499	0.0636861101061	0.130246699196	-0.0550613956443	0.262632281146	0.0485552110229	-0.0874361644695	0.122911490815	0.00823239736818	-0.00258496082073	0.132817940498	0.0163289821998	0.173642939161	11.6604080073	2.88350621243	26.8964843565
6	3.32724531676	-4.42324121305	-1.96777759054	6.48134579766	1.28000297934	4.66463589645	-0.106906983114	-0.27275584726	0.102266026877	0.308905450981	0.0883774727962	0.0581566089214	0.105262791755	-0.177152990912	-0.00466721742464	0.27777964968	0.00560822807183	0.00435943123542	0.199515117372	-0.0108073252779	0.146127850524	-2.39732679698	15.8798015514	42.8332103614
7	2.70285681303	0.0155898431862	-1.1555044598	3.56867342964	-0.885182920557	1.00252980997	-0.0130910497912	-0.383634380814	0.0119567615024	0.255428471532	0.0028069741254	-0.340775340699	-0.143757906903	0.191516319924	0.0201328728893	0.162166399053	-0.0189451633809	-0.0152040842501	0.190192952844	-0.0175396664853	0.171181481539	18.1319220957	20.9847765848	17.9442132639
8	6.28060683136	-0.917510207865	0.635191589416	1.27929363634	1.71121877738	5.51058806783	0.00519238131527	-0.22827195728	0.268803069084	-0.193325309668	0.143836531009	-0.140647523172	-0.49497515779	0.0591907642228	-0.135901939558	0.212329008658	3.58251472136E-6	0.00623350733723	0.118419912909	-0.00149064962658	0.170433077124	11.5032789126	30.8849203517	11.6825029039
9	1.38138564839	0.0588149317688	-0.846621399112	1.93121069692	-0.0458898240245	1.46045490002	-0.0151642669451	-0.152531916069	0.188684922634	-0.163243484644	0.0108911441831	-0.214504253769	-0.23386138872	0.137467562156	0.023103124941	0.199314062996	-0.0306395043417	0.0105862899735	0.180520751536	-0.0154215045715	0.225905360094	21.9338342299	25.3752834019	8.55811232598
10	7.8583144163	-4.2900196449	4.1048227081	6.11680406156	-1.58962613216	5.42367300267	0.0912129320872	-0.222479709502	0.142630471446	0.0542239160455	-0.0200834894688	-0.349991797069	-0.14103219396	0.307239835883	-0.0525516700159	0.128912505364	-0.0382130114013	0.019277195668	0.202498893252	0.0119891126582	0.215223112584	29.4524605308	24.0406851667	7.16154552265
11	1.95597387811	0.517759170021	-0.7475439801	2.06922685152	0.0966007158653	2.5600264667	-0.131803317109	0.133108242203	-0.283429872373	-0.255566658746	0.00882864795862	-0.233850222456	0.175214595522	0.0670050403311	0.117933096718	0.181894326046	0.018106874247	0.047889366305	0.140714867317	-0.00931204766891	0.191532175977	19.9979330376	11.0356017428	0.542655981892
12	3.64349329375	2.71717485491	-1.98942829972	4.03625901063	0.296674529906	2.80694095981	-0.211184067364	-0.349405706998	-0.364830462166	0.0449064685894	0.0671942560878	-0.625286045284	0.247848636167	0.358085666992	0.112919550605	0.203328309885	0.0567159045175	0.0374157077894	0.179689902244	0.00259421182779	0.257572719501	23.5716870683	8.25239647298	7.9471458862
13	2.35229307513	-0.00131815961445	-0.193699611637	1.8411044446	-1.19216413799	2.69749732013	-0.0793234524971	-0.170097719954	-0.150661018628	0.0326236836381	-0.158155061979	-0.322965882968	0.0635990185569	0.509962343917	0.226229712556	0.132216013843	0.0197115788204	-0.0148969847149	0.170981142757	0.0302681116136	0.186280945643	17.6663717168	7.63945059617	20.6087069383
14	1.7267884014	0.663955032204	0.068476024189	1.46880728195	-0.315610388083	6.98433025887	-0.0476959249298	0.240943975063	-0.0411538161941	-0.411373658116	0.0813182659143	0.0616040329376	0.437119608473	-0.379625849914	-0.0333903437486	0.252861307963	-0.00399305263792	-0.0246113191846	0.169277761054	-0.0249276843956	0.1858719511	1.64399039738	5.24243364177	3.49516300772
15	2.08101827448	3.57312340741	1.00985330304	7.05925424353	-0.012943729198	5.85053864633	-0.309647524299	0.472917392131	0.209218177341	-0.338961561677	0.338788772702	0.231284529101	-0.429888421619	-0.0634520909872	-0.0707228149801	0.331287938204	-0.0283040092635	0.0382145667197	0.190146350351	0.0120372651715	0.172923518949	17.5247193954	20.0447160463	-10.1055737373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 80 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 166 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 178 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 207 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 208 through 227 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -2 through 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 54 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 81 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 139 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 140 through 151 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 152 through 178 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 179 through 207 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 208 through 227 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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