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- PDB-6ni9: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 274 K qFit multic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ni9
タイトルPseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 274 K qFit multiconformer model
要素(Isonitrile hydratase InhA) x 2
キーワードLYASE / ThiJ/PfpI / DJ-1 superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isonitrile hydratase InhA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.201 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Dasgupta, M. / van den Bedem, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / ...著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / Wierman, J. / Lyubimov, A. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Applegate, G.A. / Tiwari, V.K. / Berkowitz, D.B. / Thompson, M.C. / Cohen, A.E. / Fraser, J.S. / Wall, M.E. / van den Bedem, H. / Wilson, M.A.
履歴
登録2018年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isonitrile hydratase InhA
B: Isonitrile hydratase InhA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3772
ポリマ－48,3772
非ポリマー00
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.241, 58.032, 69.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isonitrile hydratase InhA


分子量: 24180.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: タンパク質 Isonitrile hydratase InhA


分子量: 24196.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 25% PEG 3350, 200 mM magnesium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.6
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.82654 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82654 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→39.04 Å / Num. obs: 126373 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 1.349 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5922 / CC1/2: 0.225 / Rpim(I) all: 1.001 / Rrim(I) all: 1.689 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NON

3non


解像度: 1.201→31.837 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1402 6203 5.02 %Random
Rwork0.1078 ---
obs0.1094 123572 95.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.201→31.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 0 382 3768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3999097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7672446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.201-1.21460.26281640.22073239X-RAY DIFFRACTION79
1.2146-1.22890.25041890.19683262X-RAY DIFFRACTION81
1.2289-1.24390.212110.18883417X-RAY DIFFRACTION84
1.2439-1.25970.22582070.18073687X-RAY DIFFRACTION90
1.2597-1.27620.22441870.17733739X-RAY DIFFRACTION91
1.2762-1.29370.20342230.17073760X-RAY DIFFRACTION92
1.2937-1.31220.19381950.16333849X-RAY DIFFRACTION94
1.3122-1.33180.20561980.17233829X-RAY DIFFRACTION93
1.3318-1.35260.21242140.15723925X-RAY DIFFRACTION97
1.3526-1.37480.1792000.14543987X-RAY DIFFRACTION97
1.3748-1.39850.1812290.14053973X-RAY DIFFRACTION97
1.3985-1.42390.19182210.13494016X-RAY DIFFRACTION98
1.4239-1.45130.18752200.12644036X-RAY DIFFRACTION98
1.4513-1.48090.13772010.11124019X-RAY DIFFRACTION98
1.4809-1.51310.13791910.0994041X-RAY DIFFRACTION98
1.5131-1.54830.14542030.09624053X-RAY DIFFRACTION98
1.5483-1.5870.13252310.08993994X-RAY DIFFRACTION98
1.587-1.62990.12572090.08544033X-RAY DIFFRACTION97
1.6299-1.67790.11861820.0853896X-RAY DIFFRACTION95
1.6779-1.73210.11392150.07694088X-RAY DIFFRACTION99
1.7321-1.7940.11231930.07644108X-RAY DIFFRACTION99
1.794-1.86580.11082220.07354073X-RAY DIFFRACTION99
1.8658-1.95070.11832070.07634064X-RAY DIFFRACTION99
1.9507-2.05350.10522440.084022X-RAY DIFFRACTION98
2.0535-2.18210.1261960.08854073X-RAY DIFFRACTION98
2.1821-2.35060.11931970.08863944X-RAY DIFFRACTION95
2.3506-2.5870.11452170.09723996X-RAY DIFFRACTION97
2.587-2.96110.14022220.11274068X-RAY DIFFRACTION99
2.9611-3.72980.14522050.11554108X-RAY DIFFRACTION98
3.7298-31.84810.13372100.11134070X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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